More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2405 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2405  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  100 
 
 		 1078 aa  2174    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.666802  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  29.47 
 
 		 1028 aa  318  3e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3233  WD-40-like repeat-containing protein  25.54 
 
 		 1048 aa  306  1.0000000000000001e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1914  WD40 domain protein beta Propeller  32.8 
 
 		 1060 aa  290  1e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.657093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3587  hypothetical protein  26.7 
 
 		 1087 aa  275  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.137997 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1730  WD40 domain protein beta Propeller  31.87 
 
 		 982 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.16258  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5750  surface antigen (D15)  26.33 
 
 		 1072 aa  189  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0248549 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3748  hypothetical protein  28.39 
 
 		 1012 aa  157  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.440981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0419  hypothetical protein  22.65 
 
 		 1129 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3616  hypothetical protein  26.47 
 
 		 1041 aa  138  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3755  hypothetical protein  25.37 
 
 		 1041 aa  134  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3686  hypothetical protein  25.28 
 
 		 1041 aa  133  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0140  WD40 domain protein beta Propeller  26.73 
 
 		 970 aa  111  8.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2492  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  24.39 
 
 		 970 aa  96.7  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  35.88 
 
 		 567 aa  91.3  8e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08230  WD40 domain protein beta Propeller  23.17 
 
 		 918 aa  91.3  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5623  WD40 domain protein beta Propeller  24.74 
 
 		 956 aa  89.4  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.101899 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  34.76 
 
 		 572 aa  88.6  6e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0966  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  22.9 
 
 		 976 aa  85.1  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000198927  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  37.02 
 
 		 969 aa  84.3  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  33.94 
 
 		 457 aa  84  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  34.01 
 
 		 428 aa  81.3  0.00000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  31.64 
 
 		 445 aa  79.7  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  32.97 
 
 		 441 aa  78.2  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  31.15 
 
 		 442 aa  77.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  31.15 
 
 		 442 aa  77.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  31.15 
 
 		 442 aa  77.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  31.15 
 
 		 442 aa  77.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  45.05 
 
 		 435 aa  77.4  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  28.88 
 
 		 442 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  31.15 
 
 		 440 aa  77  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_510  hypothetical protein  27.27 
 
 		 408 aa  75.9  0.000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000331175  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  31.32 
 
 		 442 aa  75.5  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  31.69 
 
 		 442 aa  75.5  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  31.15 
 
 		 442 aa  75.1  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  31.15 
 
 		 442 aa  75.1  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  31.15 
 
 		 442 aa  75.1  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  32.62 
 
 		 434 aa  74.7  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  29.5 
 
 		 432 aa  74.7  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  32.62 
 
 		 434 aa  74.3  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2868  translocation protein TolB  27.14 
 
 		 430 aa  73.9  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000034107  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  28.45 
 
 		 442 aa  74.3  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1397  translocation protein TolB  27.14 
 
 		 430 aa  73.9  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000187657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  32.62 
 
 		 434 aa  73.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  30.65 
 
 		 438 aa  73.9  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2956  translocation protein TolB  27.14 
 
 		 430 aa  73.9  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000231645  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  30.05 
 
 		 442 aa  74.3  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  29.23 
 
 		 430 aa  73.6  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  28.96 
 
 		 442 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0325  WD40 domain-containing protein beta Propeller  23.11 
 
 		 901 aa  72.8  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0571  hypothetical protein  25.31 
 
 		 408 aa  72.4  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.042047  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  27.31 
 
 		 442 aa  72.4  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  29.12 
 
 		 441 aa  72  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  37.58 
 
 		 428 aa  71.6  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  32.49 
 
 		 434 aa  71.6  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  32.65 
 
 		 424 aa  70.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  27.82 
 
 		 590 aa  71.2  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  40.18 
 
 		 439 aa  70.9  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  26.63 
 
 		 431 aa  70.1  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000303788  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  26.63 
 
 		 431 aa  70.1  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  26.46 
 
 		 451 aa  70.1  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  26.63 
 
 		 431 aa  70.1  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  25.41 
 
 		 423 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  27.92 
 
 		 446 aa  70.5  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  26.63 
 
 		 431 aa  70.1  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  26.63 
 
 		 431 aa  70.1  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  25.41 
 
 		 433 aa  69.7  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  29.56 
 
 		 403 aa  69.7  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  25 
 
 		 423 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2902  translocation protein TolB  26.11 
 
 		 428 aa  69.3  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000513444  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1156  translocation protein TolB  25.22 
 
 		 428 aa  69.3  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  30.12 
 
 		 427 aa  68.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  28.64 
 
 		 437 aa  68.9  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  34.81 
 
 		 442 aa  68.9  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  25 
 
 		 423 aa  68.6  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  29.48 
 
 		 436 aa  68.6  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  27.31 
 
 		 442 aa  68.6  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  29.8 
 
 		 434 aa  68.2  0.0000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  23.31 
 
 		 419 aa  67.4  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1709  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  23.61 
 
 		 594 aa  67.8  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  29.15 
 
 		 437 aa  67.8  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.18 
 
 		 442 aa  67.4  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6416  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  29.65 
 
 		 362 aa  67.8  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  29.15 
 
 		 440 aa  67.8  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2060  WD40 domain-containing protein  26.85 
 
 		 1206 aa  67.8  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.456517  normal  0.995925 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  28.99 
 
 		 642 aa  67.4  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  25.41 
 
 		 433 aa  67  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  25.41 
 
 		 433 aa  67  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  37.5 
 
 		 439 aa  66.6  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  29.73 
 
 		 430 aa  67  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0763  translocation protein TolB  27.14 
 
 		 431 aa  66.6  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000112892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  26.73 
 
 		 450 aa  67  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  31.17 
 
 		 428 aa  67.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2895  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.14 
 
 		 430 aa  66.6  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000023315  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0662  translocation protein TolB  27.14 
 
 		 430 aa  66.6  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673794  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2915  translocation protein TolB  27.14 
 
 		 430 aa  66.6  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000243248  normal  0.51862 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0769  translocation protein TolB  27.14 
 
 		 430 aa  66.6  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000591343  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0843  translocation protein TolB  27.14 
 
 		 430 aa  66.6  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000968933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00689  hypothetical protein  27.14 
 
 		 430 aa  66.6  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000219845  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  29.05 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>