More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1232 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  86.48 
 
 		 468 aa  798    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  100 
 
 		 481 aa  974    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  47.3 
 
 		 1014 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  45 
 
 		 618 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  42.89 
 
 		 973 aa  336  7e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  40.04 
 
 		 966 aa  334  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  44.08 
 
 		 493 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  44.35 
 
 		 493 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  44.35 
 
 		 493 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  42.24 
 
 		 948 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  43.07 
 
 		 973 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  42.27 
 
 		 973 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  41.82 
 
 		 948 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  40.8 
 
 		 921 aa  274  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  39.05 
 
 		 950 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  43.64 
 
 		 502 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  38.54 
 
 		 1010 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 877 aa  264  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  38.4 
 
 		 658 aa  260  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  38.88 
 
 		 591 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  38.84 
 
 		 1001 aa  256  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  38.59 
 
 		 591 aa  256  6e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 972 aa  254  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  38.01 
 
 		 601 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  36.09 
 
 		 950 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 490 aa  243  6e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  34.99 
 
 		 961 aa  239  8e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  38.61 
 
 		 601 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  38.61 
 
 		 601 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 928 aa  237  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  36.5 
 
 		 922 aa  236  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  38.09 
 
 		 953 aa  235  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  36.03 
 
 		 959 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  35.82 
 
 		 946 aa  227  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  33.62 
 
 		 956 aa  221  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 954 aa  221  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  35.42 
 
 		 906 aa  220  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  30.62 
 
 		 504 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  39.62 
 
 		 1092 aa  190  4e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  38.74 
 
 		 1050 aa  190  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  38.44 
 
 		 1058 aa  183  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 781 aa  182  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  34.38 
 
 		 1102 aa  182  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  38.86 
 
 		 886 aa  181  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  39.68 
 
 		 1042 aa  178  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  37.25 
 
 		 1085 aa  177  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  37.6 
 
 		 1125 aa  177  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  33.26 
 
 		 901 aa  176  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  36.7 
 
 		 824 aa  176  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  37.77 
 
 		 1049 aa  175  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  38.25 
 
 		 1066 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  33.77 
 
 		 1087 aa  174  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  36.84 
 
 		 999 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  39.08 
 
 		 1017 aa  173  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  37.14 
 
 		 1227 aa  172  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  38.95 
 
 		 1056 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  40.91 
 
 		 1055 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  39.52 
 
 		 1119 aa  170  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  33.92 
 
 		 1097 aa  168  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 1137 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  37.72 
 
 		 765 aa  167  4e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  36.78 
 
 		 1060 aa  167  5e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  36.78 
 
 		 1058 aa  167  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 775 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  39 
 
 		 1093 aa  166  9e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  38.29 
 
 		 1103 aa  165  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 1100 aa  164  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 1085 aa  161  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  37.5 
 
 		 701 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 882 aa  160  6e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0394  transcriptional regulator, winged helix family  36.53 
 
 		 1049 aa  159  8e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  35.01 
 
 		 818 aa  159  9e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1245  transcriptional regulator, winged helix family  39.39 
 
 		 1158 aa  156  6e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1996  transcriptional regulator, winged helix family  38.23 
 
 		 1141 aa  156  7e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1995  transcriptional regulator, winged helix family  36.99 
 
 		 878 aa  156  8e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  36.73 
 
 		 887 aa  155  1e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  38.55 
 
 		 960 aa  155  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22020  predicted ATPase  35.7 
 
 		 1131 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2022  transcriptional regulator  36.57 
 
 		 1161 aa  153  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.899246 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  36.13 
 
 		 827 aa  153  7e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1121  transcriptional regulator, winged helix family  36.5 
 
 		 1060 aa  152  8.999999999999999e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.225478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  34.56 
 
 		 943 aa  152  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  36.34 
 
 		 792 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  38.19 
 
 		 840 aa  151  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1621  transcriptional activator domain protein  33.42 
 
 		 1064 aa  151  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.77523  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  37.38 
 
 		 1110 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3338  transcriptional regulator, LuxR family  37.13 
 
 		 919 aa  148  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.682048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8841  ATPase-like protein  36.62 
 
 		 951 aa  146  8.000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.179034 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3216  transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 931 aa  146  9e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0908309  hitchhiker  0.000000189217 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  36.28 
 
 		 952 aa  146  9e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0757  TPR repeat-containing regulatory protein LuxR  36.36 
 
 		 799 aa  145  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4962  transcriptional activator domain-containing protein  34.53 
 
 		 1018 aa  145  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0162607 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1442  transcriptional regulator  28.11 
 
 		 888 aa  145  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.31533  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  33.95 
 
 		 957 aa  144  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3102  winged helix family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 1034 aa  144  3e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.306498  normal  0.034161 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6249  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 1079 aa  143  7e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 1043 aa  143  8e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  34.1 
 
 		 760 aa  142  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  37.43 
 
 		 1072 aa  143  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  34.5 
 
 		 916 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>