More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2721 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 233 aa  481  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  74.44 
 
 		 240 aa  359  2e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  52 
 
 		 246 aa  253  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.57 
 
 		 229 aa  238  5.999999999999999e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  48.18 
 
 		 225 aa  224  9e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  46.82 
 
 		 225 aa  217  1e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  46.02 
 
 		 237 aa  207  1e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 		 237 aa  207  1e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  44.69 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.69 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 231 aa  206  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 227 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 227 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 227 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 227 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 227 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  42.73 
 
 		 227 aa  198  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.73 
 
 		 227 aa  198  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 227 aa  198  7e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  43.95 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 227 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 227 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  44.09 
 
 		 227 aa  195  5.000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  42.73 
 
 		 227 aa  194  7e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  42.73 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  45.25 
 
 		 233 aa  190  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  42.2 
 
 		 222 aa  186  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.82 
 
 		 223 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 228 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 228 aa  185  4e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  43.89 
 
 		 223 aa  185  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  42.27 
 
 		 242 aa  185  6e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  43.89 
 
 		 272 aa  184  7e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.22 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  41.63 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  37.73 
 
 		 224 aa  182  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.47 
 
 		 231 aa  182  6e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  44.55 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.79 
 
 		 230 aa  177  9e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  40 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  38.64 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  38.64 
 
 		 221 aa  172  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  38.64 
 
 		 222 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  40.89 
 
 		 223 aa  168  7e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 222 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  37.73 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2388  heavy metal response regulator  40.71 
 
 		 228 aa  165  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000142984  normal  0.119734 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2101  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.71 
 
 		 228 aa  165  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  37 
 
 		 229 aa  164  8e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  39.45 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  36.82 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  38.67 
 
 		 235 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 233 aa  161  8.000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.04 
 
 		 223 aa  159  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  39.21 
 
 		 233 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6519  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.05 
 
 		 228 aa  156  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.05 
 
 		 228 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.05 
 
 		 228 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1929  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 		 222 aa  155  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.541945  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 266 aa  155  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 240 aa  154  8e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1171  transcriptional regulatory protein YedW  38.01 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.84 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.04 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1191  transcriptional regulatory protein YedW  38.01 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1160  transcriptional regulatory protein YedW  38.01 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.728212 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1055  transcriptional regulatory protein YedW  38.01 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 225 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  35.59 
 
 		 224 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.77 
 
 		 232 aa  152  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 224 aa  151  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.56 
 
 		 225 aa  151  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  38.05 
 
 		 228 aa  151  8e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.38 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1732  DNA-binding response regulator  37.89 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.019008  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 227 aa  149  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1854  DNA-binding response regulator  35.78 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127782  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  37 
 
 		 227 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.9 
 
 		 233 aa  148  8e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2215  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.38 
 
 		 228 aa  148  8e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.04 
 
 		 223 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.04 
 
 		 223 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.94 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  36.2 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>