More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5597 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  60.57 
 
 		 877 aa  640    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  77.23 
 
 		 601 aa  800    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  95.77 
 
 		 591 aa  1037    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  77.23 
 
 		 601 aa  800    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  77.07 
 
 		 601 aa  812    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  100 
 
 		 591 aa  1161    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  49.5 
 
 		 966 aa  488  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  47.02 
 
 		 1010 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  48.41 
 
 		 1001 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  45.89 
 
 		 658 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  46.32 
 
 		 950 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  43.48 
 
 		 973 aa  398  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  41.41 
 
 		 1014 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 		 921 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  40.85 
 
 		 618 aa  378  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  42.95 
 
 		 972 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  42.76 
 
 		 973 aa  365  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  42.55 
 
 		 973 aa  363  4e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  42.1 
 
 		 948 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  46.91 
 
 		 948 aa  347  4e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  42.62 
 
 		 493 aa  333  6e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  42.8 
 
 		 493 aa  333  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  42.8 
 
 		 493 aa  333  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  38.82 
 
 		 956 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  48.09 
 
 		 502 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  37.45 
 
 		 928 aa  300  5e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  37.64 
 
 		 961 aa  293  8e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  40.14 
 
 		 953 aa  291  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  37.52 
 
 		 950 aa  289  9e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 959 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  38.31 
 
 		 906 aa  276  8e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 781 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  37.34 
 
 		 490 aa  272  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  38.61 
 
 		 481 aa  268  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  36.8 
 
 		 946 aa  265  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  37.41 
 
 		 922 aa  263  6e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  41.83 
 
 		 1087 aa  261  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  35.85 
 
 		 954 aa  262  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  47.29 
 
 		 1066 aa  258  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 775 aa  257  4e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  36.19 
 
 		 999 aa  254  3e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  46.24 
 
 		 1056 aa  253  9.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  38.15 
 
 		 468 aa  253  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  45.92 
 
 		 1042 aa  252  1e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  34.32 
 
 		 701 aa  251  3e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  41.56 
 
 		 1085 aa  251  3e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  44.8 
 
 		 1017 aa  250  4e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  43.54 
 
 		 1050 aa  246  9e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  39.46 
 
 		 1102 aa  246  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 1137 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 886 aa  242  2e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  37.25 
 
 		 792 aa  239  9e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  40.8 
 
 		 887 aa  237  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  41.18 
 
 		 1092 aa  237  5.0000000000000005e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  40.05 
 
 		 1125 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  38.35 
 
 		 960 aa  235  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  42.7 
 
 		 1058 aa  234  4.0000000000000004e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 882 aa  233  5e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  42.42 
 
 		 952 aa  232  1e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 1085 aa  232  2e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  36.75 
 
 		 901 aa  228  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 816 aa  227  4e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  33.05 
 
 		 504 aa  227  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  40.23 
 
 		 824 aa  226  6e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  42.66 
 
 		 1058 aa  224  3e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0992  LuxR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 814 aa  223  7e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  41.77 
 
 		 916 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  43.14 
 
 		 1093 aa  221  3e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  43.34 
 
 		 1119 aa  220  5e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  40.78 
 
 		 957 aa  219  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  40.51 
 
 		 1055 aa  218  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2898  transcriptional regulator, winged helix family  44.33 
 
 		 1094 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.343101 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2819  ATPase-like protein  38.16 
 
 		 776 aa  216  8e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  38.79 
 
 		 840 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  42.16 
 
 		 1110 aa  215  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  40.55 
 
 		 1100 aa  214  4.9999999999999996e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3338  transcriptional regulator, LuxR family  40.52 
 
 		 919 aa  213  5.999999999999999e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.682048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 1043 aa  212  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  36.24 
 
 		 1097 aa  211  3e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2207  XRE family transcriptional regulator  33.42 
 
 		 901 aa  209  1e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  40.47 
 
 		 1060 aa  209  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  42.41 
 
 		 1072 aa  209  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  41.37 
 
 		 765 aa  209  2e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  36.34 
 
 		 1103 aa  204  4e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4464  LuxR family transcriptional regulator  39.95 
 
 		 1082 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0122059 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  40.6 
 
 		 1049 aa  200  7e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  37.08 
 
 		 827 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1245  transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 		 1158 aa  198  2.0000000000000003e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275106  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  39.07 
 
 		 1227 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1995  transcriptional regulator, winged helix family  40.21 
 
 		 878 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1038  ATPase-like protein  39.13 
 
 		 1036 aa  197  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.676249  normal  0.10477 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1468  transcriptional regulator, winged helix family  42.69 
 
 		 969 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119057  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  40.69 
 
 		 943 aa  196  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1058  protein kinase  33.85 
 
 		 678 aa  194  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3528  transcriptional regulator, winged helix family  41.94 
 
 		 1005 aa  193  6e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.105108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1442  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 888 aa  193  8e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.31533  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  40.74 
 
 		 755 aa  192  1e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  38.33 
 
 		 818 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0394  transcriptional regulator, winged helix family  41.64 
 
 		 1049 aa  190  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  36.65 
 
 		 760 aa  189  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.183433 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>