99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2213 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2213  SARP family transcriptional regulator  100 
 
 		 612 aa  1241    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226859  normal  0.3766 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3207  transcriptional regulator, SARP family  44.75 
 
 		 615 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6503  transcriptional regulator, SARP family  40.45 
 
 		 649 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1418  hypothetical protein  39.14 
 
 		 643 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.070904 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0100  hypothetical protein  39.16 
 
 		 643 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7193  transcriptional regulator, SARP family  28.42 
 
 		 641 aa  203  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0854307  normal  0.06484 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6036  transcriptional regulator, SARP family  28.15 
 
 		 650 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0951775  normal  0.443759 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.64 
 
 		 596 aa  152  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.91 
 
 		 595 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  25 
 
 		 636 aa  106  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.41 
 
 		 598 aa  104  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.3 
 
 		 631 aa  90.9  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  25.94 
 
 		 522 aa  89  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  27.27 
 
 		 531 aa  84.7  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  22.92 
 
 		 568 aa  83.2  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  22.19 
 
 		 568 aa  82.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  26.97 
 
 		 522 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.13 
 
 		 588 aa  76.6  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  23.74 
 
 		 499 aa  76.6  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  22.89 
 
 		 798 aa  73.9  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  23.79 
 
 		 502 aa  73.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  25.08 
 
 		 521 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  25.82 
 
 		 626 aa  68.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  26.21 
 
 		 521 aa  68.2  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1736  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.93 
 
 		 737 aa  65.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  24.22 
 
 		 502 aa  65.1  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  25.76 
 
 		 375 aa  62  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.65 
 
 		 622 aa  61.2  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.48 
 
 		 769 aa  60.5  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  26.22 
 
 		 652 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  22.81 
 
 		 738 aa  59.3  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  23.49 
 
 		 470 aa  59.7  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  24.88 
 
 		 647 aa  57.8  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.21 
 
 		 810 aa  57.4  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  25.06 
 
 		 527 aa  57.4  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  24.83 
 
 		 821 aa  57.4  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  25.07 
 
 		 658 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  24.57 
 
 		 648 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  24.35 
 
 		 643 aa  55.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  25.68 
 
 		 479 aa  54.3  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  27.18 
 
 		 878 aa  53.9  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  24.45 
 
 		 664 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5193  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.65 
 
 		 582 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117733  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  24.21 
 
 		 647 aa  52  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  21.48 
 
 		 597 aa  52  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  30.6 
 
 		 1029 aa  51.2  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2439  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 448 aa  50.8  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0207467  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0908  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 		 388 aa  50.8  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  27.59 
 
 		 718 aa  50.4  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5779  tetratricopeptide TPR_4  30.17 
 
 		 594 aa  50.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.179451  normal  0.65033 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0861  TPR repeat-containing protein  23.73 
 
 		 580 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0882  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 		 388 aa  50.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  23.08 
 
 		 784 aa  50.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2041  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  32.16 
 
 		 884 aa  49.7  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.443497 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2154  transcriptional activator domain protein  31.88 
 
 		 1139 aa  49.3  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0522112 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3167  hypothetical protein  25.82 
 
 		 296 aa  49.7  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.39 
 
 		 622 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  21.95 
 
 		 647 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  22.25 
 
 		 667 aa  48.5  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2861  sulfotransferase  26.67 
 
 		 681 aa  47.8  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.392476 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  25.15 
 
 		 619 aa  47.4  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  21.99 
 
 		 629 aa  47.8  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  23.31 
 
 		 634 aa  47.4  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0534  adenylate/guanylate cyclase  23.34 
 
 		 642 aa  47.4  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397996  normal  0.0249995 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  25.13 
 
 		 725 aa  47.4  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  27.89 
 
 		 573 aa  47  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1771  hypothetical protein  32.76 
 
 		 215 aa  46.6  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3701  SARP family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 1064 aa  47  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000037794 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2471  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 		 643 aa  47  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2428  transcriptional regulator, SARP family  24.66 
 
 		 494 aa  46.2  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  24.67 
 
 		 875 aa  46.2  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0116  TPR repeat-containing protein  28.91 
 
 		 289 aa  46.2  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.75872 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  26.35 
 
 		 1154 aa  45.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  24.22 
 
 		 531 aa  46.2  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24081  hypothetical protein  28.67 
 
 		 764 aa  45.8  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0284  transcriptional regulator, SARP family  30 
 
 		 689 aa  45.8  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 		 1276 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3681  SARP family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 1217 aa  45.8  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.134161  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4726  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  22.89 
 
 		 730 aa  45.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0253  response regulator receiver and SARP domain protein  28.83 
 
 		 661 aa  45.4  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.52601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  31.54 
 
 		 288 aa  45.4  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2899  TPR repeat-containing protein  25.77 
 
 		 269 aa  45.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 		 3035 aa  45.8  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1755  TPR repeat-containing protein  24.34 
 
 		 647 aa  45.1  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0455441 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  27.43 
 
 		 1979 aa  45.1  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1956  TPR repeat-containing protein  39.09 
 
 		 271 aa  45.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.4 
 
 		 632 aa  45.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  25.73 
 
 		 3145 aa  44.7  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0968  TPR repeat-containing protein  22.47 
 
 		 584 aa  44.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  29.33 
 
 		 816 aa  44.3  0.007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28481  hypothetical protein  24.39 
 
 		 462 aa  44.3  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3220  TPR repeat-containing protein  27.05 
 
 		 1178 aa  44.3  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.166794 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0917  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 566 aa  43.9  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563549 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0783  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.45 
 
 		 542 aa  43.9  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3186  invasion protein regulator  24.69 
 
 		 555 aa  43.9  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.735415 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14411  Flp pilus assembly protein TadD  26.84 
 
 		 594 aa  43.9  0.01  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00033533 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3081  invasion protein regulator  24.69 
 
 		 553 aa  43.5  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362191 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3065  invasion protein regulator  24.69 
 
 		 553 aa  43.5  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.359189 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2998  invasion protein regulator  24.69 
 
 		 553 aa  43.5  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000362876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>