More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2611 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  462  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.76 
 
 		 227 aa  258  6e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  55.8 
 
 		 227 aa  254  7e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  55.8 
 
 		 227 aa  254  7e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  55.8 
 
 		 227 aa  254  7e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  55.8 
 
 		 227 aa  254  7e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.31 
 
 		 225 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  54.87 
 
 		 225 aa  251  8.000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  54.42 
 
 		 225 aa  251  1e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  57.21 
 
 		 227 aa  248  5e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  54.91 
 
 		 227 aa  248  7e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  54.91 
 
 		 227 aa  248  7e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  54.02 
 
 		 227 aa  247  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  56.14 
 
 		 227 aa  246  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  54.02 
 
 		 227 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  51.82 
 
 		 237 aa  245  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.82 
 
 		 237 aa  245  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  52.65 
 
 		 227 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 237 aa  242  5e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  51.36 
 
 		 237 aa  242  5e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 233 aa  233  3e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  49.78 
 
 		 227 aa  230  1e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 231 aa  228  8e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  48.43 
 
 		 224 aa  222  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  48.65 
 
 		 238 aa  219  3e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.9 
 
 		 237 aa  218  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  47.56 
 
 		 229 aa  218  6e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.85 
 
 		 224 aa  216  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  45.92 
 
 		 233 aa  216  2e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  52.49 
 
 		 223 aa  214  7e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  45.78 
 
 		 228 aa  212  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  51.58 
 
 		 272 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  50.93 
 
 		 222 aa  210  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 259 aa  209  4e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  47.56 
 
 		 233 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 231 aa  204  7e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.67 
 
 		 235 aa  198  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  42.6 
 
 		 240 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  40.62 
 
 		 224 aa  195  5.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.15 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 233 aa  192  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 222 aa  189  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  44.64 
 
 		 246 aa  188  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 240 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  42.53 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 228 aa  185  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 228 aa  184  7e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  38.91 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 226 aa  180  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 222 aa  178  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  39.29 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 227 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  38.91 
 
 		 222 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  38.91 
 
 		 242 aa  174  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  39.73 
 
 		 225 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  43.06 
 
 		 224 aa  172  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  37.67 
 
 		 222 aa  170  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.36 
 
 		 223 aa  169  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0378  DNA-binding heavy metal response regulator  41.82 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4800  heavy metal response regulator  41.82 
 
 		 224 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185939 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  40.74 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.38 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.17 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  42.99 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1341  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 226 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.41 
 
 		 225 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 652 aa  164  8e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.85 
 
 		 225 aa  164  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.08 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.09 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.09 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.52 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.09 
 
 		 223 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1929  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.541945  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  39.81 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.64 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.09 
 
 		 223 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.64 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2027  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.51435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.91 
 
 		 226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0208  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.81 
 
 		 238 aa  161  6e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  39.81 
 
 		 225 aa  161  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.27 
 
 		 225 aa  161  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  39.21 
 
 		 224 aa  161  8.000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  43.05 
 
 		 228 aa  161  9e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.41 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  41.36 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.81 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>