More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2129 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 231 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.99 
 
 		 259 aa  240  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 231 aa  234  6e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 228 aa  233  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  49.12 
 
 		 233 aa  229  4e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 233 aa  228  8e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 237 aa  224  1e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  49.55 
 
 		 227 aa  222  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  50 
 
 		 227 aa  221  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.64 
 
 		 227 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.21 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  47.16 
 
 		 227 aa  218  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 227 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 227 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 227 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 227 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  48.64 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  48.64 
 
 		 227 aa  215  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.64 
 
 		 227 aa  215  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  46.43 
 
 		 225 aa  215  4e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  48.18 
 
 		 238 aa  215  5.9999999999999996e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 225 aa  212  2.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  47.77 
 
 		 227 aa  213  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  46.82 
 
 		 229 aa  207  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 226 aa  206  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  45.58 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  45.58 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.21 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  45.74 
 
 		 225 aa  203  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  45.21 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  45.5 
 
 		 225 aa  201  8e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 233 aa  201  8e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  44.09 
 
 		 240 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  44.29 
 
 		 224 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 228 aa  197  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  46.61 
 
 		 223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  45.05 
 
 		 222 aa  196  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  46.15 
 
 		 272 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 233 aa  195  5.000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.38 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 		 227 aa  192  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  39.55 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  41.44 
 
 		 242 aa  189  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  43.24 
 
 		 233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  38.64 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  39.64 
 
 		 224 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  42.73 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.34 
 
 		 235 aa  185  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  42.47 
 
 		 233 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  40 
 
 		 222 aa  179  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 229 aa  178  4.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 227 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.52 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  39.73 
 
 		 246 aa  170  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  36.82 
 
 		 222 aa  168  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  42.27 
 
 		 219 aa  167  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  38.97 
 
 		 230 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1404  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 229 aa  166  4e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.153238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  39.21 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 225 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.41 
 
 		 225 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 224 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.47 
 
 		 225 aa  161  9e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.85 
 
 		 225 aa  161  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.85 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.85 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  39.27 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.79 
 
 		 228 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.79 
 
 		 228 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.99 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 225 aa  158  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  41.67 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 635 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  42.22 
 
 		 237 aa  156  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.17 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.17 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.17 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.41 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.53 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.3 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.41 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 		 227 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.91 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.41 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 223 aa  156  3e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.44 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 240 aa  155  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.56 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  39.74 
 
 		 229 aa  155  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.11 
 
 		 227 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>