More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003062 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 225 aa  461  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  91.11 
 
 		 225 aa  429  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  56.76 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  57.66 
 
 		 228 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  56.76 
 
 		 228 aa  270  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  55 
 
 		 227 aa  257  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  53.42 
 
 		 226 aa  254  7e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  48.2 
 
 		 223 aa  243  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 		 231 aa  213  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  47.49 
 
 		 237 aa  208  6e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.49 
 
 		 237 aa  208  6e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  44.59 
 
 		 233 aa  204  1e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  46.58 
 
 		 237 aa  202  3e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 237 aa  202  3e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 237 aa  202  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 231 aa  201  7e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  46.58 
 
 		 272 aa  201  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.09 
 
 		 225 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  46.58 
 
 		 223 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  42.99 
 
 		 222 aa  196  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  47.27 
 
 		 227 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 228 aa  195  5.000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  45.21 
 
 		 219 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  47.27 
 
 		 225 aa  195  6e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  44.55 
 
 		 238 aa  192  3e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  46.19 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.19 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  45.74 
 
 		 229 aa  191  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.06 
 
 		 229 aa  191  6e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 227 aa  191  8e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 225 aa  191  9e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.55 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  45.91 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  45.54 
 
 		 227 aa  188  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  47.06 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  45.66 
 
 		 240 aa  186  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.69 
 
 		 259 aa  186  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 240 aa  185  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 233 aa  179  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  39.55 
 
 		 224 aa  178  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.15 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  42.66 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 225 aa  175  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  40.99 
 
 		 222 aa  174  8e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 223 aa  171  5.999999999999999e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 224 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.82 
 
 		 223 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 		 222 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  40.72 
 
 		 246 aa  168  5e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 240 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 233 aa  167  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 241 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  39.19 
 
 		 242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  37.1 
 
 		 221 aa  165  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 234 aa  164  9e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  39.46 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.57 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 226 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.09 
 
 		 235 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3674  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 263 aa  161  7e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 241 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 226 aa  158  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  36.65 
 
 		 224 aa  158  6e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 238 aa  158  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 226 aa  158  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0535  two component transcriptional regulator  43.12 
 
 		 223 aa  158  8e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.660155  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0102  response regulator receiver protein  38.57 
 
 		 222 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.294663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 233 aa  156  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 255 aa  156  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  38.12 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  38.12 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.64 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  37.73 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 227 aa  155  4e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  35.75 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 223 aa  154  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.29 
 
 		 223 aa  154  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.64 
 
 		 224 aa  154  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.94 
 
 		 223 aa  154  8e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  35.75 
 
 		 224 aa  154  9e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1723  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  37.05 
 
 		 597 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000776738 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5468  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  36.49 
 
 		 252 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>