More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1854 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1854  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 223 aa  466  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127782  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 222 aa  193  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 222 aa  191  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  39.91 
 
 		 222 aa  179  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  37.16 
 
 		 221 aa  175  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  38.53 
 
 		 242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  36.24 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.68 
 
 		 237 aa  161  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  34.68 
 
 		 237 aa  161  7e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.51 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 225 aa  158  8e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  34.07 
 
 		 225 aa  155  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  35.32 
 
 		 227 aa  155  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  33.48 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  33.78 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  33.78 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  36.24 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  35.78 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  34.86 
 
 		 224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  32.88 
 
 		 227 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  32.43 
 
 		 227 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  34.53 
 
 		 231 aa  142  3e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  34.4 
 
 		 223 aa  142  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  35.14 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  34.68 
 
 		 228 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  33.49 
 
 		 240 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  32.73 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.14 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  30.91 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.27 
 
 		 237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  33.03 
 
 		 238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  31.19 
 
 		 246 aa  132  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  35 
 
 		 223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  31.36 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.19 
 
 		 229 aa  131  9e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.53 
 
 		 231 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  30.32 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  32.27 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  34.25 
 
 		 227 aa  129  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  34.4 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.18 
 
 		 259 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  34.09 
 
 		 226 aa  128  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  30.49 
 
 		 235 aa  126  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  29.82 
 
 		 224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  33.79 
 
 		 222 aa  125  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  31.96 
 
 		 225 aa  125  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  31.67 
 
 		 272 aa  124  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  30.94 
 
 		 233 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  30.77 
 
 		 223 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  30.49 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  29.36 
 
 		 224 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  32.73 
 
 		 225 aa  121  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  31.51 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  30.49 
 
 		 226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2062  two component transcriptional regulator  32.27 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0133309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  30.36 
 
 		 233 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  31.51 
 
 		 228 aa  118  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  33.18 
 
 		 219 aa  118  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  30.22 
 
 		 226 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  30.22 
 
 		 226 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.22 
 
 		 226 aa  118  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  31.05 
 
 		 224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0314  two component transcriptional regulator  32.47 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.645458  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  30.22 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1494  two component transcriptional regulator  32.9 
 
 		 265 aa  116  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02001  two-component response regulator  32.9 
 
 		 265 aa  116  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.824437 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  30.04 
 
 		 225 aa  115  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  29.78 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 223 aa  115  5e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01471  two-component response regulator  33.19 
 
 		 260 aa  115  6e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.37604  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01451  two-component response regulator  33.19 
 
 		 260 aa  115  6e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0130  two component transcriptional regulator  32.76 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.907894  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2378  two component transcriptional regulator  31.6 
 
 		 262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.936352 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01561  two-component response regulator  32.9 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.22181  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01421  two-component response regulator  32.03 
 
 		 258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.341989 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  29.61 
 
 		 230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  29.68 
 
 		 228 aa  112  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  29.52 
 
 		 225 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26471  two-component response regulator  31.6 
 
 		 268 aa  112  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.889517 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  31.36 
 
 		 225 aa  111  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.36 
 
 		 227 aa  111  8.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.767242 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1404  two component transcriptional regulator  28.96 
 
 		 229 aa  111  9e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.153238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1381  two component heavy metal response transcriptional regulator  29.73 
 
 		 224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.961918 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  29.22 
 
 		 228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.68 
 
 		 228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.03 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  29.09 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  29.09 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1631  two component transcriptional regulator  28 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0039171  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1559  response regulator receiver  29.6 
 
 		 228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  30.18 
 
 		 249 aa  109  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3519  two component transcriptional regulator  29.65 
 
 		 227 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683413  normal  0.634912 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>