More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1915 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  81.23 
 
 		 572 aa  936    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  100 
 
 		 567 aa  1130    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  32.3 
 
 		 450 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.12 
 
 		 444 aa  131  4.0000000000000003e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  31.76 
 
 		 435 aa  127  7e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  32.77 
 
 		 428 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  34.62 
 
 		 432 aa  124  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  29.36 
 
 		 432 aa  124  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  29.74 
 
 		 437 aa  123  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  31.58 
 
 		 438 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  33.63 
 
 		 445 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  35.32 
 
 		 421 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  30.3 
 
 		 424 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  32.44 
 
 		 425 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  34.63 
 
 		 642 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  34.59 
 
 		 407 aa  120  7e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  31 
 
 		 442 aa  120  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  36.11 
 
 		 435 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1156  translocation protein TolB  33.16 
 
 		 428 aa  118  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  42.11 
 
 		 443 aa  118  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.48 
 
 		 430 aa  118  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  33.04 
 
 		 426 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  32.98 
 
 		 442 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.19 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  39.55 
 
 		 434 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  36.81 
 
 		 434 aa  117  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  29.5 
 
 		 427 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  33.15 
 
 		 440 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  30.69 
 
 		 431 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  30.69 
 
 		 431 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  31.14 
 
 		 421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  30.69 
 
 		 431 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  30.69 
 
 		 431 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  33.65 
 
 		 430 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  31.15 
 
 		 437 aa  116  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  31.15 
 
 		 440 aa  116  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  38.98 
 
 		 434 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  32.62 
 
 		 442 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  32.62 
 
 		 442 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  34.13 
 
 		 430 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  30.69 
 
 		 431 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000303788  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  32.62 
 
 		 442 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  32.14 
 
 		 444 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  31.72 
 
 		 442 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  35.1 
 
 		 432 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2956  translocation protein TolB  28.32 
 
 		 430 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000231645  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  32.14 
 
 		 444 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2868  translocation protein TolB  28.32 
 
 		 430 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000034107  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  29.52 
 
 		 429 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  32.14 
 
 		 444 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  31.72 
 
 		 442 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  35.53 
 
 		 428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  31.72 
 
 		 442 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  32.46 
 
 		 450 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1397  translocation protein TolB  28.32 
 
 		 430 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000187657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  31.72 
 
 		 442 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 436 aa  114  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  29.82 
 
 		 443 aa  115  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  30.67 
 
 		 429 aa  115  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  31.72 
 
 		 441 aa  115  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  31.72 
 
 		 442 aa  115  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  35.68 
 
 		 428 aa  114  4.0000000000000004e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  31.25 
 
 		 442 aa  114  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  28.34 
 
 		 440 aa  114  5e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  29.74 
 
 		 442 aa  114  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  31.55 
 
 		 442 aa  114  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  31.69 
 
 		 444 aa  114  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  30.5 
 
 		 441 aa  114  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  31.94 
 
 		 432 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2902  translocation protein TolB  30.35 
 
 		 428 aa  113  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000513444  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  27.43 
 
 		 442 aa  113  8.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1238  translocation protein TolB  31.37 
 
 		 430 aa  113  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00586154  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  29.88 
 
 		 440 aa  113  9e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0763  translocation protein TolB  31.37 
 
 		 431 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000112892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  31.32 
 
 		 451 aa  113  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  32.73 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  29.82 
 
 		 436 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00700  translocation protein TolB precursor  31.37 
 
 		 430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000197077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2895  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.37 
 
 		 430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000023315  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0843  translocation protein TolB  31.37 
 
 		 430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000968933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2915  translocation protein TolB  31.37 
 
 		 430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000243248  normal  0.51862 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  30.26 
 
 		 440 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  32.03 
 
 		 428 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0662  translocation protein TolB  31.37 
 
 		 430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673794  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00689  hypothetical protein  31.37 
 
 		 430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000219845  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0769  translocation protein TolB  31.37 
 
 		 430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000591343  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  34.86 
 
 		 427 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  29 
 
 		 442 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  30.69 
 
 		 430 aa  112  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  33.17 
 
 		 434 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  33.17 
 
 		 434 aa  111  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  37.63 
 
 		 442 aa  110  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  33.17 
 
 		 430 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  30 
 
 		 442 aa  110  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  29.82 
 
 		 441 aa  110  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  36.56 
 
 		 442 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2178  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  31.36 
 
 		 292 aa  110  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  32.79 
 
 		 1010 aa  109  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  29.39 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1458  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  31.66 
 
 		 367 aa  108  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0940503  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>