More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5826 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  76.21 
 
 
973 aa  1353    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1478  tetratricopeptide TPR_4  76.2 
 
 
472 aa  643    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911948  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  100 
 
 
948 aa  1852    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  76 
 
 
973 aa  1346    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  53.69 
 
 
973 aa  872    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  96.84 
 
 
948 aa  1753    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  43.04 
 
 
1014 aa  634  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  78.72 
 
 
502 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  36.42 
 
 
1001 aa  439  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  47.29 
 
 
618 aa  432  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  34.81 
 
 
966 aa  430  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  37.72 
 
 
877 aa  429  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 
1010 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  33.97 
 
 
972 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  32.91 
 
 
961 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  32.57 
 
 
950 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  32.34 
 
 
950 aa  364  4e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  31.78 
 
 
959 aa  352  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  46.53 
 
 
493 aa  351  3e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  44.89 
 
 
493 aa  351  5e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  44.89 
 
 
493 aa  351  5e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  31.21 
 
 
921 aa  350  7e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  40.13 
 
 
658 aa  338  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  48.68 
 
 
601 aa  334  5e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  48.68 
 
 
601 aa  333  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  48.68 
 
 
601 aa  333  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  47.91 
 
 
591 aa  332  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  47.08 
 
 
591 aa  330  6e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  34.58 
 
 
954 aa  329  1.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  32.02 
 
 
928 aa  328  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  31.58 
 
 
946 aa  326  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  41.61 
 
 
481 aa  312  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  42.46 
 
 
468 aa  303  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  29.87 
 
 
956 aa  299  2e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  31.57 
 
 
953 aa  267  7e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  31.31 
 
 
906 aa  258  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  35.97 
 
 
490 aa  254  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  31.78 
 
 
901 aa  243  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  36.4 
 
 
922 aa  242  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  41.71 
 
 
1085 aa  231  5e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  41 
 
 
1092 aa  228  5.0000000000000005e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  40.29 
 
 
1125 aa  220  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  39.64 
 
 
1017 aa  218  2.9999999999999998e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
1137 aa  218  5e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  41.04 
 
 
1066 aa  216  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  40.97 
 
 
1060 aa  216  9.999999999999999e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  42.77 
 
 
886 aa  216  1.9999999999999998e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 
1093 aa  214  5.999999999999999e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 
1085 aa  214  7.999999999999999e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  40.58 
 
 
824 aa  213  9e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  38.17 
 
 
887 aa  212  3e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  33.12 
 
 
504 aa  211  7e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  36.34 
 
 
1058 aa  208  4e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  37.24 
 
 
701 aa  208  5e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
781 aa  207  5e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  40 
 
 
760 aa  207  7e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  38.08 
 
 
1058 aa  207  7e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  39.71 
 
 
1042 aa  206  1e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  42.15 
 
 
882 aa  206  2e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  40.35 
 
 
1087 aa  204  5e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  39.46 
 
 
1227 aa  204  7e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  38.48 
 
 
999 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  38.83 
 
 
1102 aa  202  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  38.12 
 
 
1050 aa  203  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  40.34 
 
 
1056 aa  201  5e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  41.43 
 
 
1072 aa  201  7.999999999999999e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
775 aa  198  5.000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  41.59 
 
 
1119 aa  197  6e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10913  LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
393 aa  196  1e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  38.83 
 
 
827 aa  196  2e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2898  transcriptional regulator, winged helix family  39.25 
 
 
1094 aa  196  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.343101 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  38.89 
 
 
1103 aa  194  9e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  42.41 
 
 
916 aa  192  2e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  38.59 
 
 
1049 aa  192  2.9999999999999997e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  39.17 
 
 
1043 aa  192  2.9999999999999997e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0757  TPR repeat-containing regulatory protein LuxR  41.11 
 
 
799 aa  192  4e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  33.19 
 
 
792 aa  191  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  42.49 
 
 
1055 aa  191  7e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  37.4 
 
 
1097 aa  189  1e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  41.84 
 
 
765 aa  189  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  38.63 
 
 
957 aa  189  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  40.64 
 
 
943 aa  188  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  36.75 
 
 
952 aa  188  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1621  transcriptional activator domain protein  40.59 
 
 
1064 aa  188  5e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.77523  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  37.15 
 
 
818 aa  187  9e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1996  transcriptional regulator, winged helix family  41.11 
 
 
1141 aa  187  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1585  transcriptional regulator  38.93 
 
 
980 aa  186  3e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.79609  normal  0.0274178 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  38.63 
 
 
840 aa  185  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1350  transcriptional regulator, winged helix family  40.63 
 
 
1100 aa  185  4.0000000000000006e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.564198  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1442  transcriptional regulator  30.59 
 
 
888 aa  185  4.0000000000000006e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.31533  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1995  transcriptional regulator, winged helix family  39.94 
 
 
878 aa  184  6e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 
816 aa  182  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1855  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 
831 aa  181  7e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  38.73 
 
 
1100 aa  180  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  38.4 
 
 
755 aa  179  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  39.48 
 
 
1110 aa  179  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1245  transcriptional regulator, winged helix family  40.42 
 
 
1158 aa  178  4e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275106  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  32.64 
 
 
960 aa  177  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22020  predicted ATPase  37.87 
 
 
1131 aa  177  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1468  transcriptional regulator, winged helix family  40.5 
 
 
969 aa  174  5.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119057  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>