More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5729 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  100 
 
 		 508 aa  1028    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  35.96 
 
 		 522 aa  300  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  35.92 
 
 		 531 aa  294  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 518 aa  268  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  36.09 
 
 		 510 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  36.83 
 
 		 525 aa  258  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  35.85 
 
 		 499 aa  241  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  34.81 
 
 		 502 aa  238  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  32.56 
 
 		 502 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  31.42 
 
 		 543 aa  199  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  30.45 
 
 		 597 aa  162  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  30.19 
 
 		 531 aa  162  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  31.49 
 
 		 515 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.92 
 
 		 595 aa  156  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.41 
 
 		 598 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0534  adenylate/guanylate cyclase  28.96 
 
 		 642 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397996  normal  0.0249995 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  29.97 
 
 		 643 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  31.76 
 
 		 568 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  28.78 
 
 		 647 aa  147  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  32.36 
 
 		 588 aa  144  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  31.27 
 
 		 568 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  27.72 
 
 		 527 aa  141  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.18 
 
 		 631 aa  141  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  33.6 
 
 		 626 aa  139  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  27.44 
 
 		 647 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  28.37 
 
 		 647 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.68 
 
 		 596 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  28.34 
 
 		 658 aa  134  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  29.06 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  27.81 
 
 		 522 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  26.91 
 
 		 648 aa  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  31.83 
 
 		 622 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  26.91 
 
 		 581 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.87 
 
 		 738 aa  128  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  28.12 
 
 		 652 aa  128  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4488  transcriptional regulator domain protein  29.82 
 
 		 404 aa  127  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.309141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  27.16 
 
 		 603 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.78 
 
 		 622 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  31.32 
 
 		 784 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  28.12 
 
 		 667 aa  118  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  30.27 
 
 		 605 aa  118  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  27.17 
 
 		 521 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  32.09 
 
 		 686 aa  111  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  29.61 
 
 		 664 aa  110  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.16 
 
 		 624 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  31.88 
 
 		 629 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.65 
 
 		 723 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  26.46 
 
 		 521 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  26.39 
 
 		 479 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.77 
 
 		 736 aa  103  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  28.93 
 
 		 644 aa  103  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5779  tetratricopeptide TPR_4  26.54 
 
 		 594 aa  101  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.179451  normal  0.65033 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5193  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.77 
 
 		 582 aa  100  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117733  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4216  integral membrane protein-like  27.23 
 
 		 607 aa  98.2  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 636 aa  97.1  7e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0770  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  32.85 
 
 		 757 aa  95.9  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.424396 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.8 
 
 		 769 aa  95.9  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0861  TPR repeat-containing protein  25.19 
 
 		 580 aa  94  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  25.59 
 
 		 375 aa  92  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0330  integral membrane protein-like protein  30.34 
 
 		 608 aa  91.7  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2399  hypothetical protein  27.76 
 
 		 606 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.797611  hitchhiker  0.00673398 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 591 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  30.2 
 
 		 470 aa  88.6  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.31 
 
 		 746 aa  88.2  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0968  TPR repeat-containing protein  26.5 
 
 		 584 aa  87  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  22.32 
 
 		 798 aa  86.7  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1457  integral membrane protein-like protein  31.85 
 
 		 646 aa  86.3  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60002  normal  0.0210149 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 591 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  44.23 
 
 		 956 aa  84  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  43.97 
 
 		 922 aa  84  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  41.12 
 
 		 493 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  43.62 
 
 		 504 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  41.12 
 
 		 493 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  41.12 
 
 		 493 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  45.92 
 
 		 901 aa  82.4  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  48.81 
 
 		 658 aa  80.1  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  33.77 
 
 		 928 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  39 
 
 		 490 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  23.17 
 
 		 619 aa  77.8  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  39.16 
 
 		 877 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  48.15 
 
 		 601 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  48.15 
 
 		 601 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  48.15 
 
 		 601 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 618 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4881  hypothetical protein  25.98 
 
 		 605 aa  76.6  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59857  normal  0.792267 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6958  hypothetical protein  24.76 
 
 		 600 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4396  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  29.02 
 
 		 822 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  39.58 
 
 		 1014 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5105  hypothetical protein  23.91 
 
 		 603 aa  75.1  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  47.73 
 
 		 966 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  42.06 
 
 		 468 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  21.13 
 
 		 821 aa  73.9  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 973 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 973 aa  73.6  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  44.68 
 
 		 946 aa  73.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 502 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 1010 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 712 aa  72  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  40 
 
 		 959 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 973 aa  72  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>