More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1394 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  81.9 
 
 
442 aa  759    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  81 
 
 
442 aa  761    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  81.22 
 
 
442 aa  763    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  76.24 
 
 
442 aa  727    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  77.38 
 
 
441 aa  721    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  80.77 
 
 
442 aa  758    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  76.24 
 
 
442 aa  723    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  100 
 
 
442 aa  907    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  81.45 
 
 
442 aa  764    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  76.92 
 
 
440 aa  717    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  82.13 
 
 
442 aa  764    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  82.13 
 
 
442 aa  764    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  76.7 
 
 
441 aa  716    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  85.75 
 
 
442 aa  791    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  82.13 
 
 
442 aa  764    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  81.67 
 
 
442 aa  761    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  58.54 
 
 
451 aa  553  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  57.43 
 
 
451 aa  550  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  53.06 
 
 
437 aa  496  1e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  52.67 
 
 
449 aa  484  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1898  translocation protein TolB  51.44 
 
 
450 aa  475  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  52.62 
 
 
442 aa  474  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  52.16 
 
 
442 aa  465  9.999999999999999e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  50.81 
 
 
450 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  48.26 
 
 
431 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1397  translocation protein TolB  46.56 
 
 
430 aa  404  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000187657  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  48.26 
 
 
431 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2868  translocation protein TolB  46.56 
 
 
430 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000034107  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  48.26 
 
 
431 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  45.77 
 
 
432 aa  404  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2956  translocation protein TolB  46.56 
 
 
430 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000231645  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  48.26 
 
 
431 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  48.26 
 
 
431 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000303788  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1238  translocation protein TolB  46.98 
 
 
430 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00586154  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  47.29 
 
 
435 aa  400  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00700  translocation protein TolB precursor  47.48 
 
 
430 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000197077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2895  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  47.48 
 
 
430 aa  397  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000023315  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2915  translocation protein TolB  47.48 
 
 
430 aa  397  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000243248  normal  0.51862 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  46.33 
 
 
430 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00689  hypothetical protein  47.48 
 
 
430 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000219845  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0763  translocation protein TolB  48.03 
 
 
431 aa  397  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000112892  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0662  translocation protein TolB  47.25 
 
 
430 aa  396  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673794  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0843  translocation protein TolB  47.48 
 
 
430 aa  397  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000968933  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0769  translocation protein TolB  47.48 
 
 
430 aa  397  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000591343  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3087  translocation protein TolB  45.37 
 
 
430 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000560471  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1249  translocation protein TolB  45.37 
 
 
430 aa  391  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000163249  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2902  translocation protein TolB  45.41 
 
 
428 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000513444  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1156  translocation protein TolB  45.41 
 
 
428 aa  379  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  45 
 
 
424 aa  376  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  46.5 
 
 
437 aa  377  1e-103  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  43.37 
 
 
434 aa  375  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  46.5 
 
 
440 aa  377  1e-103  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  42.32 
 
 
432 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  45.5 
 
 
428 aa  372  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  43.18 
 
 
434 aa  370  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  43.52 
 
 
432 aa  366  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  44.22 
 
 
419 aa  360  2e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  44.22 
 
 
419 aa  360  3e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  42.25 
 
 
428 aa  358  9.999999999999999e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  43.36 
 
 
439 aa  356  5e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  42.92 
 
 
439 aa  351  1e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  41.63 
 
 
433 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  41.63 
 
 
433 aa  350  4e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  44 
 
 
432 aa  348  9e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109745  hitchhiker  0.0000339249 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  43.02 
 
 
445 aa  348  1e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000320948  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36640  translocation protein TolB  43.12 
 
 
430 aa  347  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239695  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  43.76 
 
 
432 aa  346  4e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  41.43 
 
 
433 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  42.49 
 
 
423 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  42.72 
 
 
423 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  42.25 
 
 
423 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  41.53 
 
 
415 aa  330  2e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  41.67 
 
 
427 aa  327  3e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  40.66 
 
 
414 aa  327  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  40.53 
 
 
439 aa  326  5e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  42.61 
 
 
421 aa  324  2e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0949  translocation protein TolB  40.31 
 
 
474 aa  323  3e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.400419  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  42.61 
 
 
438 aa  323  5e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  43.5 
 
 
437 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  40.51 
 
 
441 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  41.63 
 
 
426 aa  319  6e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  41.38 
 
 
441 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  40.93 
 
 
425 aa  318  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  42.15 
 
 
450 aa  316  4e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  41.63 
 
 
429 aa  316  5e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0782  translocation protein TolB  43.3 
 
 
425 aa  315  9e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  39.8 
 
 
421 aa  313  5.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  40.98 
 
 
446 aa  312  7.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  41.13 
 
 
408 aa  312  9e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  40.89 
 
 
443 aa  312  9e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  40.64 
 
 
440 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  39.18 
 
 
442 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  39.6 
 
 
430 aa  306  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  40.4 
 
 
436 aa  307  3e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  38.7 
 
 
430 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  39.73 
 
 
428 aa  304  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  39.49 
 
 
434 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  41.52 
 
 
427 aa  303  4.0000000000000003e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  38.58 
 
 
430 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  39.55 
 
 
431 aa  299  8e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>