More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2492 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_0966  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  54.75 
 
 		 976 aa  1082    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000198927  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2492  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  100 
 
 		 970 aa  1986    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1737  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  31.72 
 
 		 1021 aa  399  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.349792  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5623  WD40 domain protein beta Propeller  28.41 
 
 		 956 aa  340  9e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.101899 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08230  WD40 domain protein beta Propeller  27.42 
 
 		 918 aa  303  1e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2102  WD40 domain protein beta Propeller  31.41 
 
 		 1078 aa  261  6e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2193  WD40 domain protein beta Propeller  31.62 
 
 		 1077 aa  258  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0325  WD40 domain-containing protein beta Propeller  28.4 
 
 		 901 aa  221  3.9999999999999997e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2060  WD40 domain-containing protein  30.45 
 
 		 1206 aa  206  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.456517  normal  0.995925 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2423  WD40 domain protein beta Propeller  28.45 
 
 		 881 aa  203  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  27.13 
 
 		 1028 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0140  WD40 domain protein beta Propeller  24.96 
 
 		 970 aa  120  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1741  hypothetical protein  21.92 
 
 		 977 aa  105  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2405  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  24.39 
 
 		 1078 aa  90.9  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.666802  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  23.47 
 
 		 354 aa  88.2  6e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0016  hypothetical protein  21.11 
 
 		 979 aa  85.5  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1427  hypothetical protein  21.24 
 
 		 936 aa  81.6  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1914  WD40 domain protein beta Propeller  21.67 
 
 		 1060 aa  81.6  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.657093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1730  WD40 domain protein beta Propeller  21.44 
 
 		 982 aa  78.6  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.16258  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  27.71 
 
 		 445 aa  77.8  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0028  hypothetical protein  20.44 
 
 		 914 aa  76.3  0.000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  27.98 
 
 		 440 aa  75.5  0.000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  27.98 
 
 		 437 aa  75.9  0.000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6241  hypothetical protein  23.25 
 
 		 919 aa  72.8  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0824  hypothetical protein  26.75 
 
 		 814 aa  72.4  0.00000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.463366  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  29.96 
 
 		 438 aa  72  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  29.2 
 
 		 572 aa  71.2  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.33 
 
 		 428 aa  70.1  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  27.98 
 
 		 1138 aa  69.7  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  27.31 
 
 		 969 aa  69.7  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  26.89 
 
 		 432 aa  68.9  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  30.48 
 
 		 421 aa  69.3  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  31.41 
 
 		 590 aa  68.9  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  29 
 
 		 443 aa  68.6  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1312  TolB domain-containing protein  23.98 
 
 		 413 aa  68.6  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  23.08 
 
 		 716 aa  68.2  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  30.12 
 
 		 421 aa  68.2  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  33.17 
 
 		 432 aa  67.8  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  26.67 
 
 		 717 aa  67.8  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  35.71 
 
 		 442 aa  67.8  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  23.87 
 
 		 435 aa  66.6  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  26.45 
 
 		 427 aa  66.2  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1655  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  27.96 
 
 		 692 aa  66.2  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  26.67 
 
 		 567 aa  66.6  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  32.37 
 
 		 434 aa  67  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  21.99 
 
 		 714 aa  66.2  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  27.63 
 
 		 425 aa  65.9  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  25.23 
 
 		 1078 aa  66.2  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  28.57 
 
 		 440 aa  66.2  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5294  peptidase S41  27.1 
 
 		 1167 aa  65.9  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  24.85 
 
 		 1071 aa  65.5  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  31.88 
 
 		 434 aa  65.1  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  34.47 
 
 		 446 aa  65.1  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  25.5 
 
 		 1066 aa  65.1  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  33.97 
 
 		 450 aa  64.7  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  25.41 
 
 		 451 aa  65.1  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  24.91 
 
 		 450 aa  64.7  0.000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  25.87 
 
 		 442 aa  63.9  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  23.97 
 
 		 428 aa  64.3  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3233  WD-40-like repeat-containing protein  22.42 
 
 		 1048 aa  64.3  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  26.72 
 
 		 430 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  24.89 
 
 		 1062 aa  63.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  34.16 
 
 		 449 aa  63.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2661  translocation protein TolB  27.11 
 
 		 431 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.622452  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2081  translocation protein TolB  27.11 
 
 		 433 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1949  translocation protein TolB  27.11 
 
 		 433 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1373  translocation protein TolB  27.02 
 
 		 463 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  29.95 
 
 		 415 aa  63.2  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  25.13 
 
 		 1031 aa  63.2  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  25.32 
 
 		 1062 aa  63.5  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  26.72 
 
 		 430 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  25.9 
 
 		 1090 aa  63.2  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  25.16 
 
 		 437 aa  62.8  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  27.02 
 
 		 463 aa  63.2  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0827  translocation protein TolB  27.11 
 
 		 463 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  28.7 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  30.68 
 
 		 451 aa  62.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24 
 
 		 1059 aa  62.8  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  27.14 
 
 		 947 aa  62.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  28.12 
 
 		 430 aa  62.4  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  27.04 
 
 		 446 aa  62.4  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  24.46 
 
 		 445 aa  62.4  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  21.54 
 
 		 716 aa  62.4  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  24.46 
 
 		 1062 aa  62  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.46 
 
 		 1481 aa  62.4  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  24.46 
 
 		 1062 aa  62  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  26 
 
 		 434 aa  61.6  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  25.6 
 
 		 441 aa  61.6  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  31.17 
 
 		 441 aa  61.6  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  23.88 
 
 		 440 aa  61.6  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  26.7 
 
 		 430 aa  61.6  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  28.21 
 
 		 1082 aa  61.6  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.06 
 
 		 446 aa  61.2  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  29.06 
 
 		 446 aa  61.2  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  33.97 
 
 		 442 aa  61.2  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.24 
 
 		 442 aa  61.2  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  24.2 
 
 		 1069 aa  60.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  26.24 
 
 		 430 aa  61.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1154  WD40-like beta propeller protein  21.63 
 
 		 416 aa  60.8  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  32.47 
 
 		 442 aa  60.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>