More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1311 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  100 
 
 		 262 aa  544  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  79.92 
 
 		 716 aa  421  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  79.92 
 
 		 716 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  78.31 
 
 		 716 aa  408  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  48.58 
 
 		 714 aa  228  7e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  46.64 
 
 		 713 aa  224  9e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  48.96 
 
 		 715 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  46.61 
 
 		 700 aa  205  5e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  28.74 
 
 		 696 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.59 
 
 		 512 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  38.32 
 
 		 1092 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  34.75 
 
 		 512 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  34.75 
 
 		 512 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.75 
 
 		 512 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  34.75 
 
 		 512 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.75 
 
 		 512 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.75 
 
 		 512 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.75 
 
 		 512 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  39.25 
 
 		 1075 aa  63.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  39.25 
 
 		 1063 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  39.25 
 
 		 1075 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  38.32 
 
 		 1080 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  38.18 
 
 		 1075 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  35.83 
 
 		 1074 aa  63.9  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  22.97 
 
 		 702 aa  62.8  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  38.32 
 
 		 1089 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  38.32 
 
 		 1089 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  38.32 
 
 		 1067 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  36.36 
 
 		 518 aa  59.3  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02492  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  32.14 
 
 		 229 aa  58.5  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.506678  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1629  multi-component transcriptional regulator  39.78 
 
 		 613 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.703021  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 1092 aa  57.8  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  23.94 
 
 		 717 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  30.28 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  33.98 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  31.82 
 
 		 1102 aa  55.5  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  28.18 
 
 		 693 aa  54.7  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2015  two component transcriptional regulator  34.34 
 
 		 233 aa  54.7  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0984  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 246 aa  54.7  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0723779 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  33.01 
 
 		 239 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0175  two-component response regulator  32.67 
 
 		 224 aa  53.5  0.000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1597  two component transcriptional regulator  33.94 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0235  response regulator receiver  32.35 
 
 		 223 aa  53.5  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.26 
 
 		 412 aa  53.5  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  33.01 
 
 		 239 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  32.38 
 
 		 239 aa  53.1  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1490  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  33.33 
 
 		 233 aa  53.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.72233  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0579  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  33.33 
 
 		 233 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0503015  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0785  DNA-binding response regulator PhoB  33.33 
 
 		 233 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1623  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  33.33 
 
 		 233 aa  53.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1520  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  33.33 
 
 		 233 aa  53.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2768  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  33.33 
 
 		 233 aa  53.1  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.368066  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2180  two component transcriptional regulator  31.48 
 
 		 235 aa  53.1  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0753297 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0242  two-component regulator  34.65 
 
 		 223 aa  53.1  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.20879  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0824  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.36 
 
 		 229 aa  52.8  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0572  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  33.33 
 
 		 233 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1296  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  33.33 
 
 		 233 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  37.84 
 
 		 678 aa  52.8  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  31.37 
 
 		 409 aa  52.8  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  33.64 
 
 		 395 aa  52.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1659  two component transcriptional regulator  32.69 
 
 		 245 aa  52.4  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.64 
 
 		 514 aa  52.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.64 
 
 		 514 aa  52.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.64 
 
 		 514 aa  52.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.64 
 
 		 514 aa  52.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03550  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.49 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.329191  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0404  DNA-binding response regulator  31.68 
 
 		 223 aa  52  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.887957  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0200  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 242 aa  51.6  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0955644  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0443  response regulator receiver protein  36.78 
 
 		 250 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1053  two component transcriptional regulator  31.43 
 
 		 229 aa  51.6  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1603  DNA-binding response regulator  31.68 
 
 		 223 aa  51.6  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.72895  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6176  winged helix family two component response transcriptional regulator  34.02 
 
 		 247 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.186762 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0379  DNA-binding response regulator  31.68 
 
 		 223 aa  52  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2243  response regulator receiver protein  31.19 
 
 		 226 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0170584  normal  0.321433 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1277  two component transcriptional regulator  32.69 
 
 		 233 aa  50.8  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0649233  normal  0.253886 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  35.9 
 
 		 239 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  22.67 
 
 		 712 aa  51.2  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  35.9 
 
 		 239 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  35.9 
 
 		 239 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  35.9 
 
 		 239 aa  51.2  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  35.9 
 
 		 239 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4448  two component transcriptional regulator  32.32 
 
 		 233 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  35.9 
 
 		 239 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0664  two component transcriptional regulator  32.67 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0745  two-component regulator  31.68 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.802142  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  35.9 
 
 		 239 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 		 227 aa  50.8  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  33.02 
 
 		 1131 aa  50.8  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.11 
 
 		 256 aa  50.8  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1194  two component transcriptional regulator  32.32 
 
 		 233 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.159741  normal  0.484581 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 232 aa  50.4  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0337  winged helix family two component response transcriptional regulator  28.93 
 
 		 239 aa  50.1  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2021  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.63 
 
 		 237 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.198844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1713  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  29.63 
 
 		 237 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0484795  normal  0.810471 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  28.95 
 
 		 691 aa  50.4  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1276  two component transcriptional regulator  32.32 
 
 		 233 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0824  two component transcriptional regulator  32.32 
 
 		 233 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0227  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  33.65 
 
 		 236 aa  50.4  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1182  two component transcriptional regulator  32.32 
 
 		 233 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>