More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3245 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 224 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  93.72 
 
 		 224 aa  431  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  59.28 
 
 		 227 aa  270  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  57.01 
 
 		 227 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  57.01 
 
 		 227 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  57.01 
 
 		 227 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  57.01 
 
 		 227 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  57.47 
 
 		 227 aa  267  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  57.01 
 
 		 227 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  57.01 
 
 		 227 aa  265  5e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  58.82 
 
 		 227 aa  261  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  55.66 
 
 		 227 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  55.66 
 
 		 227 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  59.64 
 
 		 227 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.47 
 
 		 227 aa  244  6e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  52.27 
 
 		 227 aa  243  9.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.1 
 
 		 225 aa  228  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 225 aa  228  8e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  48.42 
 
 		 225 aa  223  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 233 aa  222  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  48.65 
 
 		 238 aa  218  6e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 		 237 aa  213  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  44.09 
 
 		 237 aa  204  8e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.09 
 
 		 237 aa  204  8e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  43.64 
 
 		 237 aa  201  9e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 237 aa  201  9e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 		 231 aa  197  7.999999999999999e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.59 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  43.36 
 
 		 233 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  44.55 
 
 		 272 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 		 233 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  44.55 
 
 		 223 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  42.99 
 
 		 229 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  41.55 
 
 		 233 aa  188  5.999999999999999e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 222 aa  185  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  38.64 
 
 		 224 aa  184  8e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.91 
 
 		 223 aa  179  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  38.74 
 
 		 240 aa  178  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 259 aa  178  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 240 aa  177  8e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 226 aa  177  8e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 222 aa  174  7e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  39.55 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  35.45 
 
 		 221 aa  172  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  38.64 
 
 		 242 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  38.64 
 
 		 222 aa  170  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  40.91 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 225 aa  169  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 225 aa  167  8e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.95 
 
 		 230 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  36.82 
 
 		 233 aa  162  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  39.55 
 
 		 225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  38.74 
 
 		 223 aa  161  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.81 
 
 		 226 aa  161  7e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  37.16 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  36.36 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 228 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 228 aa  158  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 229 aa  159  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 224 aa  158  6e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 233 aa  158  7e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 231 aa  155  4e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 227 aa  155  6e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  34.55 
 
 		 222 aa  154  8e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 227 aa  154  9e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.27 
 
 		 227 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.37 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 226 aa  152  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 		 231 aa  152  5e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 225 aa  151  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0197  transcriptional activator protein, response regulator  36.73 
 
 		 227 aa  151  7e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0086442  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.84 
 
 		 228 aa  151  8.999999999999999e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  37.56 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.84 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  37.5 
 
 		 230 aa  149  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1377  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.29 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000301655 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  37.56 
 
 		 225 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0208  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.12 
 
 		 238 aa  149  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.74 
 
 		 223 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.65 
 
 		 225 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.9 
 
 		 233 aa  148  8e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7401  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 229 aa  147  9e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.263718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  37.99 
 
 		 241 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.75 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1631  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0039171  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  38.12 
 
 		 232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  39.64 
 
 		 228 aa  146  3e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>