More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_04004 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  100 
 
 		 512 aa  1056    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  99.8 
 
 		 512 aa  1055    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  99.41 
 
 		 512 aa  1053    Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  99.02 
 
 		 512 aa  1050    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  99.8 
 
 		 512 aa  1055    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  99.61 
 
 		 512 aa  1054    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  100 
 
 		 512 aa  1056    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  100 
 
 		 512 aa  1056    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  58.88 
 
 		 514 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  58.88 
 
 		 514 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  58.69 
 
 		 514 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  58.69 
 
 		 514 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  58.38 
 
 		 518 aa  599  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  56.96 
 
 		 395 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2716  transcriptional activator CadC  63.64 
 
 		 133 aa  179  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.03 
 
 		 541 aa  157  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.07 
 
 		 523 aa  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  25.82 
 
 		 522 aa  137  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.33 
 
 		 542 aa  134  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  30.6 
 
 		 717 aa  93.6  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  38.78 
 
 		 691 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  27.57 
 
 		 774 aa  80.5  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  37.3 
 
 		 711 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  31.54 
 
 		 1074 aa  79  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  37.04 
 
 		 712 aa  77.8  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 1067 aa  77  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  32.56 
 
 		 762 aa  77  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  30.71 
 
 		 756 aa  76.3  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 1089 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 1075 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 1089 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  29.41 
 
 		 1102 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  34.65 
 
 		 693 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.11 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  43.21 
 
 		 678 aa  73.6  0.000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  32.73 
 
 		 772 aa  73.2  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 1075 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 1075 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  39.13 
 
 		 711 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  28.57 
 
 		 382 aa  72.4  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 1063 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 1092 aa  72.4  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 1080 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  30.26 
 
 		 729 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  33.65 
 
 		 1092 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  30.97 
 
 		 956 aa  70.1  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  37.35 
 
 		 1020 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  29.75 
 
 		 507 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1569  winged helix family two component response transcriptional regulator  34.34 
 
 		 236 aa  68.6  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000954897  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  33.94 
 
 		 725 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  33.33 
 
 		 1131 aa  67.4  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.65 
 
 		 234 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.11 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  34.75 
 
 		 262 aa  65.1  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  38.38 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  36.54 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  24.84 
 
 		 966 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  25.58 
 
 		 504 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 277 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 235 aa  62.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  39.66 
 
 		 294 aa  63.2  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 481 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 239 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 928 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.37 
 
 		 245 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 239 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 272 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 959 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  30.49 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  31.03 
 
 		 565 aa  61.6  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  28 
 
 		 518 aa  61.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  32.67 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  34.23 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  30.28 
 
 		 522 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  33.33 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  33.33 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  33.33 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  33.33 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  33.33 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  33.33 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  33.33 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  33.02 
 
 		 1124 aa  59.7  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  33.33 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  33.33 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  33 
 
 		 490 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5235  DNA-binding response regulator  38.46 
 
 		 220 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0048741  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 238 aa  58.5  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  34.02 
 
 		 591 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.95 
 
 		 242 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.95 
 
 		 242 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  28.45 
 
 		 954 aa  58.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0980  response regulator receiver domain-containing protein  27.18 
 
 		 223 aa  58.5  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.0000790444  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0841  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.1 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0175  two-component response regulator  26.21 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.64 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>