More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3739 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 266 aa  541  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.41 
 
 		 230 aa  273  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.54 
 
 		 225 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.98 
 
 		 225 aa  246  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.88 
 
 		 224 aa  245  4e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2743  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.44 
 
 		 228 aa  245  6e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0732  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.22 
 
 		 231 aa  244  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.44 
 
 		 223 aa  243  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1849  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.44 
 
 		 228 aa  239  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.418833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0453  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.87 
 
 		 225 aa  238  5e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.904663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2552  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.83 
 
 		 230 aa  236  4e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000276879  normal  0.180215 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2944  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.77 
 
 		 223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470859  normal  0.70587 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 223 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.88 
 
 		 225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.98 
 
 		 227 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  46.46 
 
 		 227 aa  218  8.999999999999998e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.09 
 
 		 230 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  49.33 
 
 		 228 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.06 
 
 		 219 aa  216  5e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.09 
 
 		 226 aa  215  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.09 
 
 		 227 aa  214  8e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.09 
 
 		 227 aa  214  8e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.09 
 
 		 227 aa  214  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.09 
 
 		 227 aa  214  8e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.09 
 
 		 227 aa  214  8e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.67 
 
 		 226 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  46.64 
 
 		 227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  46.64 
 
 		 227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  46.64 
 
 		 227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  44.89 
 
 		 228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  45.33 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 225 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3673  response regulator receiver  46.02 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  46.67 
 
 		 223 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0577  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.58 
 
 		 231 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0903513 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 228 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0202  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 226 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.74 
 
 		 226 aa  211  7e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 228 aa  211  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 		 228 aa  211  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 228 aa  211  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.74 
 
 		 226 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.09 
 
 		 225 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  46.19 
 
 		 228 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 225 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 225 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1658  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 230 aa  210  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.450735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 225 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2735  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 226 aa  209  3e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.089268  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 223 aa  209  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1841  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 228 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.99331  hitchhiker  0.00000222676 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.98 
 
 		 225 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 		 232 aa  209  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.53 
 
 		 232 aa  209  5e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1948  response regulator receiver domain-containing protein  46.02 
 
 		 226 aa  208  6e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  46.64 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.64 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.98 
 
 		 226 aa  207  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 		 223 aa  207  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  44.69 
 
 		 224 aa  207  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.13 
 
 		 238 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 		 225 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.88 
 
 		 225 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 225 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.19 
 
 		 224 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.98 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.11 
 
 		 224 aa  206  3e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 224 aa  206  3e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 		 226 aa  206  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  44.39 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.43 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0047  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  45.74 
 
 		 224 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116112  hitchhiker  0.00000494979 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 		 226 aa  206  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.74 
 
 		 224 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0064  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.74 
 
 		 224 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118539 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 224 aa  206  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.74 
 
 		 224 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0868462 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.13 
 
 		 225 aa  205  5e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  47.09 
 
 		 229 aa  205  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 224 aa  205  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 224 aa  205  7e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 225 aa  204  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  47.35 
 
 		 224 aa  204  9e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  45.33 
 
 		 228 aa  204  9e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  46.9 
 
 		 225 aa  204  9e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000269255  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  46.19 
 
 		 223 aa  204  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  46.64 
 
 		 229 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.56 
 
 		 226 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0197  transcriptional activator protein, response regulator  46.26 
 
 		 227 aa  204  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0086442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  47.53 
 
 		 229 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3412  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.33 
 
 		 226 aa  203  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  46.46 
 
 		 230 aa  203  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.56 
 
 		 226 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 225 aa  203  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.19 
 
 		 224 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2007  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 224 aa  203  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.09 
 
 		 225 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.93 
 
 		 232 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.09 
 
 		 225 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>