More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2296 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 222 aa  456  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  54.3 
 
 		 224 aa  241  6e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  48.42 
 
 		 225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 		 225 aa  229  3e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  50.93 
 
 		 272 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 225 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 225 aa  226  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  51.82 
 
 		 227 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  50.46 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 225 aa  222  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  47.75 
 
 		 237 aa  221  9e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.75 
 
 		 237 aa  221  9e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  49.09 
 
 		 223 aa  220  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  50.91 
 
 		 227 aa  218  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 227 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 227 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 227 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 227 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  47.73 
 
 		 224 aa  216  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  49.33 
 
 		 227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  48.88 
 
 		 227 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  50 
 
 		 227 aa  214  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50 
 
 		 227 aa  214  7e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  48.43 
 
 		 227 aa  214  7e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 237 aa  213  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  47.3 
 
 		 237 aa  213  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 224 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  50.93 
 
 		 233 aa  210  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  45.25 
 
 		 223 aa  209  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  47.93 
 
 		 225 aa  208  5e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  45.54 
 
 		 233 aa  208  5e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.18 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  47 
 
 		 225 aa  204  6e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 228 aa  205  6e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  48.87 
 
 		 238 aa  204  9e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  47 
 
 		 225 aa  204  1e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  203  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 240 aa  202  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 226 aa  201  6e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  48.58 
 
 		 219 aa  199  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 231 aa  198  6e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.96 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.05 
 
 		 231 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  42.99 
 
 		 225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  45.7 
 
 		 221 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.23 
 
 		 230 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  43.5 
 
 		 240 aa  195  5.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  40.83 
 
 		 228 aa  191  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  43.69 
 
 		 242 aa  191  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 227 aa  191  9e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 222 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  41.18 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  45.7 
 
 		 229 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  46.4 
 
 		 233 aa  187  8e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  43.44 
 
 		 222 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  39.27 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  42.2 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.95 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 222 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 233 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  39.55 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.09 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  39.09 
 
 		 246 aa  171  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 223 aa  171  1e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.46 
 
 		 225 aa  170  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.55 
 
 		 223 aa  168  6e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.72 
 
 		 226 aa  168  7e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.37 
 
 		 229 aa  167  8e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.19 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  41.89 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  37.67 
 
 		 224 aa  166  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.79 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  37.22 
 
 		 224 aa  166  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 227 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.44 
 
 		 218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 248 aa  164  8e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0191  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 244 aa  164  9e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4718  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  42.08 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.220817 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5185  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  42.08 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.809056 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 243 aa  162  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 243 aa  162  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 243 aa  162  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  37.22 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  37.22 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  37.22 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.78 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.59 
 
 		 230 aa  159  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2637  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.95 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>