More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4196 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  99.76 
 
 		 433 aa  868    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  82.11 
 
 		 432 aa  721    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  87.23 
 
 		 433 aa  778    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  87.47 
 
 		 433 aa  779    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  98.35 
 
 		 423 aa  858    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  89.61 
 
 		 414 aa  783    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  99.76 
 
 		 423 aa  867    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36640  translocation protein TolB  83.09 
 
 		 430 aa  707    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239695  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  82.84 
 
 		 432 aa  718    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  81.86 
 
 		 432 aa  719    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109745  hitchhiker  0.0000339249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  100 
 
 		 423 aa  867    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  50.12 
 
 		 428 aa  426  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  48.01 
 
 		 432 aa  424  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  49.17 
 
 		 445 aa  417  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000320948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  44.18 
 
 		 434 aa  382  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  47.2 
 
 		 435 aa  384  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  42.89 
 
 		 451 aa  376  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  45.07 
 
 		 439 aa  374  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  46.43 
 
 		 439 aa  372  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  44.7 
 
 		 451 aa  369  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  44.05 
 
 		 442 aa  368  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  43.43 
 
 		 439 aa  353  2.9999999999999997e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0949  translocation protein TolB  43.19 
 
 		 474 aa  352  1e-95  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.400419  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  41 
 
 		 442 aa  351  1e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  45.65 
 
 		 415 aa  351  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  47.12 
 
 		 430 aa  350  3e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1898  translocation protein TolB  40 
 
 		 450 aa  350  3e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  44.2 
 
 		 437 aa  348  7e-95  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  44.2 
 
 		 440 aa  349  7e-95  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  43.81 
 
 		 424 aa  348  8e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  41.95 
 
 		 442 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  41.95 
 
 		 442 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  42.38 
 
 		 437 aa  347  3e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  41.72 
 
 		 442 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  41.72 
 
 		 442 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2956  translocation protein TolB  46.02 
 
 		 430 aa  345  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000231645  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2868  translocation protein TolB  46.02 
 
 		 430 aa  345  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000034107  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1397  translocation protein TolB  46.02 
 
 		 430 aa  345  1e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000187657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  41.78 
 
 		 441 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1156  translocation protein TolB  46.14 
 
 		 428 aa  343  4e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  42.66 
 
 		 442 aa  343  4e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  42.62 
 
 		 442 aa  343  4e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  41.26 
 
 		 450 aa  343  5e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  41.32 
 
 		 440 aa  342  8e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  41.25 
 
 		 432 aa  340  2e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2902  translocation protein TolB  45.65 
 
 		 428 aa  341  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000513444  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  40.86 
 
 		 442 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  41.42 
 
 		 442 aa  340  4e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  41.65 
 
 		 442 aa  339  5e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  44.82 
 
 		 431 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  44.82 
 
 		 431 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  44.82 
 
 		 431 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  44.82 
 
 		 431 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000303788  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  44.82 
 
 		 431 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  42.49 
 
 		 442 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  41.42 
 
 		 442 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  41.42 
 
 		 442 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1238  translocation protein TolB  45.54 
 
 		 430 aa  337  1.9999999999999998e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00586154  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  40.74 
 
 		 442 aa  337  2.9999999999999997e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1249  translocation protein TolB  45.3 
 
 		 430 aa  333  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000163249  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3087  translocation protein TolB  45.3 
 
 		 430 aa  334  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000560471  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  41.37 
 
 		 442 aa  333  3e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  41.88 
 
 		 419 aa  333  4e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  41.88 
 
 		 419 aa  332  6e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0662  translocation protein TolB  44.58 
 
 		 430 aa  332  7.000000000000001e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673794  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00700  translocation protein TolB precursor  44.58 
 
 		 430 aa  332  9e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000197077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2895  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  44.58 
 
 		 430 aa  332  9e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000023315  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0843  translocation protein TolB  44.58 
 
 		 430 aa  332  9e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000968933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0763  translocation protein TolB  44.58 
 
 		 431 aa  332  9e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000112892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0769  translocation protein TolB  44.58 
 
 		 430 aa  332  9e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000591343  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2915  translocation protein TolB  44.58 
 
 		 430 aa  332  9e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000243248  normal  0.51862 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00689  hypothetical protein  44.58 
 
 		 430 aa  332  9e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000219845  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  41.06 
 
 		 441 aa  332  9e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  40.72 
 
 		 449 aa  330  3e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  41.83 
 
 		 434 aa  328  7e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  42.08 
 
 		 427 aa  326  6e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0782  translocation protein TolB  45.08 
 
 		 425 aa  325  9e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  39.29 
 
 		 428 aa  324  2e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  43.66 
 
 		 430 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  40.52 
 
 		 435 aa  319  6e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  43.17 
 
 		 437 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  41.27 
 
 		 441 aa  318  1e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  41.19 
 
 		 428 aa  318  1e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  42.12 
 
 		 432 aa  313  4.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  42.86 
 
 		 446 aa  311  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  39.01 
 
 		 436 aa  306  4.0000000000000004e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  41.65 
 
 		 438 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  41.21 
 
 		 443 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  42.11 
 
 		 434 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  42.52 
 
 		 430 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  42.43 
 
 		 450 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  40.95 
 
 		 440 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  40 
 
 		 425 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  42.52 
 
 		 430 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  40.91 
 
 		 421 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  41.92 
 
 		 441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  41.21 
 
 		 421 aa  303  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  40.91 
 
 		 429 aa  301  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  41.22 
 
 		 431 aa  301  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  40.98 
 
 		 431 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>