More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1111 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  100 
 
 		 446 aa  890    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  74.88 
 
 		 444 aa  640    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  74.88 
 
 		 444 aa  640    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  75.12 
 
 		 444 aa  640    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  70.27 
 
 		 441 aa  625  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  68.85 
 
 		 445 aa  613  9.999999999999999e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  64.35 
 
 		 461 aa  563  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  55.09 
 
 		 450 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  55.18 
 
 		 446 aa  466  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  54.68 
 
 		 444 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  52.48 
 
 		 450 aa  461  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  54.68 
 
 		 449 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3056  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  55.63 
 
 		 450 aa  455  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557578  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  54.2 
 
 		 449 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  52.47 
 
 		 436 aa  456  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  54.16 
 
 		 443 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  53.48 
 
 		 450 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  53.93 
 
 		 443 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  53.71 
 
 		 443 aa  451  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1094  translocation protein TolB  52.38 
 
 		 443 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  54.22 
 
 		 441 aa  438  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6881  translocation protein TolB  52.42 
 
 		 462 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464057 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3495  translocation protein TolB  51.92 
 
 		 435 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.594815  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  51.25 
 
 		 439 aa  423  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3621  translocation protein TolB  51.49 
 
 		 435 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3200  translocation protein TolB  51.67 
 
 		 435 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2133  translocation protein TolB  52.26 
 
 		 439 aa  409  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0144  translocation protein TolB  46.21 
 
 		 442 aa  399  9.999999999999999e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0270  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  48.53 
 
 		 448 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.989147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  49.42 
 
 		 442 aa  383  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2416  TolB domain-containing protein  46.17 
 
 		 453 aa  384  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  47.56 
 
 		 446 aa  376  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  49.06 
 
 		 442 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  45.93 
 
 		 454 aa  372  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  48.2 
 
 		 446 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  48.2 
 
 		 446 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  45.39 
 
 		 445 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  47.83 
 
 		 451 aa  353  2.9999999999999997e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2899  TolB domain-containing protein  42.76 
 
 		 469 aa  349  5e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000201302  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  44.52 
 
 		 461 aa  346  5e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1211  translocation protein TolB  44.36 
 
 		 462 aa  335  7e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  39.17 
 
 		 450 aa  308  2.0000000000000002e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_002978  WD0038  translocation protein TolB  40.14 
 
 		 420 aa  303  3.0000000000000004e-81  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0823662  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  35.82 
 
 		 434 aa  247  3e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  35.65 
 
 		 415 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  32.05 
 
 		 432 aa  236  6e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  35.65 
 
 		 435 aa  230  4e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  32.88 
 
 		 427 aa  228  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  33.49 
 
 		 421 aa  226  9e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  33.78 
 
 		 429 aa  225  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  34.38 
 
 		 437 aa  224  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.63 
 
 		 422 aa  224  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  33.63 
 
 		 422 aa  224  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  33.11 
 
 		 426 aa  222  9e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  33.56 
 
 		 442 aa  222  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  33.18 
 
 		 457 aa  222  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  34.87 
 
 		 424 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  34.76 
 
 		 414 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  33.25 
 
 		 438 aa  219  8.999999999999998e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  34.37 
 
 		 423 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  32.06 
 
 		 428 aa  218  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  34.37 
 
 		 433 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  34.37 
 
 		 423 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  34.13 
 
 		 423 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  32.06 
 
 		 428 aa  217  4e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 441 aa  216  5e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  34.7 
 
 		 439 aa  216  5.9999999999999996e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  32.51 
 
 		 425 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  34.09 
 
 		 432 aa  216  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  32.56 
 
 		 443 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  34.29 
 
 		 443 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  32.3 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  34.87 
 
 		 435 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  33.41 
 
 		 433 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  34.76 
 
 		 439 aa  213  4.9999999999999996e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 446 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  32.77 
 
 		 440 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  34.59 
 
 		 427 aa  213  7e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  33.17 
 
 		 433 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  33.11 
 
 		 436 aa  212  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  34.58 
 
 		 442 aa  211  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  33.63 
 
 		 442 aa  210  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  33.18 
 
 		 442 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  33.18 
 
 		 442 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  33.18 
 
 		 442 aa  209  9e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  32.66 
 
 		 441 aa  209  9e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  29.96 
 
 		 450 aa  209  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  32.79 
 
 		 428 aa  208  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  31.67 
 
 		 440 aa  207  4e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  31.07 
 
 		 445 aa  207  4e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000320948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  31.67 
 
 		 437 aa  207  4e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  32.96 
 
 		 442 aa  206  6e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 441 aa  206  7e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  32.54 
 
 		 442 aa  206  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  30.8 
 
 		 451 aa  206  8e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.17 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  32.05 
 
 		 432 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  32.62 
 
 		 403 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  33.04 
 
 		 441 aa  204  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  32.96 
 
 		 442 aa  204  3e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>