More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3323 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  100 
 
 		 774 aa  1539    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  47.32 
 
 		 772 aa  652    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  31.59 
 
 		 717 aa  218  2.9999999999999998e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  23.77 
 
 		 716 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  24.42 
 
 		 700 aa  110  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  21.85 
 
 		 729 aa  109  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  25.23 
 
 		 716 aa  107  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  23.63 
 
 		 716 aa  105  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  21.29 
 
 		 725 aa  97.4  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  23.24 
 
 		 713 aa  90.9  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  26.21 
 
 		 469 aa  89.4  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  22.17 
 
 		 715 aa  88.6  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  27.79 
 
 		 969 aa  88.2  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  22.86 
 
 		 712 aa  87.4  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  18.96 
 
 		 714 aa  86.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  26.39 
 
 		 1097 aa  82.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  28.33 
 
 		 444 aa  80.9  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2133  translocation protein TolB  29.49 
 
 		 439 aa  79.3  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.76 
 
 		 518 aa  79.7  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  27.37 
 
 		 395 aa  78.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.82 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.52 
 
 		 514 aa  77.4  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.52 
 
 		 514 aa  77.4  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.37 
 
 		 514 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.52 
 
 		 512 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  35.29 
 
 		 512 aa  76.6  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  35.29 
 
 		 512 aa  76.6  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.29 
 
 		 512 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  35.64 
 
 		 693 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.29 
 
 		 512 aa  76.6  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.29 
 
 		 512 aa  76.6  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  35.29 
 
 		 512 aa  76.6  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.52 
 
 		 514 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0750  WD40 domain protein beta Propeller  27.27 
 
 		 441 aa  73.9  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257042  normal  0.0548288 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  25.45 
 
 		 1090 aa  72.8  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  26.55 
 
 		 756 aa  73.6  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  20.1 
 
 		 702 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5294  peptidase S41  26.03 
 
 		 1167 aa  72  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  26.46 
 
 		 1042 aa  72  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  29.24 
 
 		 451 aa  71.2  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  27.44 
 
 		 419 aa  70.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  27.31 
 
 		 446 aa  70.9  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  26.52 
 
 		 1040 aa  69.7  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  25.6 
 
 		 1082 aa  70.1  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  29.23 
 
 		 434 aa  69.7  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  29.23 
 
 		 434 aa  69.7  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  26.48 
 
 		 461 aa  69.7  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  26.28 
 
 		 1042 aa  68.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  27.6 
 
 		 1005 aa  69.3  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  31.22 
 
 		 567 aa  68.6  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  29.23 
 
 		 434 aa  68.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  28.7 
 
 		 454 aa  68.6  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  29.8 
 
 		 428 aa  67  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  26.91 
 
 		 428 aa  66.2  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3088  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  29.2 
 
 		 661 aa  66.6  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350788 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2310  peptidase S41  26.55 
 
 		 1067 aa  66.6  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  27.8 
 
 		 443 aa  66.6  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  27.1 
 
 		 437 aa  66.2  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  27.1 
 
 		 440 aa  66.2  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  22.37 
 
 		 711 aa  65.5  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  38.38 
 
 		 711 aa  65.5  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  27.36 
 
 		 419 aa  65.5  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1631  WD40 domain-containing protein  29.07 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  22.96 
 
 		 615 aa  65.1  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  25.12 
 
 		 442 aa  64.7  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  34.07 
 
 		 565 aa  64.7  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  27.11 
 
 		 440 aa  64.7  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  25.79 
 
 		 434 aa  64.7  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  38.14 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  29.47 
 
 		 437 aa  64.3  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  26.58 
 
 		 434 aa  64.3  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  32.63 
 
 		 1028 aa  63.5  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  26.89 
 
 		 419 aa  63.9  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  26.63 
 
 		 440 aa  63.9  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  29.75 
 
 		 441 aa  63.9  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  27.4 
 
 		 446 aa  63.5  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 330 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  30.05 
 
 		 642 aa  63.9  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  25.89 
 
 		 434 aa  63.9  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  27.83 
 
 		 442 aa  63.5  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  27.85 
 
 		 450 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0614  TolB protein, putative  26.96 
 
 		 449 aa  63.2  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00377452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28 
 
 		 430 aa  63.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  29.06 
 
 		 424 aa  62.4  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  26.97 
 
 		 1059 aa  62.4  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  38.46 
 
 		 229 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  25.63 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  23.96 
 
 		 298 aa  62.8  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  25.74 
 
 		 431 aa  62  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.05 
 
 		 428 aa  62  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  25.74 
 
 		 431 aa  62  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  29.41 
 
 		 445 aa  62  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  25.74 
 
 		 431 aa  62  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000303788  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2178  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  27.59 
 
 		 292 aa  62  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6416  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  31.98 
 
 		 362 aa  62  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  25.74 
 
 		 431 aa  62  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  25.74 
 
 		 431 aa  62  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  26.23 
 
 		 461 aa  62  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  21.55 
 
 		 762 aa  61.6  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>