More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3440 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 246 aa  505  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  52 
 
 		 233 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 240 aa  246  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.42 
 
 		 229 aa  208  6e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  44.25 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  44.29 
 
 		 237 aa  205  6e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 		 237 aa  205  6e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  46.36 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 225 aa  199  5e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 227 aa  198  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 231 aa  198  7e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.64 
 
 		 225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  43.64 
 
 		 225 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 227 aa  192  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  41.82 
 
 		 227 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.82 
 
 		 227 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 233 aa  188  5.999999999999999e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  42.99 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  44.8 
 
 		 223 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 228 aa  185  7e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  42.92 
 
 		 233 aa  185  7e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 240 aa  184  8e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.91 
 
 		 227 aa  183  3e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  41.82 
 
 		 227 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  43.05 
 
 		 272 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 228 aa  182  6e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  41.82 
 
 		 227 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.65 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.18 
 
 		 223 aa  179  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 227 aa  178  9e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 225 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 233 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  41.36 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  37.56 
 
 		 242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 259 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  39.09 
 
 		 222 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  41.18 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  40.72 
 
 		 225 aa  168  6e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  37.56 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  38.46 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 224 aa  165  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 222 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  35.29 
 
 		 221 aa  164  8e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 224 aa  163  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  36.65 
 
 		 222 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  33.64 
 
 		 224 aa  161  8.000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  35.75 
 
 		 222 aa  160  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  36.36 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  36.65 
 
 		 229 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  34.82 
 
 		 224 aa  158  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.12 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.43 
 
 		 228 aa  155  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.43 
 
 		 228 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6519  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.05 
 
 		 228 aa  154  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 223 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  36.04 
 
 		 223 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  35.56 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.95 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 223 aa  151  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3624  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.17 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.5 
 
 		 225 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  35.53 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19400  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0470356  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1276  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 242 aa  146  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.114994 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.59 
 
 		 219 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.56 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  34.23 
 
 		 223 aa  146  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  38.01 
 
 		 219 aa  146  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.36 
 
 		 224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.99 
 
 		 232 aa  145  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2388  heavy metal response regulator  37.12 
 
 		 228 aa  145  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000142984  normal  0.119734 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2101  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.12 
 
 		 228 aa  145  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.43 
 
 		 266 aa  145  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  36.82 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1559  response regulator receiver  38.22 
 
 		 228 aa  145  6e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1404  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 229 aa  145  8.000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.153238  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  36.61 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.77 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.84 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.01 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  36.2 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.23 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01561  two-component response regulator  35.74 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.22181  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 226 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.46 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  34.84 
 
 		 225 aa  142  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>