More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3676 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  100 
 
 		 230 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  65.61 
 
 		 223 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  61.71 
 
 		 240 aa  287  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  54.34 
 
 		 223 aa  248  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  53.42 
 
 		 272 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 225 aa  211  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  45.41 
 
 		 222 aa  207  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  45.87 
 
 		 225 aa  205  5e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 225 aa  203  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 225 aa  201  8e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 225 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.61 
 
 		 237 aa  199  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 231 aa  199  3e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  46.61 
 
 		 237 aa  199  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  45.5 
 
 		 227 aa  198  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  45.78 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  45.78 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  45.91 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.24 
 
 		 227 aa  196  3e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 226 aa  194  7e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  42.48 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  44.59 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 228 aa  189  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  44.59 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 227 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.81 
 
 		 229 aa  188  5e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  43.95 
 
 		 240 aa  187  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  39.01 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  40.91 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 		 227 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  44.34 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  41.36 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  41.63 
 
 		 242 aa  184  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 224 aa  184  7e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 228 aa  184  8e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 227 aa  184  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 227 aa  184  9e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 227 aa  184  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 227 aa  184  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  42.92 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.38 
 
 		 237 aa  179  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  41.18 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 222 aa  179  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  41.52 
 
 		 227 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.52 
 
 		 227 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  37.22 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  43.44 
 
 		 238 aa  179  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 224 aa  177  9e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.82 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  41.07 
 
 		 233 aa  177  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.77 
 
 		 231 aa  176  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 222 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 233 aa  175  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  40.83 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  44.39 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  40.91 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  38.01 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  38.33 
 
 		 252 aa  170  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.5 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  38.01 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  38.01 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 233 aa  168  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 228 aa  168  7e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  35.75 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  37 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  37.56 
 
 		 224 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  37.56 
 
 		 224 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.37 
 
 		 259 aa  166  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.44 
 
 		 223 aa  166  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 226 aa  165  5e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.56 
 
 		 248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 225 aa  165  5.9999999999999996e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 224 aa  164  6.9999999999999995e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3673  response regulator receiver  37.22 
 
 		 227 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  40.45 
 
 		 219 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13160  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  43.07 
 
 		 228 aa  162  3e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.719024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 230 aa  162  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4347  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 236 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0732  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.13 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.56 
 
 		 228 aa  162  5.0000000000000005e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 231 aa  161  7e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1341  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 226 aa  161  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 223 aa  161  8.000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.53 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.89 
 
 		 266 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 224 aa  159  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>