More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0691 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  83.93 
 
 		 224 aa  388  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  73.85 
 
 		 225 aa  343  1e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  72.32 
 
 		 225 aa  342  2e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  71.43 
 
 		 225 aa  338  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  71.62 
 
 		 225 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  70.98 
 
 		 225 aa  334  5e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  50.23 
 
 		 222 aa  224  7e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  45.62 
 
 		 237 aa  188  5e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.62 
 
 		 237 aa  188  5e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 		 227 aa  188  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  46.67 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  45.78 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  47.25 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 		 227 aa  185  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.87 
 
 		 225 aa  182  5.0000000000000004e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  44.95 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  44.69 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  45.19 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  43.78 
 
 		 227 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  43.32 
 
 		 227 aa  178  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.32 
 
 		 227 aa  178  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  43.32 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.32 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 		 233 aa  175  6e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  43.58 
 
 		 223 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 259 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  43.58 
 
 		 272 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  42.22 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  40.99 
 
 		 246 aa  168  5e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  42.47 
 
 		 225 aa  166  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 226 aa  165  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  41.47 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 222 aa  162  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  40.91 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  39.11 
 
 		 233 aa  161  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  39.82 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  39.37 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  39.38 
 
 		 233 aa  159  2e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.55 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 227 aa  159  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  37.96 
 
 		 231 aa  158  5e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.22 
 
 		 237 aa  158  6e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 		 224 aa  158  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  42.41 
 
 		 233 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1128  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.18 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.40399  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 222 aa  156  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.73 
 
 		 224 aa  155  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 228 aa  155  4e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.27 
 
 		 223 aa  154  8e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  41.18 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 233 aa  153  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  41.51 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  41.47 
 
 		 222 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.07 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  38.29 
 
 		 242 aa  149  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.46 
 
 		 225 aa  149  5e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  40.55 
 
 		 223 aa  148  5e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.18 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  37.84 
 
 		 222 aa  145  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  38.77 
 
 		 228 aa  144  9e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  37.84 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1929  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.73 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.541945  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  36.4 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.94 
 
 		 225 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 220 aa  140  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2104  DNA-binding response regulator YgiX, putative  37.9 
 
 		 219 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2431  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.806059  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.29 
 
 		 224 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  39.45 
 
 		 220 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  39.45 
 
 		 220 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  39.45 
 
 		 220 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.4 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4800  heavy metal response regulator  37.67 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185939 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.49 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  34.82 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0378  DNA-binding heavy metal response regulator  37.67 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.09 
 
 		 227 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  34.98 
 
 		 224 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  36.05 
 
 		 230 aa  138  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 224 aa  138  6e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1885  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 219 aa  138  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  35.32 
 
 		 225 aa  138  6e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1414  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.32 
 
 		 225 aa  138  7e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  34.82 
 
 		 224 aa  138  7e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  35.87 
 
 		 224 aa  138  7.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1948  response regulator receiver domain-containing protein  39.52 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1827  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 219 aa  137  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00738443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2150  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 219 aa  137  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00200664  normal  0.32319 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>