More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2365 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  100 
 
 		 441 aa  892    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  70.27 
 
 		 446 aa  625  1e-178  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  71.63 
 
 		 444 aa  621  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  71.39 
 
 		 444 aa  617  1e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  71.39 
 
 		 444 aa  617  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  66.14 
 
 		 445 aa  582  1.0000000000000001e-165  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  62.73 
 
 		 461 aa  557  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  51.25 
 
 		 446 aa  448  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  53.49 
 
 		 444 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  53.04 
 
 		 450 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  51.72 
 
 		 450 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  52.53 
 
 		 449 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  52.53 
 
 		 450 aa  437  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  52.05 
 
 		 449 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3056  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  53.05 
 
 		 450 aa  431  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557578  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1094  translocation protein TolB  49.42 
 
 		 443 aa  426  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  51.15 
 
 		 443 aa  426  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  51.16 
 
 		 443 aa  422  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  52.3 
 
 		 436 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  51.4 
 
 		 443 aa  424  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  49.88 
 
 		 441 aa  416  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  49.21 
 
 		 439 aa  416  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3621  translocation protein TolB  48.85 
 
 		 435 aa  407  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6881  translocation protein TolB  49.76 
 
 		 462 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464057 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3495  translocation protein TolB  49.31 
 
 		 435 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.594815  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2133  translocation protein TolB  51.9 
 
 		 439 aa  398  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3200  translocation protein TolB  48.85 
 
 		 435 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0270  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  47.07 
 
 		 448 aa  387  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.989147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0144  translocation protein TolB  46.99 
 
 		 442 aa  376  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  45.23 
 
 		 442 aa  360  2e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  47.06 
 
 		 442 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2416  TolB domain-containing protein  43.18 
 
 		 453 aa  357  2.9999999999999997e-97  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  44.9 
 
 		 446 aa  347  3e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  45.91 
 
 		 446 aa  344  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  45.91 
 
 		 446 aa  344  2e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  44.12 
 
 		 454 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  42.79 
 
 		 445 aa  334  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  44.73 
 
 		 451 aa  333  3e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  43.95 
 
 		 461 aa  333  3e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1211  translocation protein TolB  41.69 
 
 		 462 aa  317  2e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  39.1 
 
 		 450 aa  315  9.999999999999999e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2899  TolB domain-containing protein  40.14 
 
 		 469 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000201302  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0038  translocation protein TolB  37.64 
 
 		 420 aa  297  3e-79  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0823662  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  33.79 
 
 		 421 aa  229  6e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  34.12 
 
 		 415 aa  229  8e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.62 
 
 		 422 aa  226  7e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  34.62 
 
 		 422 aa  226  7e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  33.92 
 
 		 432 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  33.26 
 
 		 429 aa  224  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  32.78 
 
 		 457 aa  223  7e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  32.28 
 
 		 434 aa  222  9e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  34.99 
 
 		 443 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  35.24 
 
 		 427 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  35.8 
 
 		 446 aa  219  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  31.57 
 
 		 426 aa  217  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  31.78 
 
 		 427 aa  216  5e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  33.01 
 
 		 435 aa  216  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  31.54 
 
 		 432 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  32.35 
 
 		 443 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  30.68 
 
 		 428 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  32.05 
 
 		 425 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  32.45 
 
 		 440 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  33.59 
 
 		 435 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  32.49 
 
 		 433 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  33.95 
 
 		 434 aa  213  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  32.79 
 
 		 424 aa  212  9e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  32.65 
 
 		 441 aa  212  9e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  34.54 
 
 		 437 aa  212  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  31.73 
 
 		 438 aa  211  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  31.97 
 
 		 433 aa  211  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  33.17 
 
 		 414 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  34.13 
 
 		 441 aa  211  3e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  31.97 
 
 		 433 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  32.29 
 
 		 436 aa  209  6e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  33.71 
 
 		 430 aa  209  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  32.69 
 
 		 423 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  32.45 
 
 		 423 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  33.71 
 
 		 430 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  33.03 
 
 		 439 aa  208  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  33.89 
 
 		 450 aa  207  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  31.74 
 
 		 429 aa  207  4e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  31.97 
 
 		 423 aa  206  7e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  33.87 
 
 		 430 aa  206  8e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.25 
 
 		 430 aa  206  9e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  32.13 
 
 		 432 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  30.39 
 
 		 428 aa  203  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  32.18 
 
 		 439 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  33.8 
 
 		 434 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  29.54 
 
 		 451 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  31.9 
 
 		 403 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  31.32 
 
 		 419 aa  197  3e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  28.44 
 
 		 432 aa  197  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  32.94 
 
 		 427 aa  196  8.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  32.61 
 
 		 421 aa  195  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  30.8 
 
 		 419 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  34.71 
 
 		 434 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  31.25 
 
 		 408 aa  195  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  34.71 
 
 		 434 aa  195  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  32.2 
 
 		 439 aa  194  3e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  28.7 
 
 		 442 aa  193  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>