More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2248 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  100 
 
 		 959 aa  1934    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  65.48 
 
 		 950 aa  1172    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  44.98 
 
 		 961 aa  749    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  40.74 
 
 		 946 aa  640    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  35.04 
 
 		 956 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 954 aa  478  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  34.17 
 
 		 928 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  33.92 
 
 		 972 aa  415  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  31.02 
 
 		 950 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  32.03 
 
 		 921 aa  379  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 973 aa  370  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  31.79 
 
 		 973 aa  363  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 973 aa  348  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  31.33 
 
 		 948 aa  346  1e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  31 
 
 		 1014 aa  341  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 1001 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 877 aa  338  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  30.9 
 
 		 953 aa  325  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  30.63 
 
 		 966 aa  320  9e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  30.53 
 
 		 1010 aa  307  6e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  32.06 
 
 		 906 aa  296  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  35.43 
 
 		 618 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  31.51 
 
 		 901 aa  283  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  37.42 
 
 		 490 aa  279  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  36.9 
 
 		 504 aa  279  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  37.82 
 
 		 601 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  39.7 
 
 		 948 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  29.16 
 
 		 922 aa  271  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  37.82 
 
 		 601 aa  266  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  37.82 
 
 		 601 aa  266  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  34.64 
 
 		 658 aa  261  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  36.65 
 
 		 591 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  36.5 
 
 		 591 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  34.66 
 
 		 493 aa  242  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  34.66 
 
 		 493 aa  242  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 493 aa  241  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 468 aa  231  7e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  36.03 
 
 		 481 aa  228  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  38.2 
 
 		 1049 aa  221  5e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  37.91 
 
 		 502 aa  220  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  30.03 
 
 		 1085 aa  213  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1996  transcriptional regulator, winged helix family  36.16 
 
 		 1141 aa  206  2e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 816 aa  206  2e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  31.68 
 
 		 701 aa  204  4e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 882 aa  204  7e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 1137 aa  201  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  36.52 
 
 		 824 aa  200  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  36.95 
 
 		 887 aa  200  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  35.52 
 
 		 1087 aa  199  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1038  ATPase-like protein  37.35 
 
 		 1036 aa  196  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.676249  normal  0.10477 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  35.48 
 
 		 792 aa  194  7e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  39.53 
 
 		 765 aa  194  7e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 		 1093 aa  192  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  36.93 
 
 		 1072 aa  191  8e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1442  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 888 aa  190  9e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.31533  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  34.05 
 
 		 1125 aa  190  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  33.16 
 
 		 1119 aa  190  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  33.26 
 
 		 775 aa  189  2e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  37.63 
 
 		 1102 aa  187  6e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  34.52 
 
 		 1066 aa  187  9e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  36.87 
 
 		 957 aa  184  5.0000000000000004e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  37.89 
 
 		 1060 aa  184  6e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  36.34 
 
 		 840 aa  184  6e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  32.8 
 
 		 999 aa  183  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  33.59 
 
 		 1058 aa  183  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0719  transcriptional regulator, LuxR family  36.57 
 
 		 768 aa  182  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.141698  hitchhiker  0.00663122 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  32.43 
 
 		 960 aa  182  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  34.99 
 
 		 1050 aa  182  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  37.77 
 
 		 1055 aa  181  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  37.91 
 
 		 1017 aa  181  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 781 aa  180  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  35.79 
 
 		 943 aa  180  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  34.9 
 
 		 1058 aa  179  3e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  36.24 
 
 		 1042 aa  177  7e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  35.44 
 
 		 1227 aa  176  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  34.37 
 
 		 1085 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  33.57 
 
 		 1110 aa  174  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1195  putative regulator  35.98 
 
 		 780 aa  174  5.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  35.12 
 
 		 1100 aa  174  6.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  36.09 
 
 		 1056 aa  174  7.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2207  XRE family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 901 aa  173  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  37.17 
 
 		 886 aa  173  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2154  two component transcriptional regulator  28.97 
 
 		 975 aa  172  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000789084  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1995  transcriptional regulator, winged helix family  35.26 
 
 		 878 aa  171  5e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 1043 aa  171  6e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  34.68 
 
 		 1092 aa  170  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2819  ATPase-like protein  34.44 
 
 		 776 aa  169  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  31.9 
 
 		 916 aa  168  5e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  35.31 
 
 		 755 aa  167  6.9999999999999995e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  30.93 
 
 		 1097 aa  164  6e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3216  transcriptional regulator, LuxR family  34.19 
 
 		 931 aa  164  9e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0908309  hitchhiker  0.000000189217 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  34.05 
 
 		 1103 aa  163  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8841  ATPase-like protein  37.92 
 
 		 951 aa  162  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.179034 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2898  transcriptional regulator, winged helix family  30.63 
 
 		 1094 aa  162  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.343101 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0992  LuxR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 814 aa  160  8e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  34.76 
 
 		 760 aa  160  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4464  LuxR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 1082 aa  160  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0122059 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4693  transcriptional regulator, winged helix family  35.15 
 
 		 943 aa  159  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.493374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0947  LuxR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 799 aa  159  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10913  LuxR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 393 aa  159  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>