More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0992 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  73.68 
 
 		 714 aa  1103    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  59.89 
 
 		 713 aa  880    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  100 
 
 		 715 aa  1478    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  49.93 
 
 		 716 aa  704    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  50.07 
 
 		 716 aa  709    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  49.65 
 
 		 716 aa  695    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  44.35 
 
 		 700 aa  627  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1312  TolB domain-containing protein  51.71 
 
 		 413 aa  450  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  48.96 
 
 		 262 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  23.63 
 
 		 717 aa  147  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  23.96 
 
 		 729 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  21.22 
 
 		 702 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  24.23 
 
 		 725 aa  100  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  24.82 
 
 		 693 aa  99.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  22.17 
 
 		 774 aa  88.6  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  22.19 
 
 		 696 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  23.92 
 
 		 691 aa  75.9  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  23.28 
 
 		 712 aa  71.2  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  22.25 
 
 		 1040 aa  69.7  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  22 
 
 		 1042 aa  68.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  21.61 
 
 		 1042 aa  68.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.51 
 
 		 518 aa  67.4  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  26.15 
 
 		 711 aa  67  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.4 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  37.27 
 
 		 1092 aa  65.1  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  22.99 
 
 		 1005 aa  64.7  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  23.34 
 
 		 615 aa  61.6  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.23 
 
 		 1075 aa  61.2  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  34.23 
 
 		 1075 aa  61.2  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  26.56 
 
 		 432 aa  61.2  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  27.67 
 
 		 421 aa  61.2  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.23 
 
 		 1063 aa  61.2  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 1092 aa  60.5  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2007  peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region  29.19 
 
 		 720 aa  60.5  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00565221 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 1080 aa  60.1  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  31.58 
 
 		 1089 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  35.11 
 
 		 409 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  31.58 
 
 		 1089 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1689  peptidase, putative  34.91 
 
 		 684 aa  59.3  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.163482  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  24.22 
 
 		 756 aa  59.3  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  31.58 
 
 		 1067 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  35.14 
 
 		 1074 aa  60.1  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 1075 aa  58.9  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1629  multi-component transcriptional regulator  30.33 
 
 		 613 aa  58.9  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.703021  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  36.84 
 
 		 678 aa  58.9  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 1102 aa  58.9  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.11 
 
 		 512 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.94 
 
 		 542 aa  58.9  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5623  WD40 domain protein beta Propeller  30.32 
 
 		 956 aa  58.5  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.101899 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  26.45 
 
 		 443 aa  58.2  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  31.19 
 
 		 512 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  31.19 
 
 		 512 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  23.5 
 
 		 1059 aa  57.8  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.19 
 
 		 512 aa  57.4  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  31.19 
 
 		 512 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  26.98 
 
 		 1014 aa  57.8  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0664  two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.19 
 
 		 512 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.19 
 
 		 512 aa  57.4  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.19 
 
 		 512 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0495  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 232 aa  56.6  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  24.87 
 
 		 445 aa  57  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  25.53 
 
 		 762 aa  56.6  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1154  WD40-like beta propeller protein  22.95 
 
 		 416 aa  56.6  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2260  WD40 domain-containing protein  27.66 
 
 		 348 aa  57  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259667 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 231 aa  56.2  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  34.83 
 
 		 413 aa  56.6  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3021  hypothetical protein  22.06 
 
 		 499 aa  56.2  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0380667  normal  0.511265 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  24.63 
 
 		 298 aa  56.6  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.83 
 
 		 413 aa  56.6  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  34.83 
 
 		 413 aa  56.6  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 232 aa  55.8  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0980  response regulator receiver domain-containing protein  29.13 
 
 		 223 aa  55.8  0.000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.0000790444  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 436 aa  55.1  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  29.37 
 
 		 432 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.03 
 
 		 407 aa  55.5  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1723  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  29.59 
 
 		 597 aa  54.7  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000776738 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  33.71 
 
 		 425 aa  54.7  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2696  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  24.21 
 
 		 720 aa  55.1  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.8559  normal  0.694417 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1693  two-component regulator  29.13 
 
 		 223 aa  55.1  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000232098  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  25.75 
 
 		 436 aa  54.7  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.1 
 
 		 235 aa  54.7  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  25.65 
 
 		 711 aa  54.3  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0404  DNA-binding response regulator  28.16 
 
 		 223 aa  54.3  0.000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.887957  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2177  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.78 
 
 		 235 aa  54.3  0.000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  24.55 
 
 		 969 aa  54.3  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  25.88 
 
 		 1062 aa  54.3  0.000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  29.92 
 
 		 433 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  25.76 
 
 		 642 aa  53.9  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  38.46 
 
 		 772 aa  53.5  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  29.2 
 
 		 239 aa  53.9  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  29.92 
 
 		 423 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.97 
 
 		 514 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.97 
 
 		 514 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.97 
 
 		 514 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  36.78 
 
 		 541 aa  53.9  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  31.19 
 
 		 1131 aa  53.5  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  28.97 
 
 		 395 aa  53.9  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0379  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.25 
 
 		 233 aa  53.5  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.605912  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  26.15 
 
 		 461 aa  53.5  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>