More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0418 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  100 
 
 		 221 aa  452  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  62.44 
 
 		 222 aa  299  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  60.63 
 
 		 222 aa  296  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  60.63 
 
 		 242 aa  295  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  61.09 
 
 		 222 aa  290  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  56.36 
 
 		 222 aa  263  1e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  44.34 
 
 		 227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 227 aa  211  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 225 aa  206  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 227 aa  205  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  42.73 
 
 		 227 aa  204  6e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  42.27 
 
 		 227 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  42.27 
 
 		 227 aa  204  9e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 227 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  41.36 
 
 		 227 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.36 
 
 		 227 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  44.09 
 
 		 237 aa  202  3e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.09 
 
 		 237 aa  202  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  41.82 
 
 		 225 aa  201  9e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 237 aa  197  7e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  43.64 
 
 		 237 aa  197  7e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  45.7 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 227 aa  187  8e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 233 aa  185  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  40.18 
 
 		 272 aa  185  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  39.37 
 
 		 223 aa  182  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  42.99 
 
 		 223 aa  182  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  41.36 
 
 		 224 aa  181  5.0000000000000004e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 226 aa  181  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 231 aa  181  6e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  40.09 
 
 		 229 aa  180  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  38.46 
 
 		 240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.29 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 240 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1854  DNA-binding response regulator  37.16 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127782  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 233 aa  175  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  36.2 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 228 aa  175  5e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  35.45 
 
 		 224 aa  175  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.62 
 
 		 235 aa  174  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  40.99 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  38.64 
 
 		 233 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  37.27 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  35.45 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  40.18 
 
 		 233 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 225 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 237 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 225 aa  169  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  36.2 
 
 		 238 aa  168  5e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  36.65 
 
 		 225 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  37.1 
 
 		 225 aa  165  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  35.29 
 
 		 246 aa  164  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  35.89 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.84 
 
 		 229 aa  158  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.43 
 
 		 226 aa  156  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 227 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 224 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 225 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.23 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  37.39 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0208  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 238 aa  149  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  35.27 
 
 		 233 aa  148  7e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1929  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.54 
 
 		 222 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.541945  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  34.84 
 
 		 219 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.61 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 219 aa  143  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  35.43 
 
 		 255 aa  143  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.53 
 
 		 226 aa  142  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  34.98 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2453  winged helix family two component transcriptional regulator  30.67 
 
 		 236 aa  142  4e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.147888  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  34.98 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  34.09 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 228 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  141  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8879  response regulator receiver protein  34.07 
 
 		 235 aa  141  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4916  response regulator receiver protein  35.68 
 
 		 233 aa  141  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 227 aa  141  9e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.98 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.98 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>