More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0629 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1914  WD40 domain protein beta Propeller  38 
 
 		 1060 aa  701    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.657093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  100 
 
 		 1028 aa  2094    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2405  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  36.94 
 
 		 1078 aa  302  2e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.666802  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1730  WD40 domain protein beta Propeller  30.35 
 
 		 982 aa  257  8e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.16258  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3233  WD-40-like repeat-containing protein  22.62 
 
 		 1048 aa  134  6e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2492  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  27.96 
 
 		 970 aa  127  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3587  hypothetical protein  25.78 
 
 		 1087 aa  122  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.137997 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3686  hypothetical protein  25.41 
 
 		 1041 aa  118  6e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3755  hypothetical protein  25.28 
 
 		 1041 aa  116  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3616  hypothetical protein  24.87 
 
 		 1041 aa  115  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08230  WD40 domain protein beta Propeller  23.55 
 
 		 918 aa  114  9e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.88 
 
 		 428 aa  113  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0140  WD40 domain protein beta Propeller  26.22 
 
 		 970 aa  112  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  33.62 
 
 		 567 aa  105  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  29.28 
 
 		 442 aa  104  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  29.82 
 
 		 442 aa  103  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  30.22 
 
 		 450 aa  102  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5623  WD40 domain protein beta Propeller  26.26 
 
 		 956 aa  102  5e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.101899 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  28.38 
 
 		 442 aa  101  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  31.69 
 
 		 428 aa  101  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2868  translocation protein TolB  32.43 
 
 		 430 aa  100  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000034107  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2956  translocation protein TolB  32.43 
 
 		 430 aa  100  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000231645  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  33.78 
 
 		 428 aa  100  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1397  translocation protein TolB  32.43 
 
 		 430 aa  100  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000187657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  28.12 
 
 		 442 aa  100  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  27.93 
 
 		 442 aa  100  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  31.07 
 
 		 442 aa  100  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  28.83 
 
 		 442 aa  100  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  28.83 
 
 		 442 aa  100  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  28.83 
 
 		 442 aa  100  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  27.93 
 
 		 442 aa  100  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  29.76 
 
 		 432 aa  99.4  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5750  surface antigen (D15)  22.56 
 
 		 1072 aa  99  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0248549 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  30.4 
 
 		 572 aa  98.6  5e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0419  hypothetical protein  22.5 
 
 		 1129 aa  98.2  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  29.73 
 
 		 441 aa  97.8  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  34.57 
 
 		 445 aa  97.1  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  32.77 
 
 		 442 aa  97.8  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  28.07 
 
 		 442 aa  97.1  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  30.11 
 
 		 440 aa  96.7  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  26.7 
 
 		 442 aa  96.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  29.11 
 
 		 434 aa  97.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  32.37 
 
 		 435 aa  95.9  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  32.4 
 
 		 432 aa  95.9  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  27.1 
 
 		 451 aa  96.3  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  31.69 
 
 		 431 aa  95.5  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000303788  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  31.69 
 
 		 431 aa  95.5  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  31.07 
 
 		 442 aa  95.5  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  31.69 
 
 		 431 aa  95.5  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  31.69 
 
 		 431 aa  95.5  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  31.69 
 
 		 431 aa  95.5  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  28.77 
 
 		 434 aa  95.9  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  33.48 
 
 		 1059 aa  95.5  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  31.35 
 
 		 430 aa  95.1  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  28.98 
 
 		 441 aa  95.1  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  27.23 
 
 		 437 aa  94.7  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  30.77 
 
 		 440 aa  94.7  8e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  30.77 
 
 		 437 aa  94.7  8e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  26.6 
 
 		 450 aa  94  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  27.88 
 
 		 432 aa  94  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  29.52 
 
 		 434 aa  94  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  33.51 
 
 		 425 aa  94  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0966  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  23.11 
 
 		 976 aa  94  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000198927  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  32.26 
 
 		 438 aa  92.8  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  32.09 
 
 		 443 aa  92.8  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  31.25 
 
 		 436 aa  92.8  3e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  29.69 
 
 		 446 aa  92.4  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  29.32 
 
 		 432 aa  92  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1898  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 450 aa  91.7  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  32.31 
 
 		 421 aa  91.7  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  35.33 
 
 		 457 aa  92  6e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  26.24 
 
 		 442 aa  91.7  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  31.15 
 
 		 430 aa  91.7  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00700  translocation protein TolB precursor  30.48 
 
 		 430 aa  91.3  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000197077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2895  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.48 
 
 		 430 aa  91.3  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000023315  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0763  translocation protein TolB  30.48 
 
 		 431 aa  91.3  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000112892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2915  translocation protein TolB  30.48 
 
 		 430 aa  91.3  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000243248  normal  0.51862 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0769  translocation protein TolB  30.48 
 
 		 430 aa  91.3  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000591343  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00689  hypothetical protein  30.48 
 
 		 430 aa  91.3  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000219845  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0843  translocation protein TolB  30.48 
 
 		 430 aa  91.3  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000968933  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  26.36 
 
 		 449 aa  90.9  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0662  translocation protein TolB  30.48 
 
 		 430 aa  91.3  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673794  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  29.55 
 
 		 429 aa  90.5  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  31.63 
 
 		 440 aa  90.5  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1156  translocation protein TolB  30.81 
 
 		 428 aa  90.9  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.08 
 
 		 430 aa  90.9  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  27.02 
 
 		 421 aa  90.1  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  28.03 
 
 		 432 aa  90.1  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  28.46 
 
 		 427 aa  90.1  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1238  translocation protein TolB  30.05 
 
 		 430 aa  89.4  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00586154  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2902  translocation protein TolB  30.81 
 
 		 428 aa  89.4  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000513444  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  32.86 
 
 		 424 aa  88.6  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  28.85 
 
 		 436 aa  88.6  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  29.95 
 
 		 415 aa  88.6  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  31.34 
 
 		 441 aa  88.6  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  31.18 
 
 		 422 aa  88.2  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.18 
 
 		 422 aa  88.2  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  29.05 
 
 		 433 aa  87.8  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  29.66 
 
 		 414 aa  87.4  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 426 aa  87.8  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>