More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2161 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  100 
 
 		 440 aa  905    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  63.87 
 
 		 444 aa  585  1e-166  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  58.81 
 
 		 442 aa  540  9.999999999999999e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0614  TolB protein, putative  57.76 
 
 		 449 aa  529  1e-149  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00377452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  53.76 
 
 		 440 aa  479  1e-134  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0750  WD40 domain protein beta Propeller  52.15 
 
 		 441 aa  462  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257042  normal  0.0548288 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  52.2 
 
 		 444 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2210  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  40.1 
 
 		 438 aa  288  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000769838  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  35.31 
 
 		 432 aa  271  1e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  36.36 
 
 		 427 aa  256  6e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  39.71 
 
 		 430 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  33.8 
 
 		 443 aa  249  6e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  35.43 
 
 		 457 aa  248  2e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  37.94 
 
 		 429 aa  239  5e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  38.07 
 
 		 407 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  36.87 
 
 		 435 aa  231  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  36.86 
 
 		 407 aa  226  7e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  39.73 
 
 		 445 aa  200  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  30.66 
 
 		 437 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  30.65 
 
 		 434 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  30.91 
 
 		 434 aa  196  6e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  30.91 
 
 		 434 aa  196  7e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  33.86 
 
 		 428 aa  186  7e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1585  WD40 domain protein beta Propeller  34.23 
 
 		 437 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.637887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.35 
 
 		 422 aa  178  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  32.04 
 
 		 428 aa  178  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  30.35 
 
 		 422 aa  178  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0588  WD40 domain protein beta Propeller  33.23 
 
 		 439 aa  176  6e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000301748  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  31.22 
 
 		 441 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  30.57 
 
 		 434 aa  173  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  32.07 
 
 		 450 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2360  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.31 
 
 		 446 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.28939 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  29.74 
 
 		 432 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3632  tolB protein, putative  34.08 
 
 		 441 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000231281  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  28.17 
 
 		 421 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  29.46 
 
 		 446 aa  167  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  28.15 
 
 		 441 aa  166  9e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  28.86 
 
 		 438 aa  164  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  30.31 
 
 		 441 aa  163  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  27.82 
 
 		 433 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  27.82 
 
 		 433 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  31.5 
 
 		 434 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  28.42 
 
 		 450 aa  161  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  28.12 
 
 		 426 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0278  WD40 domain-containing protein  28.57 
 
 		 463 aa  159  8e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00000605867  unclonable  0.0000100324 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  29.59 
 
 		 427 aa  159  9e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  28.89 
 
 		 435 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 432 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  27.64 
 
 		 429 aa  158  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  27.03 
 
 		 427 aa  157  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  27.07 
 
 		 446 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  29.48 
 
 		 437 aa  155  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  28.42 
 
 		 430 aa  155  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  28.42 
 
 		 430 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  28.35 
 
 		 432 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109745  hitchhiker  0.0000339249 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  27.39 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  27.66 
 
 		 423 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  27.39 
 
 		 423 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  27.9 
 
 		 439 aa  153  5e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  28.35 
 
 		 432 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  28.65 
 
 		 437 aa  153  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  29.45 
 
 		 432 aa  153  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  26.25 
 
 		 438 aa  153  7e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  29.34 
 
 		 461 aa  152  8.999999999999999e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  32.41 
 
 		 442 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 443 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  27.49 
 
 		 428 aa  152  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  27.14 
 
 		 444 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 441 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  28.57 
 
 		 451 aa  151  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 449 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  28.17 
 
 		 430 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  27.39 
 
 		 423 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  32.41 
 
 		 442 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  32.41 
 
 		 442 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  29.09 
 
 		 430 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  27.38 
 
 		 449 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  29.09 
 
 		 430 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  32.07 
 
 		 442 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  32.41 
 
 		 442 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  29.09 
 
 		 463 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  28.39 
 
 		 436 aa  150  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2081  translocation protein TolB  29.09 
 
 		 433 aa  150  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  27.97 
 
 		 431 aa  150  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1949  translocation protein TolB  29.09 
 
 		 433 aa  150  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2661  translocation protein TolB  29.09 
 
 		 431 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.622452  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0827  translocation protein TolB  29.09 
 
 		 463 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  27.66 
 
 		 425 aa  149  7e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  27.38 
 
 		 450 aa  149  8e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  31.72 
 
 		 440 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  31.72 
 
 		 442 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  26.49 
 
 		 443 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  27.57 
 
 		 434 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  30.69 
 
 		 441 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  27.32 
 
 		 450 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  27.22 
 
 		 415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  26.49 
 
 		 443 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  32.53 
 
 		 442 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  32.07 
 
 		 442 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  32.07 
 
 		 442 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>