More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3061 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  47.71 
 
 		 713 aa  684    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1312  TolB domain-containing protein  87.65 
 
 		 413 aa  758    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  49.65 
 
 		 715 aa  695    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  50.42 
 
 		 714 aa  725    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  86.17 
 
 		 716 aa  1299    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  85.34 
 
 		 716 aa  1290    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  100 
 
 		 716 aa  1485    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  45.24 
 
 		 700 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  78.31 
 
 		 262 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  23.58 
 
 		 717 aa  148  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  25.23 
 
 		 774 aa  107  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  22.69 
 
 		 696 aa  92.8  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  20.5 
 
 		 702 aa  89  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  25.98 
 
 		 1005 aa  82.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  20.75 
 
 		 729 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  24.2 
 
 		 1040 aa  77.4  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  23.54 
 
 		 1042 aa  77  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  21.26 
 
 		 712 aa  76.3  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  23.28 
 
 		 1042 aa  76.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  23.02 
 
 		 772 aa  73.9  0.000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  21.18 
 
 		 693 aa  72  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.29 
 
 		 407 aa  69.3  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  28.78 
 
 		 572 aa  68.6  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.53 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  23.87 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  26.06 
 
 		 445 aa  67.4  0.0000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  25.48 
 
 		 1014 aa  65.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  23.71 
 
 		 449 aa  65.1  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  27.45 
 
 		 567 aa  65.1  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  26.13 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  27 
 
 		 443 aa  64.7  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  27 
 
 		 443 aa  64.3  0.000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  25.61 
 
 		 1062 aa  64.3  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000193716 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  25.33 
 
 		 1062 aa  64.3  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  24.62 
 
 		 427 aa  64.3  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  26.06 
 
 		 1062 aa  64.3  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  24.41 
 
 		 446 aa  63.9  0.000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  25.76 
 
 		 1062 aa  63.5  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  26.64 
 
 		 438 aa  63.9  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0019  amidohydrolase  25.3 
 
 		 1062 aa  63.5  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000934915 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  22.79 
 
 		 725 aa  62.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  25.76 
 
 		 1062 aa  63.2  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  24.19 
 
 		 445 aa  62.8  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0017  amidohydrolase  25.87 
 
 		 1049 aa  62.4  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  25.09 
 
 		 1062 aa  62.4  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  26.58 
 
 		 443 aa  62  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.49 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1154  WD40-like beta propeller protein  23.81 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  22.64 
 
 		 1071 aa  61.2  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  24.11 
 
 		 1028 aa  60.8  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1611  hypothetical protein  22.68 
 
 		 656 aa  60.5  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  38.1 
 
 		 615 aa  60.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  35.85 
 
 		 1089 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 1092 aa  60.1  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  31.3 
 
 		 440 aa  60.5  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  25.45 
 
 		 1062 aa  60.5  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  19.45 
 
 		 691 aa  60.5  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0966  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  25.34 
 
 		 976 aa  60.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000198927  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2492  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  21.4 
 
 		 970 aa  60.5  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  21.48 
 
 		 296 aa  60.5  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  35.85 
 
 		 1075 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  35.85 
 
 		 1089 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  22.11 
 
 		 450 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  26.85 
 
 		 414 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  33.96 
 
 		 1092 aa  59.7  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.15 
 
 		 430 aa  59.3  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  22.12 
 
 		 444 aa  59.7  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  29.07 
 
 		 642 aa  59.3  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  35.85 
 
 		 1067 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  28.07 
 
 		 433 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  23.28 
 
 		 432 aa  58.9  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  28.07 
 
 		 423 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2952  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  23.58 
 
 		 695 aa  59.3  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  23.75 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  25.08 
 
 		 1069 aa  58.5  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  28.07 
 
 		 423 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3021  hypothetical protein  22.04 
 
 		 499 aa  58.2  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0380667  normal  0.511265 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  28.21 
 
 		 432 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2041  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  23.94 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4531  serine/threonine protein kinase  25.08 
 
 		 646 aa  57.8  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.114343  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  22.41 
 
 		 1059 aa  58.2  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  24.13 
 
 		 1065 aa  57.8  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  28.07 
 
 		 423 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4490  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  27.37 
 
 		 681 aa  57.8  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  33.96 
 
 		 1075 aa  57.8  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  26 
 
 		 354 aa  57.8  0.0000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.96 
 
 		 1063 aa  57.8  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.96 
 
 		 1075 aa  57.4  0.0000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  27.68 
 
 		 442 aa  57.4  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  26.49 
 
 		 440 aa  57  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  23.63 
 
 		 434 aa  56.6  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  27.49 
 
 		 450 aa  57  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  21.46 
 
 		 442 aa  56.6  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  23.68 
 
 		 1062 aa  57  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.9 
 
 		 512 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  33.02 
 
 		 1080 aa  57  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  27.22 
 
 		 442 aa  55.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1385  hypothetical protein  21.79 
 
 		 656 aa  56.2  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  27.35 
 
 		 433 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.05 
 
 		 512 aa  55.5  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>