More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2529 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  100 
 
 
445 aa  910    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000320948  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  57.83 
 
 
432 aa  483  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  54.5 
 
 
428 aa  466  9.999999999999999e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  48.35 
 
 
432 aa  424  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  49.06 
 
 
433 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  49.17 
 
 
423 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  49.17 
 
 
423 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  48.59 
 
 
433 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  48.59 
 
 
433 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  48.46 
 
 
423 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  49.26 
 
 
432 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36640  translocation protein TolB  49.52 
 
 
430 aa  411  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239695  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  49.51 
 
 
432 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109745  hitchhiker  0.0000339249 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  47.41 
 
 
442 aa  402  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  48.91 
 
 
414 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  46.31 
 
 
424 aa  394  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  47.86 
 
 
434 aa  389  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  43.18 
 
 
451 aa  366  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  46.12 
 
 
437 aa  365  1e-99  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  46.12 
 
 
440 aa  365  1e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  42.22 
 
 
451 aa  364  2e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  43.86 
 
 
442 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  45.33 
 
 
441 aa  362  9e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  44.84 
 
 
415 aa  360  2e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  43.92 
 
 
442 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  43.92 
 
 
442 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  43.92 
 
 
442 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  43.92 
 
 
442 aa  360  4e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  45.74 
 
 
450 aa  359  5e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  45.16 
 
 
437 aa  358  9.999999999999999e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  43.54 
 
 
442 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  43.81 
 
 
439 aa  357  1.9999999999999998e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  44.75 
 
 
442 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  43.24 
 
 
442 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  43.47 
 
 
442 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  42.11 
 
 
439 aa  355  7.999999999999999e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  43.76 
 
 
440 aa  355  1e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  43.53 
 
 
442 aa  354  1e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  43.72 
 
 
435 aa  353  2e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  42.21 
 
 
442 aa  353  4e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1898  translocation protein TolB  42.09 
 
 
450 aa  351  1e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  43.02 
 
 
442 aa  348  1e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  42.86 
 
 
442 aa  348  2e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  42.86 
 
 
442 aa  348  2e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  42.63 
 
 
442 aa  347  3e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0949  translocation protein TolB  41.99 
 
 
474 aa  345  1e-93  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.400419  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  43.93 
 
 
432 aa  344  2e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  42.2 
 
 
439 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  42.53 
 
 
441 aa  342  9e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  42.69 
 
 
428 aa  341  1e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  43.94 
 
 
449 aa  341  2e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  43.16 
 
 
419 aa  341  2e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  43.53 
 
 
441 aa  341  2e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  43.16 
 
 
419 aa  340  2.9999999999999998e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  44.5 
 
 
437 aa  336  5e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  41.51 
 
 
432 aa  335  7e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  41.18 
 
 
435 aa  327  3e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  41.63 
 
 
434 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2902  translocation protein TolB  41.72 
 
 
428 aa  324  2e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000513444  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  42.34 
 
 
446 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  40.43 
 
 
428 aa  324  2e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1156  translocation protein TolB  41.96 
 
 
428 aa  323  3e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  41.83 
 
 
434 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  41.98 
 
 
430 aa  319  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  42.08 
 
 
431 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2956  translocation protein TolB  41.88 
 
 
430 aa  316  5e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000231645  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2868  translocation protein TolB  41.88 
 
 
430 aa  316  5e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000034107  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1397  translocation protein TolB  41.88 
 
 
430 aa  316  5e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000187657  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  40.59 
 
 
438 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  40.19 
 
 
427 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  42.15 
 
 
430 aa  314  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  40.23 
 
 
436 aa  314  1.9999999999999998e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  39.29 
 
 
425 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  40.29 
 
 
441 aa  312  6.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  41.27 
 
 
431 aa  312  9e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  41.41 
 
 
431 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  40.49 
 
 
450 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  41.41 
 
 
431 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  41.41 
 
 
431 aa  312  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  41.51 
 
 
430 aa  311  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  41.65 
 
 
431 aa  311  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  41.27 
 
 
430 aa  310  5e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  42.09 
 
 
436 aa  309  5.9999999999999995e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  41.65 
 
 
431 aa  309  8e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  39.34 
 
 
429 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  40.98 
 
 
463 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  41.18 
 
 
430 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  41.18 
 
 
430 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  39.76 
 
 
443 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  38.59 
 
 
421 aa  306  4.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1373  translocation protein TolB  40.28 
 
 
463 aa  305  7e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2081  translocation protein TolB  40.75 
 
 
433 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2661  translocation protein TolB  40.75 
 
 
431 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.622452  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1949  translocation protein TolB  40.75 
 
 
433 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0827  translocation protein TolB  40.75 
 
 
463 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  39.56 
 
 
440 aa  304  3.0000000000000004e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  39.36 
 
 
421 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  38.44 
 
 
426 aa  302  8.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0782  translocation protein TolB  41.13 
 
 
425 aa  301  1e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  39.9 
 
 
427 aa  301  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>