More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3127 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  100 
 
 
227 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  99.12 
 
 
227 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3519  two component transcriptional regulator  81.5 
 
 
227 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683413  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  78.85 
 
 
226 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  78.85 
 
 
226 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  78.85 
 
 
226 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  78.85 
 
 
226 aa  361  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.85 
 
 
227 aa  327  7e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.767242 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2085  two component transcriptional regulator  66.37 
 
 
224 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6011  two component transcriptional regulator  66.37 
 
 
224 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2066  two component transcriptional regulator  66.37 
 
 
224 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  65.78 
 
 
272 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2102  two component transcriptional regulator  65.77 
 
 
224 aa  304  7e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1972  two component transcriptional regulator  65.77 
 
 
224 aa  304  8.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.41262  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5679  two component transcriptional regulator  65.3 
 
 
248 aa  297  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.636814 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3743  two component transcriptional regulator  64.84 
 
 
248 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4625  two component transcriptional regulator  64.84 
 
 
248 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3752  two component transcriptional regulator  56.25 
 
 
224 aa  268  4e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4616  two component transcriptional regulator  56.25 
 
 
224 aa  268  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.055256 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5688  two component transcriptional regulator  56.25 
 
 
224 aa  268  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0612982 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.12 
 
 
258 aa  253  1.0000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0850  two component response regulator  54.87 
 
 
225 aa  252  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709175  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  54.3 
 
 
230 aa  247  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  51.12 
 
 
226 aa  241  6e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3447  two component transcriptional regulator  55.71 
 
 
277 aa  240  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.679069  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.39 
 
 
241 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  52.02 
 
 
232 aa  238  4e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.39 
 
 
226 aa  238  6.999999999999999e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.02 
 
 
232 aa  237  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 
228 aa  237  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  51.58 
 
 
238 aa  236  2e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.02 
 
 
232 aa  236  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  52 
 
 
241 aa  235  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
228 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 
231 aa  234  6e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 
234 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5713  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.12 
 
 
225 aa  233  3e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  51.56 
 
 
241 aa  232  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  48.89 
 
 
229 aa  232  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 
227 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  52.49 
 
 
240 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  51.14 
 
 
225 aa  232  4.0000000000000004e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  51.58 
 
 
235 aa  231  5e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  51.58 
 
 
235 aa  231  5e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 
238 aa  231  7.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  51.58 
 
 
230 aa  231  7.000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1241  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 
247 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 
223 aa  230  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  47.51 
 
 
225 aa  229  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 
227 aa  229  3e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 
225 aa  229  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  50 
 
 
249 aa  229  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  52.21 
 
 
262 aa  229  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 
255 aa  228  6e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  52.42 
 
 
227 aa  227  9e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  51.34 
 
 
228 aa  227  1e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.23 
 
 
227 aa  227  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 
248 aa  226  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0224  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
226 aa  226  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175792  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.88 
 
 
227 aa  226  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 
248 aa  225  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  50 
 
 
226 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  49.77 
 
 
225 aa  224  6e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
225 aa  224  6e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0767  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.33 
 
 
229 aa  224  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.870104  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  50 
 
 
226 aa  224  7e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 
225 aa  224  7e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0282  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
225 aa  224  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.919503  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0281  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
225 aa  224  8e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000001543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3740  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
225 aa  224  8e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 
226 aa  224  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 
225 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 
225 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 
225 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0294  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 
225 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
225 aa  222  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 
225 aa  221  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  47.98 
 
 
252 aa  222  4.9999999999999996e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
224 aa  221  6e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 
225 aa  221  8e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 
228 aa  221  8e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  46.19 
 
 
225 aa  218  3.9999999999999997e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 
233 aa  218  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0109  response regulator receiver  47.98 
 
 
225 aa  218  5e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000662688  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  46.64 
 
 
226 aa  212  4.9999999999999996e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3413  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 
236 aa  210  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  48.86 
 
 
223 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3534  response regulator receiver protein  49.32 
 
 
225 aa  208  6e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.868885  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3971  hypothetical protein  47.51 
 
 
224 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.139394 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 
228 aa  203  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3674  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 
263 aa  202  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400914  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  48 
 
 
228 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  47.51 
 
 
230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2192  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.51 
 
 
230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  47.51 
 
 
230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000187636  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3977  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 
224 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3241  two-component transcriptional regulator  46.61 
 
 
224 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.582303  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  45.33 
 
 
228 aa  196  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.128663 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.54 
 
 
227 aa  195  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.54 
 
 
227 aa  195  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>