More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2627 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  74.13 
 
 
443 aa  671    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  74.13 
 
 
443 aa  672    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  75.06 
 
 
443 aa  678    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3200  translocation protein TolB  81.19 
 
 
435 aa  716    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  100 
 
 
436 aa  895    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3495  translocation protein TolB  81.19 
 
 
435 aa  717    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.594815  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  71.82 
 
 
439 aa  642    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3621  translocation protein TolB  81.67 
 
 
435 aa  713    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  68.07 
 
 
446 aa  615  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  66.44 
 
 
450 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  65.01 
 
 
450 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  65.21 
 
 
450 aa  598  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  67.73 
 
 
444 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3056  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  68.56 
 
 
450 aa  593  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557578  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  66.99 
 
 
449 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  67.48 
 
 
449 aa  591  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6881  translocation protein TolB  64.34 
 
 
462 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0464057 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1094  translocation protein TolB  61.31 
 
 
443 aa  535  1e-151  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0144  translocation protein TolB  59.82 
 
 
442 aa  532  1e-150  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0270  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  58.05 
 
 
448 aa  532  1e-150  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.989147  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  57.66 
 
 
441 aa  501  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  56.56 
 
 
442 aa  479  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  54.94 
 
 
446 aa  481  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  56.87 
 
 
442 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  53.38 
 
 
445 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  55.21 
 
 
446 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  55.21 
 
 
446 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  52.47 
 
 
446 aa  456  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  55.18 
 
 
444 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  55.18 
 
 
444 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  55.18 
 
 
444 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  51.02 
 
 
445 aa  437  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2133  translocation protein TolB  52.76 
 
 
439 aa  433  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2416  TolB domain-containing protein  50.33 
 
 
453 aa  434  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  52.3 
 
 
441 aa  424  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1211  translocation protein TolB  49.88 
 
 
462 aa  400  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  48.87 
 
 
461 aa  397  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2899  TolB domain-containing protein  43.82 
 
 
469 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000201302  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  48.04 
 
 
454 aa  372  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  45.94 
 
 
461 aa  364  2e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  44.66 
 
 
450 aa  361  1e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  46.37 
 
 
451 aa  351  1e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0038  translocation protein TolB  39.12 
 
 
420 aa  312  5.999999999999999e-84  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0823662  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  36.76 
 
 
434 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  35.82 
 
 
415 aa  270  5e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  35.27 
 
 
424 aa  263  3e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  34.94 
 
 
428 aa  263  4e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  37.62 
 
 
439 aa  262  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  35.28 
 
 
426 aa  261  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  33.71 
 
 
425 aa  260  3e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  35.65 
 
 
435 aa  257  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  35.81 
 
 
439 aa  255  8e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  36.51 
 
 
432 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  36.14 
 
 
439 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  34.56 
 
 
427 aa  251  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  32.86 
 
 
421 aa  251  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  35.28 
 
 
437 aa  251  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  33.56 
 
 
428 aa  250  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0949  translocation protein TolB  35.2 
 
 
474 aa  250  4e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.400419  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  34.93 
 
 
443 aa  250  4e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  36.21 
 
 
408 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  33.41 
 
 
429 aa  249  8e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  36.12 
 
 
434 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  35.24 
 
 
433 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  34.65 
 
 
421 aa  248  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  32.96 
 
 
436 aa  247  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  34.1 
 
 
441 aa  247  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  35.01 
 
 
433 aa  247  4e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  34.89 
 
 
440 aa  247  4e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  35.37 
 
 
438 aa  246  4e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  33.26 
 
 
442 aa  246  4.9999999999999997e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  34.26 
 
 
445 aa  245  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000320948  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  31.34 
 
 
432 aa  243  6e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  36.36 
 
 
434 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  35.63 
 
 
441 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  34.03 
 
 
433 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.95 
 
 
428 aa  238  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2081  translocation protein TolB  35.04 
 
 
433 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0827  translocation protein TolB  35.04 
 
 
463 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1949  translocation protein TolB  35.04 
 
 
433 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  35.18 
 
 
450 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2661  translocation protein TolB  35.2 
 
 
431 aa  236  8e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.622452  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  33.17 
 
 
427 aa  236  8e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  33.86 
 
 
441 aa  236  9e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  34.16 
 
 
431 aa  235  9e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  34.03 
 
 
430 aa  235  9e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  34.79 
 
 
443 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  33.8 
 
 
423 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  34.82 
 
 
463 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.57 
 
 
435 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  33.8 
 
 
423 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1373  translocation protein TolB  34.82 
 
 
463 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  33.86 
 
 
431 aa  234  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  32.64 
 
 
457 aa  234  3e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  33.11 
 
 
441 aa  234  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  35.04 
 
 
414 aa  233  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  33.86 
 
 
431 aa  233  6e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  35.25 
 
 
430 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  35.25 
 
 
430 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  33.56 
 
 
430 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0501302 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>