More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3011 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  74.77 
 
 		 222 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  74.32 
 
 		 242 aa  351  5.9999999999999994e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  74.32 
 
 		 222 aa  350  1e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  66.36 
 
 		 222 aa  315  2e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  61.09 
 
 		 221 aa  290  1e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  45.29 
 
 		 227 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.29 
 
 		 227 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  45.5 
 
 		 227 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  45.29 
 
 		 227 aa  211  7e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  44.84 
 
 		 227 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  45.78 
 
 		 227 aa  208  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 227 aa  207  7e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 227 aa  207  7e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 227 aa  207  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 227 aa  207  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  45.91 
 
 		 237 aa  204  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.91 
 
 		 237 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  46.36 
 
 		 237 aa  202  4e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 237 aa  202  4e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  43.18 
 
 		 227 aa  202  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  45.09 
 
 		 272 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.18 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.82 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  42.34 
 
 		 225 aa  198  7e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 225 aa  195  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.92 
 
 		 235 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  43.75 
 
 		 223 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.99 
 
 		 223 aa  192  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  43.3 
 
 		 233 aa  191  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1854  DNA-binding response regulator  41.74 
 
 		 223 aa  191  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127782  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.55 
 
 		 231 aa  190  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  40.72 
 
 		 238 aa  188  5e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  42.53 
 
 		 222 aa  186  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 224 aa  185  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.09 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  39.45 
 
 		 240 aa  182  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.64 
 
 		 259 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 226 aa  178  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  40.62 
 
 		 229 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 233 aa  178  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 233 aa  177  9e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  41.63 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  41.36 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 228 aa  175  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  38.64 
 
 		 233 aa  175  6e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  42.08 
 
 		 223 aa  174  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  39.09 
 
 		 224 aa  174  8e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  38.64 
 
 		 233 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  41.44 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 229 aa  168  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  40.36 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.57 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 225 aa  165  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 225 aa  165  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 225 aa  164  9e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  39.63 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  35.75 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 233 aa  158  7e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.77 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.22 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.22 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  38.91 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.94 
 
 		 635 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.77 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.84 
 
 		 224 aa  152  5e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 226 aa  152  5e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.04 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 228 aa  151  8e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 223 aa  151  8.999999999999999e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 224 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  34.58 
 
 		 246 aa  149  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4916  response regulator receiver protein  37 
 
 		 233 aa  149  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3722  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.49 
 
 		 635 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.940611  normal  0.125775 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 223 aa  149  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.22 
 
 		 224 aa  148  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.36 
 
 		 225 aa  148  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  36.53 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.91 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  36.82 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37500  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.84 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0213695  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  38.12 
 
 		 224 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0202  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.32 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.36 
 
 		 228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.22 
 
 		 224 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.04 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  33.94 
 
 		 246 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>