More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1207 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  100 
 
 		 922 aa  1870    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  32.42 
 
 		 906 aa  318  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  31.36 
 
 		 953 aa  314  5.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  34.4 
 
 		 954 aa  309  1.0000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  29.83 
 
 		 928 aa  293  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  29.18 
 
 		 961 aa  289  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  27.98 
 
 		 956 aa  281  5e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 972 aa  277  8e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 950 aa  274  6e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 959 aa  266  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  31.34 
 
 		 950 aa  266  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  37.66 
 
 		 601 aa  266  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 601 aa  264  6e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 601 aa  264  6e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  28.38 
 
 		 946 aa  263  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  30.96 
 
 		 966 aa  261  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  36.32 
 
 		 490 aa  259  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  35.13 
 
 		 973 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  30.39 
 
 		 901 aa  253  8.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 973 aa  251  6e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  35.68 
 
 		 973 aa  250  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 591 aa  250  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  31.66 
 
 		 921 aa  248  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 618 aa  247  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 948 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  37.34 
 
 		 591 aa  245  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  37.29 
 
 		 1010 aa  243  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  29.16 
 
 		 1001 aa  240  6.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  36.38 
 
 		 1014 aa  240  8e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  36.5 
 
 		 481 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 948 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 658 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  38.96 
 
 		 493 aa  234  6e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  38.96 
 
 		 493 aa  234  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  38.74 
 
 		 493 aa  234  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  28.54 
 
 		 877 aa  233  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 468 aa  233  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  36.67 
 
 		 1087 aa  218  2.9999999999999998e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  34.66 
 
 		 1056 aa  211  6e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  37.74 
 
 		 1058 aa  211  6e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  38.42 
 
 		 1049 aa  209  3e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  39.88 
 
 		 1042 aa  206  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  35.11 
 
 		 502 aa  205  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  37.18 
 
 		 1060 aa  205  4e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  31.37 
 
 		 504 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 1066 aa  202  1.9999999999999998e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 781 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  34.95 
 
 		 1085 aa  201  7e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  35.81 
 
 		 1050 aa  199  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 1085 aa  199  3e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  36.04 
 
 		 1058 aa  196  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  38.19 
 
 		 1227 aa  195  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  36.27 
 
 		 1103 aa  194  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  31.6 
 
 		 701 aa  194  6e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1468  transcriptional regulator, winged helix family  36.18 
 
 		 969 aa  193  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119057  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  36.02 
 
 		 765 aa  191  5.999999999999999e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  35.35 
 
 		 1072 aa  191  5.999999999999999e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  37.5 
 
 		 1017 aa  191  7e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  36.46 
 
 		 1102 aa  189  2e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  35.26 
 
 		 1097 aa  187  6e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 952 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  36.02 
 
 		 886 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  34 
 
 		 1110 aa  186  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  37.75 
 
 		 1093 aa  185  3e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1038  ATPase-like protein  38.86 
 
 		 1036 aa  184  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.676249  normal  0.10477 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  35.39 
 
 		 1092 aa  182  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1996  transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 1141 aa  183  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  32.78 
 
 		 824 aa  182  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 882 aa  182  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  34.57 
 
 		 1100 aa  181  8e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  38.61 
 
 		 1055 aa  180  9e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 775 aa  179  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  35.56 
 
 		 792 aa  180  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0466  transcriptional regulator, winged helix family  39.23 
 
 		 1028 aa  178  5e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0132601  decreased coverage  0.000794556 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  33.88 
 
 		 999 aa  178  5e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4464  LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 1082 aa  177  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0122059 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1995  transcriptional regulator, winged helix family  36.01 
 
 		 878 aa  177  8e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  32.49 
 
 		 816 aa  175  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  35.69 
 
 		 960 aa  174  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  35.25 
 
 		 887 aa  174  9e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  36.11 
 
 		 840 aa  171  4e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 1043 aa  172  4e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4643  ATPase-like protein  36.81 
 
 		 1048 aa  171  6e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391035  normal  0.731274 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  33.99 
 
 		 1125 aa  171  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  32.94 
 
 		 957 aa  170  9e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  34.32 
 
 		 916 aa  169  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  33.59 
 
 		 943 aa  168  5e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3216  transcriptional regulator, LuxR family  35.03 
 
 		 931 aa  167  5.9999999999999996e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0908309  hitchhiker  0.000000189217 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22020  predicted ATPase  35.09 
 
 		 1131 aa  168  5.9999999999999996e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  33.24 
 
 		 827 aa  167  1.0000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  31.59 
 
 		 1137 aa  166  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  31.68 
 
 		 818 aa  166  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  35.83 
 
 		 755 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  32.96 
 
 		 760 aa  164  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2154  two component transcriptional regulator  29.18 
 
 		 975 aa  164  7e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000789084  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  34.45 
 
 		 1119 aa  163  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4657  transcriptional regulator, winged helix family  33.01 
 
 		 1076 aa  163  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2898  transcriptional regulator, winged helix family  37.22 
 
 		 1094 aa  163  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.343101 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10913  LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 393 aa  161  6e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0394  transcriptional regulator, winged helix family  37.24 
 
 		 1049 aa  161  6e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>