More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_4688 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  99.61 
 
 		 512 aa  1054    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  99.41 
 
 		 512 aa  1053    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  99.41 
 
 		 512 aa  1053    Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  99.61 
 
 		 512 aa  1054    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  99.61 
 
 		 512 aa  1054    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  100 
 
 		 512 aa  1056    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  98.63 
 
 		 512 aa  1048    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  99.41 
 
 		 512 aa  1053    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  58.49 
 
 		 514 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  58.49 
 
 		 514 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  58.69 
 
 		 514 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  58.69 
 
 		 514 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  58.38 
 
 		 518 aa  599  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  56.7 
 
 		 395 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2716  transcriptional activator CadC  63.64 
 
 		 133 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.03 
 
 		 541 aa  156  7e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.07 
 
 		 523 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  26.16 
 
 		 522 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  25.14 
 
 		 542 aa  134  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  31.15 
 
 		 717 aa  95.9  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  37.76 
 
 		 691 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  28.5 
 
 		 774 aa  83.2  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  32.31 
 
 		 1074 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  38.1 
 
 		 711 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  33.33 
 
 		 762 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  35.58 
 
 		 1067 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  31.5 
 
 		 756 aa  77.4  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  37.04 
 
 		 712 aa  77  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  35.58 
 
 		 1089 aa  77  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  35.58 
 
 		 1075 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  35.58 
 
 		 1089 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  30.15 
 
 		 1102 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.11 
 
 		 412 aa  74.3  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  35.58 
 
 		 1075 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  34.65 
 
 		 693 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.58 
 
 		 1075 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  35.58 
 
 		 1080 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.58 
 
 		 1063 aa  73.6  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  29.25 
 
 		 382 aa  73.6  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  43.21 
 
 		 678 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  31.82 
 
 		 772 aa  72  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  30.26 
 
 		 729 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 1092 aa  72  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  31.61 
 
 		 956 aa  71.2  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 1092 aa  70.9  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  38.04 
 
 		 711 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  38.55 
 
 		 1020 aa  70.9  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  30.58 
 
 		 507 aa  70.1  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1569  winged helix family two component response transcriptional regulator  33.33 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000954897  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  33.94 
 
 		 725 aa  67  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 262 aa  66.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  32.29 
 
 		 1131 aa  65.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.69 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  25.49 
 
 		 966 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  25.97 
 
 		 504 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  40.52 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  33.98 
 
 		 928 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0815  two component transcriptional regulator  37.37 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.348891 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.08 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  36.54 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  35.09 
 
 		 241 aa  62.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  33.54 
 
 		 292 aa  62.4  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 959 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 518 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  32.18 
 
 		 565 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 239 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 239 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 239 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 481 aa  62  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.66 
 
 		 235 aa  61.6  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5358  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6809  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.867301 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4496  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5785  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5550  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  34 
 
 		 490 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  30.28 
 
 		 522 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 591 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 954 aa  59.7  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  33.02 
 
 		 1124 aa  59.7  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  31.68 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  29.92 
 
 		 330 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  32.11 
 
 		 715 aa  58.9  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  30.91 
 
 		 425 aa  58.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  45.07 
 
 		 290 aa  58.9  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 251 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 219 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  32.32 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  32.32 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  32.32 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  32.32 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  32.32 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.83 
 
 		 413 aa  58.5  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  32.32 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1844  response regulator receiver  39.74 
 
 		 224 aa  58.5  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0160507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  32.32 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  32.32 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  30.53 
 
 		 250 aa  58.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  32.32 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>