More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2643 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 233 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  87.55 
 
 		 235 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  52.44 
 
 		 238 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.66 
 
 		 237 aa  229  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  50.67 
 
 		 227 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  50.67 
 
 		 227 aa  211  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  49.35 
 
 		 237 aa  208  6e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.35 
 
 		 237 aa  208  6e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 227 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 227 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 227 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 227 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  47.56 
 
 		 233 aa  206  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  48.89 
 
 		 227 aa  204  9e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.89 
 
 		 227 aa  204  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  48.68 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  43.36 
 
 		 224 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 227 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  46.22 
 
 		 227 aa  195  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.78 
 
 		 225 aa  195  6e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  45.33 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 222 aa  191  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 		 227 aa  191  9e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 231 aa  191  9e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  46.49 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.24 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.04 
 
 		 224 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  46.43 
 
 		 272 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  46.4 
 
 		 222 aa  187  9e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  46.43 
 
 		 223 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  41.96 
 
 		 229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  41.52 
 
 		 242 aa  180  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  41.07 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.37 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.3 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  39.01 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  40.26 
 
 		 240 aa  171  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  40.18 
 
 		 221 aa  171  6.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  41.07 
 
 		 222 aa  169  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  37.28 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  40.99 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 240 aa  164  9e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  38.39 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  40.99 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.81 
 
 		 230 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  41.89 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  39.21 
 
 		 233 aa  159  5e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 223 aa  157  9e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 225 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 228 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  38.05 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  39.11 
 
 		 224 aa  149  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.68 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  39.56 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.67 
 
 		 225 aa  148  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.78 
 
 		 225 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  37.05 
 
 		 233 aa  145  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.67 
 
 		 223 aa  144  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.22 
 
 		 225 aa  144  9e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  38.22 
 
 		 224 aa  144  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.67 
 
 		 230 aa  144  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  37.05 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  36.61 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 248 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 248 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.68 
 
 		 225 aa  142  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  36.16 
 
 		 224 aa  142  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  37.33 
 
 		 224 aa  141  7e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  37.33 
 
 		 224 aa  141  7e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  36.61 
 
 		 224 aa  141  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 219 aa  141  8e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 219 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  35.81 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1929  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 		 222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.541945  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  37.22 
 
 		 240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.89 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 220 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>