More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2524 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 240 aa  497  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  74.44 
 
 		 233 aa  359  2e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  49.36 
 
 		 246 aa  246  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 229 aa  238  4e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 225 aa  231  1e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 225 aa  229  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  50 
 
 		 225 aa  229  4e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  46.54 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.54 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  46.54 
 
 		 237 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  46.54 
 
 		 237 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  47.79 
 
 		 227 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  48.18 
 
 		 227 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  46.82 
 
 		 227 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.82 
 
 		 227 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.27 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 227 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 227 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 227 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 227 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 227 aa  210  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  45.29 
 
 		 227 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  44.89 
 
 		 227 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 		 231 aa  200  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.09 
 
 		 231 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  46.15 
 
 		 238 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  42.34 
 
 		 222 aa  198  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  41.89 
 
 		 242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 		 233 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 		 228 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  43.5 
 
 		 222 aa  195  6e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.02 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 		 226 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  42.2 
 
 		 224 aa  194  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  45.37 
 
 		 233 aa  192  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  45.45 
 
 		 272 aa  191  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  44.55 
 
 		 223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 222 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  45.66 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 233 aa  184  9e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  41.18 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 233 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  45.21 
 
 		 225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 222 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.95 
 
 		 223 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.37 
 
 		 224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  38.46 
 
 		 221 aa  179  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  38.74 
 
 		 224 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  41.52 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.17 
 
 		 230 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 224 aa  174  8e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 222 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  40.26 
 
 		 233 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 225 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  39.04 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  43.84 
 
 		 219 aa  165  8e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  37.61 
 
 		 235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.48 
 
 		 233 aa  162  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.59 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.38 
 
 		 266 aa  158  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.04 
 
 		 224 aa  158  6e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 225 aa  158  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.67 
 
 		 225 aa  158  8e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1171  transcriptional regulatory protein YedW  36.44 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.04 
 
 		 224 aa  157  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2388  heavy metal response regulator  38.84 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000142984  normal  0.119734 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2101  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.84 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1160  transcriptional regulatory protein YedW  36.44 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.728212 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1055  transcriptional regulatory protein YedW  36.44 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1191  transcriptional regulatory protein YedW  36.44 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1701  DNA-binding response regulator  37.22 
 
 		 230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00672994  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 226 aa  155  6e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.68 
 
 		 227 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.45 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  35.59 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  35.53 
 
 		 238 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6519  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.37 
 
 		 228 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.61 
 
 		 228 aa  152  5e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  35.27 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 223 aa  151  8e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.27 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  37.04 
 
 		 240 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  35.59 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1854  DNA-binding response regulator  36.24 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127782  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  36.53 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.07 
 
 		 223 aa  149  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  35.59 
 
 		 229 aa  149  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.94 
 
 		 223 aa  149  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 240 aa  149  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>