More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5714 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  65.48 
 
 
959 aa  1189    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  41.44 
 
 
946 aa  636    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  100 
 
 
950 aa  1922    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  44.78 
 
 
961 aa  741    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  34.4 
 
 
956 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  34.28 
 
 
954 aa  445  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  32.89 
 
 
928 aa  399  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  32.95 
 
 
972 aa  382  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  32.39 
 
 
973 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  32.4 
 
 
973 aa  372  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  31.75 
 
 
921 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  31.4 
 
 
950 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  31.76 
 
 
973 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  32.2 
 
 
948 aa  362  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  32.48 
 
 
1001 aa  359  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  31.54 
 
 
948 aa  354  5e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  30.97 
 
 
1014 aa  341  5e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  33.67 
 
 
877 aa  327  7e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  30.83 
 
 
1010 aa  317  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  31.5 
 
 
966 aa  312  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  30.17 
 
 
953 aa  312  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  32.27 
 
 
906 aa  286  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  35.43 
 
 
618 aa  282  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  37.5 
 
 
601 aa  279  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  37.24 
 
 
490 aa  280  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  29.01 
 
 
922 aa  278  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  37.09 
 
 
504 aa  275  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  37.32 
 
 
601 aa  270  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  37.32 
 
 
601 aa  270  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  37.34 
 
 
591 aa  269  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  34.62 
 
 
658 aa  259  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  37.04 
 
 
591 aa  258  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  37.92 
 
 
468 aa  257  6e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  29.36 
 
 
901 aa  248  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  35.29 
 
 
493 aa  247  9e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  35.29 
 
 
493 aa  245  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  35.29 
 
 
493 aa  245  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  36.09 
 
 
481 aa  245  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  37.65 
 
 
1049 aa  221  6e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  37.47 
 
 
502 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  36.66 
 
 
781 aa  209  1e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  39.88 
 
 
765 aa  210  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  33.72 
 
 
701 aa  204  9e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  35.79 
 
 
792 aa  202  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
775 aa  201  7e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  34.86 
 
 
1085 aa  199  3e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  37.44 
 
 
1102 aa  197  6e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  35.19 
 
 
1119 aa  196  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  35.65 
 
 
1087 aa  196  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  34.82 
 
 
1125 aa  196  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  35.42 
 
 
824 aa  195  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  38.25 
 
 
1055 aa  195  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0719  transcriptional regulator, LuxR family  37.23 
 
 
768 aa  192  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.141698  hitchhiker  0.00663122 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  36.74 
 
 
1092 aa  192  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  38.98 
 
 
1017 aa  191  7e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  36.53 
 
 
1072 aa  190  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  36.98 
 
 
1042 aa  189  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  34.09 
 
 
999 aa  189  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  36.62 
 
 
1058 aa  189  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  33.12 
 
 
1066 aa  188  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1442  transcriptional regulator  31.47 
 
 
888 aa  188  4e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.31533  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
882 aa  188  5e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  37.46 
 
 
1093 aa  187  9e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
1137 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1038  ATPase-like protein  33.11 
 
 
1036 aa  187  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.676249  normal  0.10477 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  36.75 
 
 
886 aa  186  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  35.38 
 
 
887 aa  184  8.000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 
816 aa  183  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2154  two component transcriptional regulator  29.29 
 
 
975 aa  183  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000789084  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  33.92 
 
 
1100 aa  183  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  34.79 
 
 
1058 aa  182  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  32.35 
 
 
960 aa  181  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
1085 aa  181  8e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  35.97 
 
 
1056 aa  180  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0684  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
779 aa  179  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  34.29 
 
 
840 aa  179  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  35.99 
 
 
1050 aa  178  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  34.85 
 
 
1227 aa  178  4e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1996  transcriptional regulator, winged helix family  34.17 
 
 
1141 aa  177  6e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1195  putative regulator  35.54 
 
 
780 aa  175  3.9999999999999995e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4693  transcriptional regulator, winged helix family  39.94 
 
 
943 aa  174  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.493374  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  31.88 
 
 
1097 aa  174  9e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2819  ATPase-like protein  32.63 
 
 
776 aa  174  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  33.92 
 
 
916 aa  173  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  34.71 
 
 
1043 aa  173  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  34.51 
 
 
957 aa  172  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0757  TPR repeat-containing regulatory protein LuxR  34.11 
 
 
799 aa  172  4e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  34.77 
 
 
1060 aa  172  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0947  LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 
799 aa  171  6e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  35.73 
 
 
1110 aa  169  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  34.84 
 
 
943 aa  167  1.0000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  34.9 
 
 
755 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  34.12 
 
 
1103 aa  165  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4657  transcriptional regulator, winged helix family  36.06 
 
 
1076 aa  164  9e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  33.52 
 
 
827 aa  162  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2207  XRE family transcriptional regulator  32.13 
 
 
901 aa  163  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0444  transcriptional regulator, LuxR family  33.73 
 
 
938 aa  163  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.192623  normal  0.240024 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1245  transcriptional regulator, winged helix family  37.21 
 
 
1158 aa  162  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275106  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  33.87 
 
 
952 aa  161  5e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  33.81 
 
 
760 aa  160  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.183433 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>