More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2012 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  95.02 
 
 		 241 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  92.12 
 
 		 241 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  92.05 
 
 		 240 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  92.98 
 
 		 234 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  93.78 
 
 		 230 aa  424  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  88.41 
 
 		 238 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  82.22 
 
 		 228 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  82.22 
 
 		 228 aa  376  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  78.83 
 
 		 224 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  77.68 
 
 		 238 aa  360  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  77.53 
 
 		 249 aa  356  9.999999999999999e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  77.78 
 
 		 232 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.33 
 
 		 232 aa  354  8.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.33 
 
 		 232 aa  352  2e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.19 
 
 		 231 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  75.89 
 
 		 235 aa  349  2e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  75.89 
 
 		 235 aa  349  2e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.23 
 
 		 248 aa  346  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  76.68 
 
 		 233 aa  345  4e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  75.68 
 
 		 228 aa  345  4e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  73.78 
 
 		 252 aa  345  4e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  75.78 
 
 		 248 aa  344  7e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  74.34 
 
 		 255 aa  344  8e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  75.89 
 
 		 227 aa  340  1e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  72.52 
 
 		 225 aa  329  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  69.82 
 
 		 223 aa  312  2.9999999999999996e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  66.52 
 
 		 226 aa  308  5e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  66.37 
 
 		 227 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  64.57 
 
 		 227 aa  294  7e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.23 
 
 		 226 aa  289  3e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  61.64 
 
 		 223 aa  280  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.16 
 
 		 226 aa  278  5e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  58.11 
 
 		 226 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  58.11 
 
 		 226 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  59.46 
 
 		 225 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  58.85 
 
 		 228 aa  262  4e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 		 230 aa  261  4.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  54.67 
 
 		 225 aa  261  6e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  56.05 
 
 		 262 aa  258  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.41 
 
 		 225 aa  258  4e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  55.41 
 
 		 225 aa  258  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  55.41 
 
 		 225 aa  258  4e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  54.95 
 
 		 225 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0294  two component transcriptional regulator  55.41 
 
 		 225 aa  258  6e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  55.41 
 
 		 225 aa  256  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  55.11 
 
 		 225 aa  256  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0282  two component transcriptional regulator  55.41 
 
 		 225 aa  256  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.919503  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  54.67 
 
 		 225 aa  256  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0281  two component transcriptional regulator  55.41 
 
 		 225 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000001543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3740  two component transcriptional regulator  55.41 
 
 		 225 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0109  response regulator receiver  56 
 
 		 225 aa  255  5e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000662688  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  53.12 
 
 		 225 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0767  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.71 
 
 		 229 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.870104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  53.33 
 
 		 226 aa  251  6e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.2 
 
 		 227 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  55.2 
 
 		 229 aa  251  9.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  53.64 
 
 		 227 aa  249  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  51.58 
 
 		 225 aa  245  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  53.33 
 
 		 228 aa  239  2e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 		 226 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  52.68 
 
 		 226 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 		 226 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 		 226 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  53.15 
 
 		 272 aa  236  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3534  response regulator receiver protein  52.91 
 
 		 225 aa  235  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.868885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  52 
 
 		 227 aa  235  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3977  two component transcriptional regulator  53.81 
 
 		 224 aa  234  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3241  two-component transcriptional regulator  53.81 
 
 		 224 aa  234  7e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.582303  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  52 
 
 		 227 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.5 
 
 		 227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.767242 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3971  hypothetical protein  52.89 
 
 		 224 aa  232  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.139394 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2085  two component transcriptional regulator  51.57 
 
 		 224 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6011  two component transcriptional regulator  51.57 
 
 		 224 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2066  two component transcriptional regulator  51.57 
 
 		 224 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  48.23 
 
 		 225 aa  229  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3519  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 		 227 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683413  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1972  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 		 224 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.41262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2102  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 		 224 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.78 
 
 		 225 aa  226  3e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.56 
 
 		 258 aa  226  3e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5679  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 248 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.636814 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4625  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 248 aa  224  7e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3743  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 248 aa  224  7e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  47.37 
 
 		 230 aa  224  9e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5688  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 224 aa  223  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0612982 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  47.77 
 
 		 223 aa  223  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0850  two component response regulator  51.12 
 
 		 225 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709175  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3752  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 224 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4616  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 224 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.055256 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  47.06 
 
 		 227 aa  221  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  47.06 
 
 		 227 aa  221  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.06 
 
 		 227 aa  221  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.06 
 
 		 227 aa  221  6e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.06 
 
 		 227 aa  221  6e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.06 
 
 		 227 aa  221  6e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.06 
 
 		 227 aa  221  6e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.06 
 
 		 227 aa  221  6e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3674  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 263 aa  221  7e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 232 aa  219  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>