152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1952 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 
375 aa  759    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  30.99 
 
 
588 aa  183  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.45 
 
 
596 aa  142  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  29.17 
 
 
499 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  30.14 
 
 
598 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  31.66 
 
 
636 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.95 
 
 
595 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  28.37 
 
 
502 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  29.4 
 
 
626 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  27.92 
 
 
502 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.66 
 
 
631 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.16 
 
 
629 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.87 
 
 
568 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  29.51 
 
 
531 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.16 
 
 
738 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  28.14 
 
 
784 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.35 
 
 
568 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.86 
 
 
736 aa  107  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  30.38 
 
 
622 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  35.05 
 
 
522 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.68 
 
 
634 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.52 
 
 
624 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  32.22 
 
 
543 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  27.55 
 
 
603 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  30 
 
 
622 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  25.47 
 
 
581 aa  102  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.92 
 
 
746 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.49 
 
 
643 aa  97.1  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  28.03 
 
 
470 aa  96.3  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  28.82 
 
 
518 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2399  hypothetical protein  27.78 
 
 
606 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.797611  hitchhiker  0.00673398 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4881  hypothetical protein  25.62 
 
 
605 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59857  normal  0.792267 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0770  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  32.24 
 
 
757 aa  94  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.424396 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  27.27 
 
 
522 aa  92.4  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  25.89 
 
 
658 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  26.06 
 
 
525 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  30.26 
 
 
515 aa  90.9  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 
597 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  25.07 
 
 
647 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  25.87 
 
 
647 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.3 
 
 
769 aa  88.2  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  30.65 
 
 
510 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  24.3 
 
 
723 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  30.16 
 
 
605 aa  87  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1457  integral membrane protein-like protein  30.69 
 
 
646 aa  86.3  7e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60002  normal  0.0210149 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  25.33 
 
 
508 aa  86.7  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  27.25 
 
 
479 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5105  hypothetical protein  24.2 
 
 
603 aa  83.2  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454019  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0330  integral membrane protein-like protein  30.65 
 
 
608 aa  82.4  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5779  tetratricopeptide TPR_4  25 
 
 
594 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.179451  normal  0.65033 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  25.99 
 
 
686 aa  81.3  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  28.09 
 
 
644 aa  80.9  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  23.96 
 
 
652 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  27.27 
 
 
527 aa  76.6  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  26.72 
 
 
425 aa  76.3  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6958  hypothetical protein  24.12 
 
 
600 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5193  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.97 
 
 
582 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117733  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0534  adenylate/guanylate cyclase  24.07 
 
 
642 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397996  normal  0.0249995 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1736  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.73 
 
 
737 aa  70.9  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  24.03 
 
 
664 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  24.23 
 
 
648 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3207  transcriptional regulator, SARP family  25.58 
 
 
615 aa  69.3  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  24.75 
 
 
667 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0100  hypothetical protein  23.7 
 
 
643 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0604  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.57 
 
 
878 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  22.92 
 
 
821 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  24.54 
 
 
647 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.5 
 
 
798 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3116  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.33 
 
 
878 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5906  putative adenylate cyclase 3  32.14 
 
 
408 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1418  hypothetical protein  22.7 
 
 
643 aa  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.070904 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6503  transcriptional regulator, SARP family  24.17 
 
 
649 aa  62.8  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0968  TPR repeat-containing protein  24.09 
 
 
584 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2213  SARP family transcriptional regulator  25.76 
 
 
612 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226859  normal  0.3766 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0861  TPR repeat-containing protein  25.19 
 
 
580 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4216  integral membrane protein-like  22.84 
 
 
607 aa  60.8  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  26.23 
 
 
521 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4396  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.03 
 
 
822 aa  57.4  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5186  hypothetical protein  21.14 
 
 
584 aa  57.4  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.510338  normal  0.40998 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  28.32 
 
 
685 aa  57  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4488  transcriptional regulator domain protein  29.09 
 
 
404 aa  57  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.309141  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  25.14 
 
 
1276 aa  56.6  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  25.27 
 
 
1737 aa  55.8  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.77 
 
 
1056 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1257  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30 
 
 
237 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.53 
 
 
784 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1568  hypothetical protein  24.31 
 
 
820 aa  55.5  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7193  transcriptional regulator, SARP family  20.06 
 
 
641 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0854307  normal  0.06484 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  22.86 
 
 
619 aa  54.3  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  27.47 
 
 
810 aa  53.9  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6036  transcriptional regulator, SARP family  20.97 
 
 
650 aa  53.9  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0951775  normal  0.443759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.01 
 
 
988 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  27.47 
 
 
878 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  25.49 
 
 
521 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.13 
 
 
1022 aa  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.01 
 
 
818 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.59 
 
 
2240 aa  51.2  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4194  SARP family transcriptional regulator  24.66 
 
 
629 aa  51.2  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  27.59 
 
 
531 aa  50.8  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0301  TPR repeat-containing protein  27.69 
 
 
1827 aa  50.4  0.00005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>