More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6136 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  47.35 
 
 		 973 aa  805    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  67.94 
 
 		 618 aa  741    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  44 
 
 		 973 aa  667    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  43.98 
 
 		 973 aa  665    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 1014 aa  2041    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 948 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  36.81 
 
 		 966 aa  521  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  37.32 
 
 		 1010 aa  497  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 877 aa  474  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 1001 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  34.65 
 
 		 972 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  54.3 
 
 		 948 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  51.04 
 
 		 493 aa  426  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  50.74 
 
 		 493 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  50.74 
 
 		 493 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  33.84 
 
 		 950 aa  406  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  47.51 
 
 		 481 aa  382  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  42.38 
 
 		 601 aa  379  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  38.88 
 
 		 658 aa  369  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  42.38 
 
 		 601 aa  369  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  42.38 
 
 		 601 aa  369  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  48.6 
 
 		 468 aa  369  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  30.86 
 
 		 961 aa  363  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  41.92 
 
 		 591 aa  356  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  52.17 
 
 		 502 aa  354  5e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  31.03 
 
 		 921 aa  353  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  41.41 
 
 		 591 aa  352  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  28.82 
 
 		 956 aa  343  8e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 959 aa  336  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 928 aa  335  3e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  30.97 
 
 		 950 aa  333  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  29.4 
 
 		 946 aa  324  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  30.23 
 
 		 953 aa  305  4.0000000000000003e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  29.43 
 
 		 906 aa  283  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  34.63 
 
 		 490 aa  265  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 954 aa  254  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1478  tetratricopeptide TPR_4  37.88 
 
 		 472 aa  251  6e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911948  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  36.58 
 
 		 922 aa  249  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  30.28 
 
 		 901 aa  240  8e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  36.72 
 
 		 1102 aa  224  6e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  38.92 
 
 		 1017 aa  218  4e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  35.2 
 
 		 1085 aa  218  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  40.61 
 
 		 1066 aa  216  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 1137 aa  216  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  37.67 
 
 		 1125 aa  216  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 1093 aa  213  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  32.56 
 
 		 504 aa  212  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  36.39 
 
 		 1050 aa  209  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  36.59 
 
 		 999 aa  208  4e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 1085 aa  208  5e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  31.09 
 
 		 1092 aa  208  5e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  33.5 
 
 		 701 aa  207  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  32.01 
 
 		 1227 aa  207  1e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  39.83 
 
 		 886 aa  205  4e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  36.87 
 
 		 1042 aa  204  6e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  37.25 
 
 		 824 aa  204  7e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  35.02 
 
 		 1058 aa  204  7e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2207  XRE family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 901 aa  202  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 1049 aa  202  1.9999999999999998e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  40.44 
 
 		 1056 aa  202  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 781 aa  202  3e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 882 aa  201  7.999999999999999e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  40.45 
 
 		 1055 aa  199  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  36.66 
 
 		 1097 aa  200  1.0000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  35.34 
 
 		 887 aa  198  5.000000000000001e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  37.77 
 
 		 916 aa  198  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  35.89 
 
 		 1119 aa  198  6e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  35.16 
 
 		 1087 aa  197  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  34.42 
 
 		 1058 aa  195  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1442  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 888 aa  194  9e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.31533  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  32.36 
 
 		 816 aa  193  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  37.8 
 
 		 840 aa  193  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  32.86 
 
 		 1103 aa  193  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  39.2 
 
 		 1110 aa  191  4e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  39.34 
 
 		 1072 aa  189  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  34.72 
 
 		 792 aa  185  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  35.92 
 
 		 760 aa  186  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 1043 aa  185  4.0000000000000006e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  37.53 
 
 		 765 aa  184  5.0000000000000004e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  35.34 
 
 		 827 aa  184  8.000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  33.41 
 
 		 775 aa  184  1e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1996  transcriptional regulator, winged helix family  38.03 
 
 		 1141 aa  182  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  37.53 
 
 		 1060 aa  182  4e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 952 aa  179  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2154  two component transcriptional regulator  30.22 
 
 		 975 aa  178  6e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000789084  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1038  ATPase-like protein  38.86 
 
 		 1036 aa  177  6e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.676249  normal  0.10477 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  32.52 
 
 		 960 aa  177  9e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  33.26 
 
 		 957 aa  177  9e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  34.4 
 
 		 818 aa  176  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2819  ATPase-like protein  32.15 
 
 		 776 aa  176  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1121  transcriptional regulator, winged helix family  37.2 
 
 		 1060 aa  176  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.225478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  36.58 
 
 		 1100 aa  176  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  39.38 
 
 		 943 aa  175  3.9999999999999995e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1245  transcriptional regulator, winged helix family  37.06 
 
 		 1158 aa  175  5e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4657  transcriptional regulator, winged helix family  36.5 
 
 		 1076 aa  174  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3216  transcriptional regulator, LuxR family  33.21 
 
 		 931 aa  172  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0908309  hitchhiker  0.000000189217 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1145  TPR repeat-containing protein  31.41 
 
 		 736 aa  172  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8841  ATPase-like protein  34.32 
 
 		 951 aa  171  5e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.179034 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10913  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 393 aa  171  5e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0394  transcriptional regulator, winged helix family  34.24 
 
 		 1049 aa  171  5e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>