More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6167 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 961 aa  1919    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  44.98 
 
 		 959 aa  737    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  44.78 
 
 		 950 aa  721    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  48.03 
 
 		 946 aa  794    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  38.31 
 
 		 956 aa  610  1e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  38.55 
 
 		 954 aa  533  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  35.89 
 
 		 972 aa  482  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 928 aa  446  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  33.09 
 
 		 950 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  34.09 
 
 		 921 aa  432  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 973 aa  385  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  32.59 
 
 		 973 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 1001 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  32.91 
 
 		 948 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  31.9 
 
 		 948 aa  365  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 973 aa  361  4e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  37.03 
 
 		 877 aa  360  8e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  30.55 
 
 		 1014 aa  358  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  31.87 
 
 		 1010 aa  356  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  32.04 
 
 		 953 aa  353  8.999999999999999e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  31.7 
 
 		 966 aa  339  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  31.57 
 
 		 906 aa  306  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  32.24 
 
 		 901 aa  299  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 504 aa  291  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  38.48 
 
 		 490 aa  289  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  29.44 
 
 		 922 aa  284  6.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 658 aa  283  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  36.8 
 
 		 601 aa  282  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  36.98 
 
 		 601 aa  281  5e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  36.98 
 
 		 601 aa  281  5e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  36.61 
 
 		 591 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  37.64 
 
 		 591 aa  266  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 618 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  35.45 
 
 		 493 aa  240  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 493 aa  239  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 493 aa  239  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  34.99 
 
 		 481 aa  239  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  36.85 
 
 		 468 aa  237  8e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 781 aa  232  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  32 
 
 		 792 aa  231  5e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  31.64 
 
 		 701 aa  229  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  42.16 
 
 		 1056 aa  228  6e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 		 1058 aa  223  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  37.03 
 
 		 960 aa  222  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  35.4 
 
 		 1085 aa  221  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 1066 aa  221  6e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  37.92 
 
 		 1087 aa  219  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  34.84 
 
 		 999 aa  216  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  35.95 
 
 		 502 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  36.81 
 
 		 952 aa  215  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 775 aa  215  3.9999999999999995e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  38.59 
 
 		 765 aa  214  5.999999999999999e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  40.23 
 
 		 1042 aa  214  7e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  40.12 
 
 		 1050 aa  211  5e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0684  transcriptional regulator, XRE family  35.43 
 
 		 779 aa  211  6e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  39.39 
 
 		 1102 aa  209  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1442  transcriptional regulator  29.83 
 
 		 888 aa  209  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.31533  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  31.29 
 
 		 824 aa  208  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  36.87 
 
 		 1049 aa  208  4e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 886 aa  207  9e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  36.6 
 
 		 957 aa  206  1e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  40.23 
 
 		 1017 aa  203  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  39.9 
 
 		 1055 aa  202  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  36.38 
 
 		 1137 aa  201  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2819  ATPase-like protein  34.86 
 
 		 776 aa  201  6e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  32.42 
 
 		 1092 aa  199  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  28.91 
 
 		 816 aa  199  3e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  37.53 
 
 		 916 aa  198  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 1085 aa  198  5.000000000000001e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  36.81 
 
 		 1103 aa  197  6e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  37.63 
 
 		 887 aa  197  8.000000000000001e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  31.47 
 
 		 1125 aa  197  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  39.23 
 
 		 840 aa  196  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  38.9 
 
 		 1058 aa  192  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  34.99 
 
 		 882 aa  192  2e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  37.64 
 
 		 760 aa  190  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  38.08 
 
 		 943 aa  190  1e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1038  ATPase-like protein  37.5 
 
 		 1036 aa  190  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.676249  normal  0.10477 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  37.57 
 
 		 1110 aa  189  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  34.4 
 
 		 1119 aa  189  3e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  37.97 
 
 		 1093 aa  187  6e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8841  ATPase-like protein  37.5 
 
 		 951 aa  187  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.179034 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  38.38 
 
 		 1100 aa  185  4.0000000000000006e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  35.01 
 
 		 1043 aa  185  5.0000000000000004e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0757  TPR repeat-containing regulatory protein LuxR  35.57 
 
 		 799 aa  184  6e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  37.96 
 
 		 1227 aa  182  4e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  31.56 
 
 		 818 aa  181  7e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2207  XRE family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 901 aa  181  7e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3338  transcriptional regulator, LuxR family  39.27 
 
 		 919 aa  180  9e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.682048  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0719  transcriptional regulator, LuxR family  31.14 
 
 		 768 aa  179  2e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.141698  hitchhiker  0.00663122 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  39.62 
 
 		 1060 aa  178  4e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1995  transcriptional regulator, winged helix family  38.14 
 
 		 878 aa  174  5.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2154  two component transcriptional regulator  26.6 
 
 		 975 aa  174  9e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000789084  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1996  transcriptional regulator, winged helix family  35.68 
 
 		 1141 aa  174  9e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  37.95 
 
 		 755 aa  173  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0992  LuxR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 814 aa  172  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1866  XRE family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 812 aa  171  5e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  32.17 
 
 		 1097 aa  171  5e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1195  putative regulator  36.46 
 
 		 780 aa  171  7e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10913  LuxR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 393 aa  170  1e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>