More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0406 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 
232 aa  461  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  97.84 
 
 
232 aa  450  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  97.84 
 
 
232 aa  447  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  86.64 
 
 
249 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  88 
 
 
228 aa  396  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  86.67 
 
 
228 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  79.11 
 
 
231 aa  364  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  77.33 
 
 
227 aa  358  4e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.78 
 
 
241 aa  357  7e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  77.33 
 
 
241 aa  354  7.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  76.44 
 
 
240 aa  353  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  76.89 
 
 
234 aa  351  4e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  76 
 
 
241 aa  349  2e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  76.89 
 
 
230 aa  349  2e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  75.56 
 
 
238 aa  348  4e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  76 
 
 
238 aa  342  4e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  72.44 
 
 
252 aa  334  5.999999999999999e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  71.55 
 
 
235 aa  333  1e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  71.55 
 
 
235 aa  333  1e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  73.33 
 
 
233 aa  331  5e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  74.01 
 
 
224 aa  331  7.000000000000001e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  71.12 
 
 
255 aa  330  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.67 
 
 
248 aa  325  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.22 
 
 
248 aa  322  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  70.74 
 
 
228 aa  318  3.9999999999999996e-86  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  68.89 
 
 
225 aa  315  3e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  68.02 
 
 
223 aa  308  2.9999999999999997e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  64.78 
 
 
227 aa  304  9.000000000000001e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  66.08 
 
 
227 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.52 
 
 
226 aa  294  7e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  63.56 
 
 
226 aa  294  8e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  61.5 
 
 
225 aa  276  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  61.06 
 
 
223 aa  276  3e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.62 
 
 
226 aa  274  9e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  56.89 
 
 
226 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  56.44 
 
 
226 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  56.76 
 
 
229 aa  258  6e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.8 
 
 
227 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0767  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.31 
 
 
229 aa  256  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.870104  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  53.57 
 
 
225 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 
225 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  56.56 
 
 
230 aa  251  7e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  57.78 
 
 
228 aa  251  8.000000000000001e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  56.95 
 
 
228 aa  250  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  55.07 
 
 
225 aa  248  7e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  56.09 
 
 
262 aa  248  8e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  54.67 
 
 
225 aa  246  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0294  two component transcriptional regulator  55.07 
 
 
225 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3971  hypothetical protein  55.56 
 
 
224 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.139394 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  55.07 
 
 
225 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  53.78 
 
 
225 aa  246  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.07 
 
 
225 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  55.07 
 
 
225 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  53.12 
 
 
226 aa  245  4e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  54.22 
 
 
225 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  55.07 
 
 
225 aa  244  6e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3241  two-component transcriptional regulator  58.67 
 
 
224 aa  244  6e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.582303  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3977  two component transcriptional regulator  58.67 
 
 
224 aa  244  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0281  two component transcriptional regulator  55.07 
 
 
225 aa  244  9e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000001543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3740  two component transcriptional regulator  55.07 
 
 
225 aa  244  9e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0282  two component transcriptional regulator  55.07 
 
 
225 aa  244  9e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.919503  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  54.05 
 
 
227 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0109  response regulator receiver  55.16 
 
 
225 aa  243  3e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000662688  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  52.47 
 
 
227 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  54.71 
 
 
272 aa  237  9e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  53.36 
 
 
226 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  52.02 
 
 
227 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  53.36 
 
 
226 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0850  two component response regulator  53.3 
 
 
225 aa  234  7e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709175  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  52.91 
 
 
226 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  52.91 
 
 
226 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.16 
 
 
227 aa  233  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.767242 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  50.44 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.44 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  50.44 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  50.44 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  50.44 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  50.44 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  50.44 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  50.44 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3534  response regulator receiver protein  54.22 
 
 
225 aa  233  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.868885  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2085  two component transcriptional regulator  53.57 
 
 
224 aa  231  6e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6011  two component transcriptional regulator  53.57 
 
 
224 aa  231  6e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2066  two component transcriptional regulator  53.57 
 
 
224 aa  231  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.79 
 
 
258 aa  230  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3519  two component transcriptional regulator  51.57 
 
 
227 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683413  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  50.22 
 
 
228 aa  228  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  49.12 
 
 
226 aa  228  7e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  49.12 
 
 
226 aa  227  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  49.78 
 
 
223 aa  227  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 
224 aa  227  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2102  two component transcriptional regulator  53.33 
 
 
224 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  48.68 
 
 
226 aa  226  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.74 
 
 
232 aa  226  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1972  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 
224 aa  225  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.41262  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  47.37 
 
 
224 aa  224  7e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5679  two component transcriptional regulator  53.18 
 
 
248 aa  223  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.636814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0224  two component transcriptional regulator  50 
 
 
226 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175792  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4625  two component transcriptional regulator  53.18 
 
 
248 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3743  two component transcriptional regulator  53.18 
 
 
248 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>