More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5402 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 901 aa  1788    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  51.64 
 
 		 906 aa  814    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  54.76 
 
 		 953 aa  871    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  34.11 
 
 		 928 aa  379  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 972 aa  349  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  32.78 
 
 		 961 aa  333  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  33.38 
 
 		 966 aa  318  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  31.81 
 
 		 956 aa  313  7.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  32.13 
 
 		 959 aa  305  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  32.17 
 
 		 946 aa  299  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  33.21 
 
 		 954 aa  295  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  30.57 
 
 		 922 aa  286  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  33.74 
 
 		 1010 aa  285  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  30.52 
 
 		 921 aa  282  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  32.1 
 
 		 1001 aa  279  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  31.22 
 
 		 950 aa  278  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  30.65 
 
 		 1014 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  29.88 
 
 		 950 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  30.6 
 
 		 973 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  32.32 
 
 		 973 aa  274  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  33.46 
 
 		 877 aa  272  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  32.19 
 
 		 973 aa  271  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  38.67 
 
 		 591 aa  249  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  37.76 
 
 		 658 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  38.3 
 
 		 601 aa  244  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  37.77 
 
 		 591 aa  244  6e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  38.37 
 
 		 601 aa  239  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  38.37 
 
 		 601 aa  239  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  36.61 
 
 		 948 aa  238  3e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  36.98 
 
 		 490 aa  237  9e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  39.1 
 
 		 618 aa  227  7e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  36.38 
 
 		 948 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  42.93 
 
 		 1056 aa  215  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  37.03 
 
 		 493 aa  213  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  33.76 
 
 		 504 aa  213  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 468 aa  211  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 493 aa  205  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 493 aa  205  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 481 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  40.38 
 
 		 1119 aa  201  5e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  37.29 
 
 		 1049 aa  199  2.0000000000000003e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  39.68 
 
 		 1087 aa  196  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  36.57 
 
 		 502 aa  197  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  38.94 
 
 		 1085 aa  196  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1038  ATPase-like protein  34.71 
 
 		 1036 aa  194  8e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.676249  normal  0.10477 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  39.46 
 
 		 1058 aa  192  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  40.27 
 
 		 1110 aa  192  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  36.83 
 
 		 824 aa  192  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  35.35 
 
 		 701 aa  191  5.999999999999999e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  39.42 
 
 		 1055 aa  191  7e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  40.05 
 
 		 1060 aa  190  9e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  37.47 
 
 		 827 aa  188  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 1137 aa  188  3e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 781 aa  188  5e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  36.9 
 
 		 1100 aa  187  7e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  37.16 
 
 		 957 aa  187  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  38.1 
 
 		 1066 aa  186  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  36.92 
 
 		 1058 aa  186  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  35.81 
 
 		 960 aa  186  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 882 aa  185  3e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1442  transcriptional regulator  31.31 
 
 		 888 aa  185  3e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.31533  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  36.06 
 
 		 1125 aa  183  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 1085 aa  182  2e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  35.67 
 
 		 1092 aa  181  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2819  ATPase-like protein  35.66 
 
 		 776 aa  180  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 887 aa  180  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  37.5 
 
 		 999 aa  178  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  35.99 
 
 		 1042 aa  177  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 1043 aa  175  2.9999999999999996e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  34.57 
 
 		 1050 aa  175  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 952 aa  175  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  29.5 
 
 		 816 aa  174  6.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  33.75 
 
 		 792 aa  174  6.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 775 aa  174  9e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1855  XRE family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 831 aa  172  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  37.39 
 
 		 886 aa  172  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 1227 aa  173  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2154  two component transcriptional regulator  28.92 
 
 		 975 aa  172  3e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000789084  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  36.67 
 
 		 1103 aa  171  5e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  34.91 
 
 		 1102 aa  169  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  36.67 
 
 		 1017 aa  169  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  37.5 
 
 		 1072 aa  168  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  37.15 
 
 		 916 aa  167  9e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  35.2 
 
 		 943 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  34.57 
 
 		 1097 aa  166  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  35.43 
 
 		 818 aa  165  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  39.49 
 
 		 1093 aa  165  4.0000000000000004e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3216  transcriptional regulator, LuxR family  37.44 
 
 		 931 aa  165  5.0000000000000005e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0908309  hitchhiker  0.000000189217 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1996  transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 1141 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0992  LuxR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 814 aa  164  7e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  38.36 
 
 		 755 aa  164  7e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8841  ATPase-like protein  41.06 
 
 		 951 aa  164  9e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.179034 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  34.03 
 
 		 760 aa  162  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  38.08 
 
 		 840 aa  162  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0757  TPR repeat-containing regulatory protein LuxR  33.64 
 
 		 799 aa  161  5e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1195  putative regulator  32.44 
 
 		 780 aa  157  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0466  transcriptional regulator, winged helix family  39.17 
 
 		 1028 aa  155  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0132601  decreased coverage  0.000794556 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0719  transcriptional regulator, LuxR family  33.96 
 
 		 768 aa  155  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.141698  hitchhiker  0.00663122 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4643  ATPase-like protein  39.74 
 
 		 1048 aa  155  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391035  normal  0.731274 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3228  TPR repeat-containing protein  30.07 
 
 		 726 aa  154  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>