85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5186 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5186  hypothetical protein  100 
 
 		 584 aa  1199    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.510338  normal  0.40998 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4047  hypothetical protein  43.55 
 
 		 602 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.136047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4033  hypothetical protein  40.85 
 
 		 596 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4881  hypothetical protein  41.41 
 
 		 605 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59857  normal  0.792267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2399  hypothetical protein  40.65 
 
 		 606 aa  411  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.797611  hitchhiker  0.00673398 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6958  hypothetical protein  40.31 
 
 		 600 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5105  hypothetical protein  39.51 
 
 		 603 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4048  hypothetical protein  41.72 
 
 		 318 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2298  TPR repeat-containing protein  26.88 
 
 		 616 aa  164  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.130314 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5145  hypothetical protein  25 
 
 		 569 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.17 
 
 		 596 aa  105  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 636 aa  94  7e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  24.75 
 
 		 631 aa  92.8  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1984  hypothetical protein  35.11 
 
 		 368 aa  91.3  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.590455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1212  hypothetical protein  50 
 
 		 274 aa  90.5  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  24.35 
 
 		 502 aa  89.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.33 
 
 		 643 aa  88.2  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.62 
 
 		 568 aa  87.4  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5239  TPR repeat-containing protein  53.09 
 
 		 219 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993691  normal  0.01877 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  23.23 
 
 		 479 aa  85.5  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  25.43 
 
 		 499 aa  85.5  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  24.64 
 
 		 598 aa  85.1  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5936  TPR repeat-containing protein  51.85 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0246268  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  23.67 
 
 		 738 aa  83.6  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  25 
 
 		 522 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1711  hypothetical protein  40 
 
 		 414 aa  82.4  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99847  normal  0.186192 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  24.88 
 
 		 502 aa  80.9  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  25.61 
 
 		 605 aa  80.5  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  23.36 
 
 		 515 aa  79.7  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4455  hypothetical protein  40.2 
 
 		 191 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.4 
 
 		 568 aa  79.7  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3240  hypothetical protein  39.42 
 
 		 188 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.787646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.81 
 
 		 798 aa  77.4  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5072  hypothetical protein  36.52 
 
 		 594 aa  75.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  24.7 
 
 		 531 aa  75.5  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2138  putative PAS/PAC sensor protein  41.11 
 
 		 386 aa  74.7  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0223192  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  26.85 
 
 		 518 aa  74.7  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  23.28 
 
 		 595 aa  73.6  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1109  putative PAS/PAC sensor protein  42.5 
 
 		 375 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.151252  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  21.82 
 
 		 588 aa  72  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1098  hypothetical protein  30.91 
 
 		 595 aa  69.3  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.834663 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  25.15 
 
 		 525 aa  68.2  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  24.84 
 
 		 784 aa  67.8  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  23.72 
 
 		 634 aa  67  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  23.28 
 
 		 622 aa  66.6  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.77 
 
 		 736 aa  65.5  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  23.34 
 
 		 629 aa  65.5  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  23.87 
 
 		 527 aa  63.5  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  24.82 
 
 		 470 aa  63.2  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  24.86 
 
 		 510 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  28.24 
 
 		 543 aa  63.2  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  21.45 
 
 		 375 aa  62  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.22 
 
 		 746 aa  59.7  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  24.48 
 
 		 597 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  26.27 
 
 		 644 aa  59.3  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  23.28 
 
 		 622 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  20.39 
 
 		 624 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  23.95 
 
 		 603 aa  58.9  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  23.35 
 
 		 626 aa  56.6  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  25.36 
 
 		 508 aa  55.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  23.23 
 
 		 522 aa  54.7  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0279  tetratricopeptide TPR_4  24.25 
 
 		 581 aa  54.7  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  24.88 
 
 		 648 aa  54.3  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4396  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.67 
 
 		 822 aa  53.9  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  23.63 
 
 		 821 aa  53.5  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  22.58 
 
 		 769 aa  52.4  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0330  integral membrane protein-like protein  27.27 
 
 		 608 aa  52.4  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1457  integral membrane protein-like protein  25.62 
 
 		 646 aa  52  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60002  normal  0.0210149 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  24.2 
 
 		 686 aa  52  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7193  transcriptional regulator, SARP family  22.06 
 
 		 641 aa  52  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0854307  normal  0.06484 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  23.04 
 
 		 723 aa  51.6  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  22.81 
 
 		 581 aa  51.2  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2958  SARP family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 644 aa  49.7  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.30707  normal  0.853466 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1299  hypothetical protein  23.84 
 
 		 644 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135233  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2731  SARP family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 644 aa  48.5  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4488  transcriptional regulator domain protein  23.3 
 
 		 404 aa  48.5  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.309141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  24.54 
 
 		 619 aa  47.8  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6036  transcriptional regulator, SARP family  21.38 
 
 		 650 aa  47.4  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0951775  normal  0.443759 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  23.56 
 
 		 647 aa  46.2  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  20.81 
 
 		 658 aa  45.4  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4216  integral membrane protein-like  23.16 
 
 		 607 aa  45.1  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28701  hypothetical protein  24.16 
 
 		 582 aa  44.7  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  27.03 
 
 		 810 aa  45.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  24.39 
 
 		 652 aa  43.9  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.07 
 
 		 632 aa  43.9  0.009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>