More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2870 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 425 aa  876    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  29.27 
 
 		 522 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  28.53 
 
 		 531 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  27.37 
 
 		 521 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  26.58 
 
 		 522 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  25.47 
 
 		 525 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  33.08 
 
 		 622 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  33.08 
 
 		 622 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  25.74 
 
 		 521 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  46.34 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  46.34 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  46.34 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  30.25 
 
 		 634 aa  107  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  23.91 
 
 		 527 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  36.76 
 
 		 409 aa  103  6e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  30.54 
 
 		 624 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  42.86 
 
 		 436 aa  101  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.51 
 
 		 798 aa  96.3  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.54 
 
 		 598 aa  96.3  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 518 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.91 
 
 		 736 aa  93.6  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.79 
 
 		 746 aa  93.2  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25 
 
 		 595 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  23.51 
 
 		 644 aa  89.4  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0770  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.5 
 
 		 757 aa  88.6  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.424396 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  43.56 
 
 		 413 aa  87.8  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  27.46 
 
 		 821 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.91 
 
 		 588 aa  84.7  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.14 
 
 		 738 aa  83.2  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  36.28 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.75 
 
 		 631 aa  83.2  0.000000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  24.35 
 
 		 712 aa  82.4  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  30.69 
 
 		 626 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  28.44 
 
 		 784 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0330  integral membrane protein-like protein  26.48 
 
 		 608 aa  80.5  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  28.14 
 
 		 678 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  24.48 
 
 		 605 aa  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  26.05 
 
 		 603 aa  76.3  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  26.72 
 
 		 375 aa  76.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  19.78 
 
 		 510 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  30.06 
 
 		 396 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  32.79 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  30.06 
 
 		 396 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  24.55 
 
 		 581 aa  74.7  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.79 
 
 		 643 aa  73.6  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1023  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.89 
 
 		 568 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  25.87 
 
 		 647 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  26.01 
 
 		 647 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  35 
 
 		 468 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00404304  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  38.04 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  29.1 
 
 		 762 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3155  two component transcriptional regulator  38.71 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  25.68 
 
 		 686 aa  69.3  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1040  DNA-binding response regulator  35.05 
 
 		 234 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1018  response regulator  35.05 
 
 		 234 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.54503  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1119  DNA-binding response regulator  35.05 
 
 		 234 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3088  transcriptional regulator, CadC  24.69 
 
 		 574 aa  69.3  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710875  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1275  DNA-binding response regulator  35.05 
 
 		 234 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1017  response regulator  35.05 
 
 		 234 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0627963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  24.65 
 
 		 648 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  31.45 
 
 		 711 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 950 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.27 
 
 		 723 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1198  DNA-binding response regulator  35.05 
 
 		 234 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.885409 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1173  DNA-binding response regulator  34 
 
 		 234 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.423617  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  27.61 
 
 		 1102 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4168  DNA-binding response regulator  34 
 
 		 234 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.39 
 
 		 596 aa  68.9  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  35.83 
 
 		 729 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.65 
 
 		 619 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 972 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  26.11 
 
 		 470 aa  67.4  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2083  two component transcriptional regulator, winged helix family  37 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.873655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1230  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.37 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.211629  normal  0.177188 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  35 
 
 		 966 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1218  DNA-binding response regulator  34.02 
 
 		 234 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  37.76 
 
 		 231 aa  66.2  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  35.42 
 
 		 227 aa  66.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  37.76 
 
 		 231 aa  66.2  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 239 aa  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 239 aa  66.2  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09340  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.23 
 
 		 223 aa  66.2  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.217912  normal  0.763127 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0290  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 		 251 aa  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.552765 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 239 aa  66.2  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 		 1074 aa  66.2  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  29 
 
 		 396 aa  65.5  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0578  two component transcriptional regulator  35.19 
 
 		 240 aa  65.5  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  32.65 
 
 		 228 aa  65.5  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  29.3 
 
 		 604 aa  65.1  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3061  two component transcriptional regulator  35.42 
 
 		 229 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  34.03 
 
 		 591 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1288  two component transcriptional regulator  33 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 1080 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.31 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  33.94 
 
 		 1001 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  30.3 
 
 		 1092 aa  64.7  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1457  integral membrane protein-like protein  24.75 
 
 		 646 aa  64.7  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60002  normal  0.0210149 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>