More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1418 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  100 
 
 
522 aa  1048    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  55.15 
 
 
521 aa  556  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  53.47 
 
 
521 aa  525  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  35.1 
 
 
531 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  35.67 
 
 
522 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  35.6 
 
 
525 aa  229  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  33.46 
 
 
518 aa  217  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  30.05 
 
 
527 aa  181  4e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  32.75 
 
 
626 aa  172  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  29.25 
 
 
510 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  26.58 
 
 
425 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  26.98 
 
 
619 aa  141  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  28.73 
 
 
515 aa  138  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  27.74 
 
 
531 aa  137  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  29.5 
 
 
543 aa  137  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.88 
 
 
598 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.97 
 
 
595 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  30.27 
 
 
636 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  29.4 
 
 
647 aa  131  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  28.03 
 
 
508 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  27.13 
 
 
479 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  28.35 
 
 
647 aa  124  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  27.01 
 
 
502 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  27.09 
 
 
499 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.67 
 
 
631 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.54 
 
 
622 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0534  adenylate/guanylate cyclase  28.85 
 
 
642 aa  117  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397996  normal  0.0249995 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  27.73 
 
 
502 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  27.4 
 
 
597 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.93 
 
 
588 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  28.35 
 
 
647 aa  111  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  27.95 
 
 
648 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0861  TPR repeat-containing protein  30.62 
 
 
580 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0968  TPR repeat-containing protein  28.18 
 
 
584 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  51.52 
 
 
413 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.8 
 
 
624 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  29.58 
 
 
784 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  51.52 
 
 
413 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  51.52 
 
 
413 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.91 
 
 
622 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.55 
 
 
738 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  29.05 
 
 
568 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5193  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.82 
 
 
582 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117733  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  28.97 
 
 
652 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  50.52 
 
 
409 aa  104  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.25 
 
 
634 aa  103  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.4 
 
 
596 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.52 
 
 
736 aa  101  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.99 
 
 
643 aa  101  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.62 
 
 
568 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.89 
 
 
798 aa  99.4  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  26.72 
 
 
658 aa  99.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.38 
 
 
629 aa  98.6  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  48.45 
 
 
436 aa  98.2  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4216  integral membrane protein-like  26.88 
 
 
607 aa  97.4  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1736  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.07 
 
 
737 aa  95.5  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  28.31 
 
 
603 aa  95.1  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  25.82 
 
 
821 aa  93.2  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  30 
 
 
723 aa  92  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  27.27 
 
 
375 aa  92  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2213  SARP family transcriptional regulator  26.63 
 
 
612 aa  91.7  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226859  normal  0.3766 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  30.53 
 
 
644 aa  91.7  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5779  tetratricopeptide TPR_4  27.14 
 
 
594 aa  88.6  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.179451  normal  0.65033 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3797  SARP family transcriptional regulator  26.77 
 
 
584 aa  88.2  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.231924  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.15 
 
 
746 aa  87.8  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  24.79 
 
 
686 aa  86.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  29.15 
 
 
664 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  26.2 
 
 
667 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6503  transcriptional regulator, SARP family  25.67 
 
 
649 aa  83.6  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4488  transcriptional regulator domain protein  28.02 
 
 
404 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.309141  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.67 
 
 
413 aa  81.6  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.74 
 
 
769 aa  81.6  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3207  transcriptional regulator, SARP family  24.2 
 
 
615 aa  82  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  34.65 
 
 
678 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  24.76 
 
 
581 aa  77.4  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 
470 aa  77.4  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  20.58 
 
 
565 aa  77.4  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0770  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.05 
 
 
757 aa  75.5  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.424396 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  37.4 
 
 
396 aa  74.7  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  31.43 
 
 
294 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  38.83 
 
 
584 aa  72  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  27.08 
 
 
605 aa  72.4  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 
712 aa  71.6  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  39.22 
 
 
396 aa  71.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0330  integral membrane protein-like protein  29.1 
 
 
608 aa  71.6  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5906  putative adenylate cyclase 3  27.66 
 
 
408 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  39 
 
 
396 aa  70.5  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  28.85 
 
 
1020 aa  69.7  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3065  invasion protein regulator  20.47 
 
 
553 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.359189 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3029  invasion protein regulator  20.47 
 
 
553 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2998  invasion protein regulator  20.47 
 
 
553 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000362876  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3186  invasion protein regulator  20.47 
 
 
555 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.735415 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3081  invasion protein regulator  20.47 
 
 
553 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000362191 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  32.98 
 
 
762 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  32.65 
 
 
950 aa  66.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2399  hypothetical protein  23.42 
 
 
606 aa  66.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.797611  hitchhiker  0.00673398 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  34.69 
 
 
977 aa  66.2  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  30.21 
 
 
308 aa  64.3  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0100  hypothetical protein  23.65 
 
 
643 aa  64.3  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4396  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.76 
 
 
822 aa  63.9  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>